8bqq

Hen Egg-White Lysozyme (HEWL) complexed with amine-functionalised Anderson-Evans polyoxometalate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 未记录 RJU Mn-Mo(6)-N(2)-O(24)-C(8) cluster × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;130 mg/mL Lysozyme, 20 mM AE-NH2, 1.0 M lithium chloride, 0.1 M sodium acetate and 30% (w/v) PEG 6000 分辨率 1.57 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYSC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bqq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bqq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bqq
沉积日期 deposition_date2022-11-21
结构标题 titleHen Egg-White Lysozyme (HEWL) complexed with amine-functionalised Anderson-Evans polyoxometalate
关键词 keywordsinteractions, polyoxometalate, Anderson-Evans, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.27
零角强度 I(0) i06190670.00
分子量 molecular_weight15547.0 kDa
排除体积 excluded_volume18214 ų
包络体积 envelope_volume20009 ų
水化壳体积 shell_volume12212 ų
包络直径 envelope_diameter52.9
壳层 Rg shell_rg19.65
包络 Rg envelope_rg14.38
形状 Rg shape_rg14.08
总 Rg total_rg15.58
总原子数 total_atoms1044
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.7
Rg (实空间) rg_real15.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real6.1910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6191000.0000
解质量估计 total_estimate0.8865
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3
偏度 Skewness skewness0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.307
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha307500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8bqqA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)