50S ribosomal protein L34
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 | 链 2； UniProt 1–46 | 未记录 | 50S ribosomal protein L4 × 1 （P60723） 50S ribosomal protein L13 × 1 （P0AA10） 50S ribosomal protein L15 × 1 （P02413） 50S ribosomal protein L20 × 1 （P0A7L3） 50S ribosomal protein L21 × 1 （P0AG48） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 50S ribosomal protein L30 × 1 （P0AG51） 23S rRNA × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.29 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8C99 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11BQ Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA (EC-S3.5) 提交 2026-02-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 307 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 C CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 G GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11DG Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved Vibrio cholerae 16S rRNA (VC-S4.4) 提交 2026-02-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 272 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11EL Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Vibrio cholerae (VC-ST) 提交 2026-02-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 SPD SPERMIDINE × 16 SPM SPERMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 11FV Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Pseudomonas aeruginosa (PA-S3.3) 提交 2026-02-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 307 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 28UH E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 274 K POTASSIUM ION × 65 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å |
| 28UI E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 270 VAL VALINE × 1 K POTASSIUM ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 28UJ E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 251 SCM SPECTINOMYCIN × 1 K POTASSIUM ION × 47 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.16 Å |
| 28UK E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 227 K POTASSIUM ION × 74 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 28UL E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 212 K POTASSIUM ION × 77 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 28UM E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 238 K POTASSIUM ION × 109 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.15 Å |
| 28UN E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 183 K POTASSIUM ION × 65 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 2J28 MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS 提交 2006-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 111 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 2RDO 50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound 提交 2007-09-24 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
PolyMix；pH 7.5；PolyMix
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot
|
分辨率 9.10 Å |
| 30QZ E. coli 50S ribosome with peptidyl-tRNA and Hsp15 提交 2026-05-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 ZN ZINC ION × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.23 Å |
| 30RA E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA, mRNA and Hsp15 提交 2026-05-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 281 ASP ASPARTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 30RB E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA and Hsp15 提交 2026-05-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 210 K POTASSIUM ION × 2 ASP ASPARTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 3BBX The Hsp15 protein fitted into the low resolution Cryo-EM map of the 50S.nc-tRNA.Hsp15 complex 提交 2007-11-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 110 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 3J5L Structure of the E. coli 50S subunit with ErmBL nascent chain 提交 2013-10-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | UNL UNKNOWN LIGAND × 1 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 6.60 Å |
| 3J7Z Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain 提交 2014-08-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å |
| 3J9Y Cryo-EM structure of tetracycline resistance protein TetM bound to a translating E.coli ribosome 提交 2015-03-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol；pH 7.4；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.90 Å |
| 3J9Z Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 L3
1–46（46 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JA1 Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 L5
1–46（46 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JBU Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps 提交 2015-10-16 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose；pH 7；20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 3JBV Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps 提交 2015-10-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | CLM CHLORAMPHENICOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose；pH 7；20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 3JCD Structure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosomes (Post EF4) 提交 2015-12-01 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCE Structure of Escherichia coli EF4 in pretranslocational ribosomes (Pre EF4) 提交 2015-12-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 3JCJ Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association 提交 2015-12-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 b
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCN Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association: Initiation Complex I 提交 2016-01-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.60 Å |
| 4CSU Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with ObgE 提交 2014-03-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2；pH 7.5；20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 5.50 Å |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4UY8 Molecular basis for the ribosome functioning as a L-tryptophan sensor - Cryo-EM structure of a TnaC stalled E.coli ribosome 提交 2014-08-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 143 ZN ZINC ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV
|
分辨率 3.80 Å |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 170 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 173 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 177 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V5H E.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide. 提交 2009-10-26 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 B6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT；pH 8；50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE,
|
分辨率 5.80 Å |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V65 Structure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state 提交 2008-08-03 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 BV
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V66 Structure of the E. coli ribosome and the tRNAs in Post-accommodation state 提交 2008-08-03 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 BV
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V69 Ternary complex-bound E.coli 70S ribosome. 提交 2008-12-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification using FEI Vitrobot; blot 3 seconds before plunging with an offset of -1mm
|
分辨率 6.70 Å |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6K Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Ae
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.25 Å |
| 4V6L Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Be
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 13.20 Å |
| 4V6M Structure of the ribosome-SecYE complex in the membrane environment 提交 2011-02-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 101 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol；pH 7.2；20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；liquid ethane was used as a cryogen
|
分辨率 7.10 Å |
| 4V6N Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes) 提交 2011-12-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 A5
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 12.10 Å |
| 4V6O Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4a of the six classes) 提交 2011-12-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B5
