6p4b

HyHEL10 fab variant HyHEL10-4x (heavy chain mutations L4F, Y33H, S56N, and Y58F) bound to hen egg lysozyme variant HEL2x-flex (mutations R21Q, R73E, C76S, and C94S)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HyHEL10 Fab light chain

Mus musculus

UniProt A0A0E4B213

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 131–238 未记录 HyHEL10 Fab heavy chain × 1 Lysozyme C × 1 (P00698) CL CHLORIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM citrate, pH 4.2, 1 M lithium chloride, 11% w/v PEG3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.244
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 131–238 未记录 HyHEL10 Fab heavy chain × 1 Lysozyme C × 1 (P00698) CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM citrate, pH 4.2, 1 M lithium chloride, 11% w/v PEG3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0E4B213_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 107–214; UniProt 131–238 作者链 L; PDB构建体 107–214; UniProt 131–238

Lysozyme C

Gallus gallus

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 19–147 突变:R21Q, R73E, C76S, C94S HyHEL10 Fab light chain × 1 (A0A0E4B213) HyHEL10 Fab heavy chain × 1 CL CHLORIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM citrate, pH 4.2, 1 M lithium chloride, 11% w/v PEG3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.244
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 19–147 突变:R21Q, R73E, C76S, C94S HyHEL10 Fab light chain × 1 (A0A0E4B213) HyHEL10 Fab heavy chain × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM citrate, pH 4.2, 1 M lithium chloride, 11% w/v PEG3350 分辨率 1.90 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1449 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 D; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6p4b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6p4b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6p4b
沉积日期 deposition_date2019-05-27
结构标题 titleHyHEL10 fab variant HyHEL10-4x (heavy chain mutations L4F, Y33H, S56N, and Y58F) bound to hen egg lysozyme variant HEL2x-flex (mutations R21Q, R73E, C76S, and C94S)
关键词 keywordsHEL2x-flex, HyHEL10-4x, Fab, antigen-antibody, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.24
零角强度 I(0) i0228917000.00
分子量 molecular_weight116760.0 kDa
排除体积 excluded_volume144070 ų
包络体积 envelope_volume190600 ų
水化壳体积 shell_volume48141 ų
包络直径 envelope_diameter109.1
壳层 Rg shell_rg39.93
包络 Rg envelope_rg32.39
形状 Rg shape_rg33.20
总 Rg total_rg33.89
总原子数 total_atoms8211
残基数 n_residues1086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.5
Rg (实空间) rg_real33.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real2.2890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal228900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.0
偏度 Skewness skewness0.057
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha20710000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6p4ba1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6p4ba2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6p4bb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6p4bc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd6p4bd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd6p4bh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6p4bl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6p4bl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6p4bA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6p4bA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6p4bB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6p4bB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6p4bC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6p4bD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6p4bH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6p4bH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)