6f9y

Lysozyme crystallized in presence of 10 mM lithium sulphate at pH 4.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–145 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;298 K;10 mM Lithium Sulphate, 0.3 M Sodium Chloride, 0.1 M Sodium Acetate 分辨率 1.20 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–127; UniProt 19–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6f9y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6f9y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6f9y
沉积日期 deposition_date2017-12-15
结构标题 titleLysozyme crystallized in presence of 10 mM lithium sulphate at pH 4.5
关键词 keywordshydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.70
零角强度 I(0) i04677990.00
分子量 molecular_weight14165.0 kDa
排除体积 excluded_volume17151 ų
包络体积 envelope_volume18951 ų
水化壳体积 shell_volume11850 ų
包络直径 envelope_diameter46.8
壳层 Rg shell_rg19.28
包络 Rg envelope_rg13.94
形状 Rg shape_rg13.68
总 Rg total_rg14.81
总原子数 total_atoms1922
残基数 n_residues127
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.4
Rg (实空间) rg_real14.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.6780e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4678000.0000
解质量估计 total_estimate0.8859
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.6
偏度 Skewness skewness0.180
峰度 Kurtosis kurtosis-0.304
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha719300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6f9ya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6f9yA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)