2i25

Crystal structure analysis of the nurse shark New antigen Receptor PBLA8 variable domain in complex with lysozyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

New Antigen Receptor PBLA8

Ginglymostoma cirratum

UniProt Q8AXH5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–112 片段:variable domain Lysozyme C × 1 (P00698) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.3;295 K;38% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 1.80 Å R-free 0.211
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–112 片段:variable domain Lysozyme C × 1 (P00698) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.3;295 K;38% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 1.80 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8AXH5_GINCI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–112; UniProt 1–112 作者链 O; PDB构建体 1–112; UniProt 1–112

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 19–147 未记录 New Antigen Receptor PBLA8 × 1 (Q8AXH5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.3;295 K;38% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 1.80 Å R-free 0.211
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 19–147 未记录 New Antigen Receptor PBLA8 × 1 (Q8AXH5) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.3;295 K;38% PEG 400, 0.1M Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 1.80 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1449 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 M; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2i25

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2i25
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2i25
沉积日期 deposition_date2006-08-15
结构标题 titleCrystal structure analysis of the nurse shark New antigen Receptor PBLA8 variable domain in complex with lysozyme
关键词 keywordsimmunoglobulin fold, protein-protein complex, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.71
零角强度 I(0) i056142500.00
分子量 molecular_weight54036.0 kDa
排除体积 excluded_volume65854 ų
包络体积 envelope_volume81837 ų
水化壳体积 shell_volume26313 ų
包络直径 envelope_diameter94.7
壳层 Rg shell_rg32.93
包络 Rg envelope_rg26.90
形状 Rg shape_rg26.68
总 Rg total_rg27.41
总原子数 total_atoms3784
残基数 n_residues489
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9
Rg (实空间) rg_real27.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real5.6140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal56140000.0000
解质量估计 total_estimate0.9052
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.589
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11130000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2i25l_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd2i25m_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd2i25n1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2i25n2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2i25o1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2i25o2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2i25L00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2i25M00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id2i25N00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2i25O00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)