8wdi

Crystal structure of lysozyme by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wdi
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
结构标题 title	Crystal structure of lysozyme by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography
关键词 keywords	lysozyme, serial crystallography, serial synchrotron crystallography, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.98 Å
零角强度 I(0) i0	4742380.00
分子量 molecular_weight	14392.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17482 Å³
包络体积 envelope_volume	19345 Å³
水化壳体积 shell_volume	11930 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.3 Å
壳层 Rg shell_rg	19.51 Å
包络 Rg envelope_rg	14.28 Å
形状 Rg shape_rg	13.96 Å
总 Rg total_rg	15.07 Å
总原子数 total_atoms	1003
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5100e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4742000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	717700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.755; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.830 Å
晶胞边长 b length_b	78.830 Å
晶胞边长 c length_c	38.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	6.990 Å
R 因子 r_factor	0.2561
R_work r_work	0.2512
R_free r_free	0.2993

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1094

Crystal structure of lysozyme by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

fit	/app/data/saxs_computation/wd/8wdi/8wdi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wd/8wdi/8wdi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wd/8wdi/8wdi.dat