1–46（46 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 14.70 Å |
| 4V6P Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4b of the six classes) 提交 2011-12-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B5
1–46（46 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 6 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 6 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.50 Å |
| 4V6Q Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 5 of the six classes) 提交 2011-12-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B5
1–46（46 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6R Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 6 of the six classes) 提交 2011-12-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B5
1–46（46 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6S Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 3 of the six classes) 提交 2011-12-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 A5
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.10 Å |
| 4V6T Structure of the bacterial ribosome complexed by tmRNA-SmpB and EF-G during translocation and MLD-loading 提交 2012-01-27 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96.15 K；冷冻剂 ETHANE；blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot)
|
分辨率 8.30 Å |
| 4V6Y E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1a) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V6Z E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1b) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V70 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre3) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V71 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre2) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V72 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre4) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 13.00 Å |
| 4V73 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5a) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V74 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5b) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V75 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic post-translocation state (post1) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V76 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2a) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V77 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2b) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V78 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V79 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3b) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V7A E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal post-translocation complex (post4) 提交 2013-10-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V7B Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation 提交 2013-10-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME；pH 7.6；80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 6.80 Å |
| 4V7C Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA structure) 提交 2013-11-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B5
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7D Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure) 提交 2013-11-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric |
链 A6
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7I Ribosome-SecY complex. 提交 2009-10-21 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 A2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；THE SPECIMENS WERE PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE AT 4 DEGREES C AT AN RH OF ~90-95%.
|
分辨率 9.60 Å |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 TEL TELITHROMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 183 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 CLY CLINDAMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V89 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin) 提交 2011-11-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric |
链 B6
1–46（46 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.290 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 224 NMY NEOMYCIN × 10 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 C2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 A2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 C2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 E2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 G2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 A2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 C2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 E2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 G2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 D2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 228 ZN ZINC ION × 1 NEG NEGAMYCIN × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 C2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 PAR PAROMOMYCIN × 7 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 R2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 EM1 (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 Y2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 263 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 ACY ACETIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 5ADY Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX 提交 2015-08-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2；pH 7.5；20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5AFI 2.9A Structure of E. coli ribosome-EF-TU complex by cs-corrected cryo-EM 提交 2015-01-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 333 CL CHLORIDE ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN；pH 7.5；50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUIDE ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5AKA EM structure of ribosome-SRP-FtsY complex in closed state 提交 2015-03-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 110 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO；pH 7.5；50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHAN
|
分辨率 5.70 Å |
| 5GAD RNC-SRP-SR complex early state 提交 2015-11-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 433 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 5GAE RNC in complex with a translocating SecYEG 提交 2015-11-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 323 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 5GAF RNC in complex with SRP 提交 2015-11-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 5GAG RNC in complex with SRP-SR in the closed state 提交 2015-11-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5GAH RNC in complex with SRP with detached NG domain 提交 2015-11-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 431 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5H5U Mechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2 提交 2016-11-09 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 5IQR Structure of RelA bound to the 70S ribosome 提交 2016-03-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 3 PAR PAROMOMYCIN × 1 MET METHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 5 s
|
分辨率 3.00 Å |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JTE Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with A-, P-, and E-tRNA 提交 2016-05-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：58-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | LYS LYSINE × 1 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5JU8 Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with P-, and E-tRNA 提交 2016-05-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCR Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Avilamycin C, mRNA and P-site tRNA at 3.6A resolution 提交 2016-06-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 17
1–46（46 aa）
|
未记录 | 6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件
pH 7.4
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCS Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution 提交 2016-06-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 17
1–46（46 aa）
|
未记录 | EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPS Structure of RelA bound to ribosome in absence of A/R tRNA (Structure I) 提交 2016-07-05 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 4
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPV Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure II) 提交 2016-07-05 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 3
