7ave

Perdeuterated refolded hen egg-white lysozyme at 100 K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

Gallus gallus

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–147 未记录 NO3 NITRATE ION × 8 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 4.5;291 K;0.15 M sodium nitrate, 0.05 M sodium acetate pH 4.5 分辨率 0.98 Å R-free 0.115

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–130; UniProt 18–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ave

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ave
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ave
沉积日期 deposition_date2020-11-05
结构标题 titlePerdeuterated refolded hen egg-white lysozyme at 100 K
关键词 keywordsPerdeuterated, refolded, lysozyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.99
零角强度 I(0) i02364890.00
分子量 molecular_weight16942.0 kDa
排除体积 excluded_volume23269 ų
包络体积 envelope_volume22533 ų
水化壳体积 shell_volume13194 ų
包络直径 envelope_diameter51.7
壳层 Rg shell_rg20.30
包络 Rg envelope_rg14.76
形状 Rg shape_rg14.01
总 Rg total_rg15.67
总原子数 total_atoms2013
残基数 n_residues130
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.4
Rg (实空间) rg_real16.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.3650e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2365000.0000
解质量估计 total_estimate0.7956
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.2
偏度 Skewness skewness0.137
峰度 Kurtosis kurtosis-0.304
角度范围 angular_range— – 0.4950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha419500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd7avea_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)