4tsb

Structure of a lysozyme antibody complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:Trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 未记录 FAb Heavy Chain × 1 FAb Light Chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;100mM PCPT pH 5.5, 200mM MgCl2, 22 % w/v PEG 3350 分辨率 1.95 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tsb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tsb
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tsb
沉积日期 deposition_date2014-06-18
结构标题 titleStructure of a lysozyme antibody complex
关键词 keywordsantibody, affinity maturation, immune system-hydrolase complex; Immune system/hydrolase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.40
零角强度 I(0) i060910400.00
分子量 molecular_weight59505.0 kDa
排除体积 excluded_volume73680 ų
包络体积 envelope_volume94108 ų
水化壳体积 shell_volume28779 ų
包络直径 envelope_diameter104.4
壳层 Rg shell_rg34.27
包络 Rg envelope_rg29.31
形状 Rg shape_rg29.36
总 Rg total_rg29.98
总原子数 total_atoms4182
残基数 n_residues548
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.0
Rg (实空间) rg_real30.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real6.0910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8446
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.9
偏度 Skewness skewness0.565
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9463000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.844

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4tsba_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd4tsbh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4tsbl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd4tsbl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id4tsbA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id4tsbH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4tsbH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4tsbL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4tsbL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)