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 4.10 Å |
| 5KPW Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure III) 提交 2016-07-05 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 3
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPX Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure IV) 提交 2016-07-05 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 3
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5L3P Cryo-EM structure of stringent response factor RelA bound to ErmCL-stalled ribosome complex 提交 2016-05-24 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 7
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 5LZA Structure of the 70S ribosome with SECIS-mRNA and P-site tRNA (Initial complex, IC) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5LZB Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the initial binding state (IB) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 5LZC Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the codon reading state (CR) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5LZD Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the GTPase activated state (GA) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 147 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5LZE Structure of the 70S ribosome with Sec-tRNASec in the classical pre-translocation state (C) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5LZF Structure of the 70S ribosome with fMetSec-tRNASec in the hybrid pre-translocation state (H) 提交 2016-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 5MDV Structure of ArfA and RF2 bound to the 70S ribosome (accommodated state) 提交 2016-11-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 440 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 5MDW Structure of ArfA(A18T) and RF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 438 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 5MDY Structure of ArfA and TtRF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：62-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 450 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 5MDZ Structure of the 70S ribosome (empty A site) 提交 2016-11-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 5MGP Structural basis for ArfA-RF2 mediated translation termination on stop-codon lacking mRNAs 提交 2016-11-21 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 5NCO Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome 提交 2017-03-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5NP6 70S structure prior to bypassing 提交 2017-04-13 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 0
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5NWY 2.9 A cryo-EM structure of VemP-stalled ribosome-nascent chain complex 提交 2017-05-08 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5O2R Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide Api137 bound to the terminating ribosome 提交 2017-05-22 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5U4I Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome 提交 2016-12-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 124 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5UYK 70S ribosome bound with cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYL 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon (Structure II) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.60 Å |
| 5UYM 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 383 ZN ZINC ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.20 Å |
| 5UYN 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I-nc) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 4.00 Å |
| 5UYP 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, open 30S (Structure II-nc) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYQ 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III-nc) 提交 2017-02-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.80 Å |
| 5WDT 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp 提交 2017-07-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–45（45 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1904 K POTASSIUM ION × 5 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.00 Å |
| 5WE4 70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp 提交 2017-07-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–45（45 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1618 K POTASSIUM ION × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.10 Å |
| 5WE6 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and cognate tRNA 提交 2017-07-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–45（45 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 662 K POTASSIUM ION × 8 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 5WFK 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C3) 提交 2017-07-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–45（45 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1413 K POTASSIUM ION × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 6BU8 70S ribosome with S1 domains 1 and 2 (Class 1) 提交 2017-12-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 32
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.50 Å |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 225 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6C4I Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination 提交 2018-01-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 317 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 3.5 seconds.
|
分辨率 3.24 Å |
| 6ENF Cryo-EM structure of a polyproline-stalled ribosome in the absence of EF-P 提交 2017-10-04 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6ENJ Polyproline-stalled ribosome in the presence of A+P site tRNA and elongation-factor P (EF-P) 提交 2017-10-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ENU Polyproline-stalled ribosome in the presence of elongation-factor P (EF-P) 提交 2017-10-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6GBZ 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 5 提交 2018-04-16 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GC0 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 4 提交 2018-04-16 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GC4 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 3 提交 2018-04-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6GC6 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 2 提交 2018-04-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：nonadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6GC7 50S ribosomal subunit assembly intermediate state 1 提交 2018-04-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：heptadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6GC8 50S ribosomal subunit assembly intermediate - 50S rec* 提交 2018-04-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GWT Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I) 提交 2018-06-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXM Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II) 提交 2018-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXN Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III) 提交 2018-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXO Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV) 提交 2018-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXP Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only) 提交 2018-06-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6H4N Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - 70S Hibernating E. coli Ribosome 提交 2018-07-22 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；B100S buffer (25 mM Hepes pH 7.5, 100 mM KOAc, 15 mM Mg(OAc)2, 1 mM dithiothreitol)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6H58 Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - Full 100S Hibernating E. coli Ribosome 提交 2018-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 104 PDB 声明：112-meric |
链 2
1–46（46 aa）
链 22
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 6HRM E. coli 70S d2d8 stapled ribosome 提交 2018-09-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：53-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 436 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 6I0Y TnaC-stalled ribosome complex with the titin I27 domain folding close to the ribosomal exit tunnel 提交 2018-10-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 143 ZN ZINC ION × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6I7V Ribosomal protein paralogs bL31 and bL36 提交 2018-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 99 PDB 声明：105-meric |
