4tws

Gadolinium Derivative of Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme at 1.45 A Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 片段:UNP residues 19-147 GD GADOLINIUM ATOM × 3 DO3 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID × 3 CL CHLORIDE ION × 13 NA SODIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;294 K;Tetragonal crystals were grown by the vapour-diffusion technique using the hanging-drop method, with 0.7-1.0 M sodium chloride and 50 mM sodium acetate buffer at pH 4.5. Derivative crystals containing gadolinium were obtained using concentrations of Gd-HPDO3A in the range 10-100 mM. 分辨率 1.45 Å R-free 0.161

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tws

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tws
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tws
沉积日期 deposition_date2014-07-01
结构标题 titleGadolinium Derivative of Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme at 1.45 A Resolution
关键词 keywordsLysozyme, Gadolinium, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.28
零角强度 I(0) i05815390.00
分子量 molecular_weight15492.0 kDa
排除体积 excluded_volume18369 ų
包络体积 envelope_volume20235 ų
水化壳体积 shell_volume12239 ų
包络直径 envelope_diameter53.5
壳层 Rg shell_rg19.79
包络 Rg envelope_rg14.53
形状 Rg shape_rg14.06
总 Rg total_rg15.76
总原子数 total_atoms2029
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.9
Rg (实空间) rg_real15.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real5.8150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9060e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5815000.0000
解质量估计 total_estimate0.8630
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.4
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.221
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha556100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4twsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4twsA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)