6syc

Crystal structure of the lysozyme in presence of bromophenol blue at pH 6.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 未记录 NA SODIUM ION × 1 LYE bromophenol blue × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;0.3 M sodium chloride, 0.1 M imidazole. After growth, and before measurement, these crystals were soaked in the dye solution: saturated bromophenol blue, 0.3 M sodium chloride, 0.1 M imidazole buffer at pH 6.5. 分辨率 1.38 Å R-free 0.226
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–147 未记录 NA SODIUM ION × 1 LYE bromophenol blue × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;0.3 M sodium chloride, 0.1 M imidazole. After growth, and before measurement, these crystals were soaked in the dye solution: saturated bromophenol blue, 0.3 M sodium chloride, 0.1 M imidazole buffer at pH 6.5. 分辨率 1.38 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1449 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 B; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6syc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6syc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6syc
沉积日期 deposition_date2019-09-27
结构标题 titleCrystal structure of the lysozyme in presence of bromophenol blue at pH 6.5
关键词 keywordsHYDROLASE, GLYCOSIDASE, Dye-soaking; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.88
零角强度 I(0) i027471600.00
分子量 molecular_weight34006.0 kDa
排除体积 excluded_volume39177 ų
包络体积 envelope_volume46522 ų
水化壳体积 shell_volume19744 ų
包络直径 envelope_diameter68.0
壳层 Rg shell_rg25.87
包络 Rg envelope_rg19.93
形状 Rg shape_rg19.84
总 Rg total_rg20.64
总原子数 total_atoms4206
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.0
Rg (实空间) rg_real20.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real2.7470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27470000.0000
解质量估计 total_estimate0.8576
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.460
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2577000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 1.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6syca_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd6sycb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6sycA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6sycB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)