链 C3
1–46（46 aa）
链 D3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 453 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 13 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 6OFX Non-rotated ribosome (Structure I) 提交 2019-04-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6OG7 70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Non-rotated ribosome with RF2 bound (Structure II) 提交 2019-04-01 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6Q97 Structure of tmRNA SmpB bound in A site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 439 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6Q98 Structure of tmRNA SmpB bound in P site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 429 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6Q9A Structure of tmRNA SmpB bound past E site of E. coli 70S ribosome 提交 2018-12-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 d
1–45（45 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6QUL Structure of a bacterial 50S ribosomal subunit in complex with the novel quinoxolidinone antibiotic cadazolid 提交 2019-02-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 382 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 JJH cadazolid × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6S0K Ribosome nascent chain in complex with SecA 提交 2019-06-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 68 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6SZS Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis 提交 2019-10-02 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 6TBV Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 2) 提交 2019-11-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L341
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 UNX UNKNOWN LIGAND × 1201 ZN ZINC ION × 3 ORN L-ornithine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6TC3 Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 1) 提交 2019-11-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L341
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 UNX UNKNOWN LIGAND × 1201 ZN ZINC ION × 3 ORN L-ornithine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6VWL 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P/E tRNA (rotated conformation) 提交 2020-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 AA
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6VWM 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure I) 提交 2020-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 AA
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 53 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6VWN 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure II) 提交 2020-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 AA
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 55 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6WD6 Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure II-C2) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDB Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-A) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDC Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-B) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6WDD Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-A) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6WDE Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-B) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6WDF Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-A) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDG Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-B) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDH Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B1) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6WDI Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B2) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDJ Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A1) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDK Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A2) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WDL Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B1) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDM Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B2) 提交 2020-03-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WNT 50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6WNV 70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6WNW Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6XZ7 E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet). 提交 2020-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：33-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 178 DI0 Dirithromycin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 6XZA E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 c2
1–46（46 aa）
|
未记录 | DI0 Dirithromycin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 6XZB E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 c2
1–46（46 aa）
|
未记录 | DI0 Dirithromycin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 6Y69 Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic TetracenomycinX 提交 2020-02-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | OCW Tetracenomycin X × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 6YSR Structure of the P+9 stalled ribosome complex 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 332 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 6YSS Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 387 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.60 Å |
| 6YST Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex with P/E hybrid tRNA in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 253 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.20 Å |
| 6YSU Structure of the P+0 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state 提交 2020-04-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 356 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.1 % w/v DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ZTJ E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 479 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6ZTL E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 441 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6ZTM E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：60-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 421 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6ZTN E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA) 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：63-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6ZTO E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ZTP E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6 提交 2020-07-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ZU1 E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2 提交 2020-07-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric |
链 B4
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 487 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ABZ Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 192 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.21 Å |
| 7AC7 Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli stalled ribosome. 提交 2020-09-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 441 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.08 Å |
| 7ACJ Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 308 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å |
| 7ACR Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 212 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.44 Å |
| 7B5K E. coli 70S containing suppressor tRNA in the A-site stabilized by a Negamycin analogue and P-site tRNA-nascent chain. 提交 2020-12-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 359 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 SY5 2-[[[(3~{R},5~{R})-3-azanyl-6-(3-azanylpropylamino)-5-oxidanyl-hexanoyl]amino]-methyl-amino]ethanoic acid × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7BL2 pre-50S-ObgE particle state 1 提交 2021-01-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7BL3 pre-50S-ObgE particle state 2 提交 2021-01-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7BL4 in vitro reconstituted 50S-ObgE-GMPPNP-RsfS particle 提交 2021-01-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7BL5 pre-50S-ObgE particle 提交 2021-01-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7BL6 50S-ObgE-GMPPNP particle 提交 2021-01-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7BV8 Mature 50S ribosomal subunit from RrmJ knock out E.coli strain 提交 2020-04-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh form concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 3.14 Å |
