3g3a

Structure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

Gallus gallus

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–147 未记录 Variable lymphocyte receptor VLRB.2D × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;296 K;2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K 分辨率 2.20 Å R-free 0.271
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 19–147 未记录 Variable lymphocyte receptor VLRB.2D × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;296 K;2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K 分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 19–147 未记录 Variable lymphocyte receptor VLRB.2D × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;296 K;2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K 分辨率 2.20 Å R-free 0.271
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 19–147 未记录 Variable lymphocyte receptor VLRB.2D × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;296 K;2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 296K 分辨率 2.20 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1447 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 D; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 F; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 H; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3g3a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3g3a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3g3a
沉积日期 deposition_date2009-02-02
结构标题 titleStructure of a lamprey variable lymphocyte receptor in complex with a protein antigen
关键词 keywordsVLR, antibody, Allergen, Antimicrobial, Bacteriolytic enzyme, Glycosidase, Hydrolase, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.52
零角强度 I(0) i0276757000.00
分子量 molecular_weight127960.0 kDa
排除体积 excluded_volume157870 ų
包络体积 envelope_volume202560 ų
水化壳体积 shell_volume50668 ų
包络直径 envelope_diameter111.6
壳层 Rg shell_rg40.57
包络 Rg envelope_rg32.16
形状 Rg shape_rg32.46
总 Rg total_rg33.26
总原子数 total_atoms8959
残基数 n_residues1168
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.0
Rg (实空间) rg_real32.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real2.7680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal276800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8991
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.3
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.462
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40050000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.972

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd3g3aa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3g3ab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd3g3ac_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3g3ad_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd3g3ae_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3g3af_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd3g3ag_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3g3ah_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3g3aA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id3g3aB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3g3aC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id3g3aD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3g3aE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id3g3aF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3g3aG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id3g3aH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)