7q04

Crystal structure of TPADO in a substrate-free state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

Comamonas sp.

UniProt Q3C1E2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–154 链 B; UniProt 1–154 链 C; UniProt 1–154 未记录 Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 × 3 (Q3C1D5) Lysozyme × 1 (P00698) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5 分辨率 2.28 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPDB1_COMSP
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 B; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 C; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

Comamonas sp.

UniProt Q3C1D5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–413 链 E; UniProt 1–413 链 F; UniProt 1–413 未记录 Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 × 3 (Q3C1E2) Lysozyme × 1 (P00698) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5 分辨率 2.28 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TPDA2_COMSP
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 3–415; UniProt 1–413 作者链 E; PDB构建体 3–415; UniProt 1–413 作者链 F; PDB构建体 3–415; UniProt 1–413

Lysozyme

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 19–147 未记录 Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 × 3 (Q3C1E2) Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 × 3 (Q3C1D5) FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5 分辨率 2.28 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7q04

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7q04
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7q04
沉积日期 deposition_date2021-10-14
结构标题 titleCrystal structure of TPADO in a substrate-free state
关键词 keywordsterephthalic acid, TPA, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.81
零角强度 I(0) i0604180000.00
分子量 molecular_weight194440.0 kDa
排除体积 excluded_volume240740 ų
包络体积 envelope_volume304430 ų
水化壳体积 shell_volume67393 ų
包络直径 envelope_diameter127.7
壳层 Rg shell_rg44.67
包络 Rg envelope_rg35.64
形状 Rg shape_rg35.80
总 Rg total_rg36.39
总原子数 total_atoms26897
残基数 n_residues1741
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.3
Rg (实空间) rg_real36.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real6.0420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal604300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8901
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.7
偏度 Skewness skewness0.109
峰度 Kurtosis kurtosis-0.449
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha115300000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.928

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7q04D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
结构域编号 domain_id7q04E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
结构域编号 domain_id7q04F01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
结构域编号 domain_id7q04H01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)