5njp

Mix-and-diffuse serial synchrotron crystallography: structure of N,N',N''-Triacetylchitotriose bound to Lysozyme with 1s time-delay, phased with 1HEW

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 未记录 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:BATCH MODE;pH 3.5;274 K;Crystals with sizes between 6 and 8 um in diameter were obtained by adding three parts of precipitant (1M NaCl, 40% ethylene glycol (v/v), 15% PEG4000 (w/v), 50 mM acetate buffer at pH 3.5, filtered through 450 nm filter) to one part of lysozyme (Sigma-Aldrich, 126 mg/ml dissolved in50 mM acetate buffer, pH 3.5, filtered through 100 nm filter) at 274K (ThermoStat C, Eppendorf, Germany). The resulting mixture was immediately subjected to rapid mixing and incubated for 30 minutes at 274K. 分辨率 1.70 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5njp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5njp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5njp
沉积日期 deposition_date2017-03-29
结构标题 titleMix-and-diffuse serial synchrotron crystallography: structure of N,N',N''-Triacetylchitotriose bound to Lysozyme with 1s time-delay, phased with 1HEW
关键词 keywordscompetitive inhibitor glycoside hydrolase, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.08
零角强度 I(0) i05108920.00
分子量 molecular_weight15045.0 kDa
排除体积 excluded_volume18301 ų
包络体积 envelope_volume20285 ų
水化壳体积 shell_volume12343 ų
包络直径 envelope_diameter53.0
壳层 Rg shell_rg19.77
包络 Rg envelope_rg14.35
形状 Rg shape_rg14.05
总 Rg total_rg15.20
总原子数 total_atoms2047
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.9
Rg (实空间) rg_real15.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real5.1090e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5109000.0000
解质量估计 total_estimate0.7112
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.1
偏度 Skewness skewness0.236
峰度 Kurtosis kurtosis-0.204
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1070000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5njpa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5njpA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)