9hlk

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with lysozyme (structure A)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 49.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hlk
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
结构标题 title	X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the diiodido analogue of picoplatin with lysozyme (structure A)
关键词 keywords	metallodrug, picoplatin, analogue, diiodido, protein-metal interaction, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.98 Å
零角强度 I(0) i0	6515380.00
分子量 molecular_weight	15543.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17814 Å³
包络体积 envelope_volume	19722 Å³
水化壳体积 shell_volume	12116 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.56 Å
包络 Rg envelope_rg	14.23 Å
形状 Rg shape_rg	13.89 Å
总 Rg total_rg	15.07 Å
总原子数 total_atoms	1015
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9980e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6515000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.131
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	326400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.971

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	1133

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

Entity 2 non-polymer

描述 description	AMMONIA
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PLATINUM (II) ION
分子量 formula_weight	195.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.400 Å
晶胞边长 b length_b	78.400 Å
晶胞边长 c length_c	36.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	55.437 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2057
R_free r_free	0.2691

fit	/app/data/saxs_computation/hl/9hlk/9hlk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hl/9hlk/9hlk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hl/9hlk/9hlk.dat