4bad

Hen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxymethyltriazoledipicolinate complex at 1.35 A resolution.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 未记录 HM6 4-(4-(hydroxymethyl)-1h-1,2,3-triazol-1-yl)pyridine-2,6-dicarboxylic acid × 4 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2 EU3 EUROPIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.6;293 K;0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.4-1.5 M SODIUM CHLORIDE, 0.00025 M PROTEIN, 0.0027 M LANTHANIDE COMPLEX, 293 K, 3-7 DAYS 分辨率 1.35 Å R-free 0.172

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4bad

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4bad
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4bad
沉积日期 deposition_date2012-09-13
结构标题 titleHen egg-white lysozyme structure in complex with the europium tris- hydroxymethyltriazoledipicolinate complex at 1.35 A resolution.
关键词 keywordsHYDROLASE, CLICK-CHEMISTRY, ANOMALOUS SCATTERING, DE NOVO PHASING, EXPERIMENTAL PHASING, LANTHANIDE COMPLEX, DIPICOLINATE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.38
零角强度 I(0) i06326650.00
分子量 molecular_weight15983.0 kDa
排除体积 excluded_volume18877 ų
包络体积 envelope_volume21347 ų
水化壳体积 shell_volume12676 ų
包络直径 envelope_diameter53.4
壳层 Rg shell_rg20.13
包络 Rg envelope_rg14.77
形状 Rg shape_rg14.32
总 Rg total_rg15.51
总原子数 total_atoms1090
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.7
Rg (实空间) rg_real15.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real6.3270e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7620e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6327000.0000
解质量估计 total_estimate0.8059
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.8
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.274
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha812400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4bada_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4badA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)