8rus

;Hen egg-white lysozyme (HEWL) structure from EuXFEL FXE, multi-hit Droplet-on-Demand (DoD) injection, 9.3 keV photon energy, space group P432121 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rus
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	;Hen egg-white lysozyme (HEWL) structure from EuXFEL FXE, multi-hit Droplet-on-Demand (DoD) injection, 9.3 keV photon energy, space group P432121 ;
关键词 keywords	;XFEL, Lysozyme, HEWL, EuXFEL, European XFEL, Droplet on Demand, Droplet-on-Demand, DoD, multihit, multi-hit, kilohertz, SFX, Serial, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.20 Å
零角强度 I(0) i0	4875060.00
分子量 molecular_weight	14751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17982 Å³
包络体积 envelope_volume	20298 Å³
水化壳体积 shell_volume	12282 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.88 Å
包络 Rg envelope_rg	14.60 Å
形状 Rg shape_rg	14.16 Å
总 Rg total_rg	15.37 Å
总原子数 total_atoms	2009
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6410e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4875000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.285
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.112
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	891500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2165

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Canavalia ensiformis

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.470 Å
晶胞边长 b length_b	79.470 Å
晶胞边长 c length_c	38.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.380 Å
最低分辨率 resolution_low	18.730 Å
R 因子 r_factor	0.1535
R_work r_work	0.1484
R_free r_free	0.1998

fit	/app/data/saxs_computation/ru/8rus/8rus.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ru/8rus/8rus.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ru/8rus/8rus.dat