8qv8

Cryo-EM structure of the heat-irreversible amyloid fibrils of hen egg-white lysozyme

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 81.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qv8
沉积日期 deposition_date	2023-10-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of the heat-irreversible amyloid fibrils of hen egg-white lysozyme
关键词 keywords	amyloid, irreversible, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.63 Å
零角强度 I(0) i0	40898000.00
分子量 molecular_weight	45105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54596 Å³
包络体积 envelope_volume	68400 Å³
水化壳体积 shell_volume	24585 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.47 Å
包络 Rg envelope_rg	24.25 Å
形状 Rg shape_rg	23.70 Å
总 Rg total_rg	24.19 Å
总原子数 total_atoms	3160
残基数 n_residues	445
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.320
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I
原子数 atom_count	3160

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Gallus gallus

Entity 2 polymer

描述 description	Unidentified peptide
分子量 formula_weight	784.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J

XXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Gallus gallus

Entity 3 polymer

描述 description	Unidentified peptide
分子量 formula_weight	698.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O

XXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Gallus gallus

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.26 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	110561

fit	/app/data/saxs_computation/qv/8qv8/8qv8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qv/8qv8/8qv8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qv/8qv8/8qv8.dat

Cryo-EM structure of the heat-irreversible amyloid fibrils of hen egg-white lysozyme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)