| 7D6Z Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase and trigger factor 提交 2020-10-02 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7D80 Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase, trigger factor, and methionine aminopeptidase 提交 2020-10-06 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 0
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7JSS ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-II) 提交 2020-08-15 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7JSW ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III) 提交 2020-08-16 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7JSZ ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-IV) 提交 2020-08-16 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7JT1 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound (+9-III) 提交 2020-08-16 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JT2 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB bound in the A site 提交 2020-08-16 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7JT3 Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound in the A site (+9-IV) 提交 2020-08-17 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K50 Pre-translocation non-frameshifting(CCA-A) complex (Structure I) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K51 Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.50 Å |
| 7K52 Near post-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K53 Pre-translocation +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure I-FS) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K54 Mid-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II-FS) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K55 Near post-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III-FS) 提交 2020-09-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.30 Å |
| 7LV0 Pre-translocation rotated ribosome +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure Irot-FS) 提交 2021-02-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7N1P Elongating 70S ribosome complex in a classical pre-translocation (PRE-C) conformation 提交 2021-05-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 18 MG MAGNESIUM ION × 405 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 SPD SPERMIDINE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 7N2C Elongating 70S ribosome complex in a fusidic acid-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) (INT2) 提交 2021-05-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：61-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 MG MAGNESIUM ION × 197 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 3 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 7N2U Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H1 pre-translocation (PRE-H1) conformation 提交 2021-05-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 MG MAGNESIUM ION × 368 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å |
| 7N2V Elongating 70S ribosome complex in a spectinomycin-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G in an active, GTP conformation (INT1) 提交 2021-05-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | SCM SPECTINOMYCIN × 3 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 17 MG MAGNESIUM ION × 344 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 7N30 Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation 提交 2021-05-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11 MG MAGNESIUM ION × 296 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SPD SPERMIDINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 7N31 Elongating 70S ribosome complex in a post-translocation (POST) conformation 提交 2021-05-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 209 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 SPD SPERMIDINE × 4 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 7NBU Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome. 提交 2021-01-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 313 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2s before plunging
|
分辨率 3.11 Å |
| 7NSO Structure of ErmDL-Erythromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with P-tRNA 提交 2021-03-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NSP Structure of ErmDL-Erythromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with A and P-tRNA 提交 2021-03-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7NSQ Structure of ErmDL-Telithromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with A and P-tRNA 提交 2021-03-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | TEL TELITHROMYCIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7NWT Initiated 70S ribosome in complex with 2A protein from encephalomyocarditis virus (EMCV) 提交 2021-03-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Initiated 70S ribosomes in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2 were diluted tenfold into 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate, 1.5 mM MgCl2, 2.0 mM DTT. 2A protein was dialysed (3K MWCO, 277K, 16 h) into the same buffer.
Crosslinking reactions of 50 microliters comprising 75 nM ribosomes, 3.0 micromolar 2A and 2.0 mM bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) were performed on ice (30 min) immediately prior to grid preparation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Quantifoil R 2/2 400-mesh copper supports were coated with an additional ~ 60 angstrom layer of amorphous, evaporated carbon by flotation and thoroughly dried before use. Grids were made hydrophilic by glow-discharge in air for 30 s. Three microliters of crosslinking reaction was applied to grids which were then blotted for 4.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot MK IV (FEI) at 277K, 100% relative humidity.
|
分辨率 2.66 Å |
| 7NWW CspA-27 cotranslational folding intermediate 1 提交 2021-03-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 413 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7O19 Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7O1A Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 326 K POTASSIUM ION × 147 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7O1C Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome-RF2 complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7ODE E. coli 50S ribosome LiCl core particle 提交 2021-04-29 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；continuous carbon, 3 microL of sample, incubate for 30 seconds, blot for 3.5 seconds
|
分辨率 2.84 Å |
| 7OIF CspA-27 cotranslational folding intermediate 2 提交 2021-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 416 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OIG CspA-27 cotranslational folding intermediate 3 提交 2021-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 400 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7OII CspA-70 cotranslational folding intermediate 2 提交 2021-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 422 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OIZ Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide 提交 2021-05-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 308 TRP TRYPTOPHAN × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OJ0 Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide and RF2 提交 2021-05-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 308 TRP TRYPTOPHAN × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7OT5 CspA-70 cotranslational folding intermediate 1 提交 2021-06-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 394 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7P3K Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide (control) 提交 2021-07-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 308 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7PJS Structure of the 70S ribosome with tRNAs in the classical pre-translocation state and apramycin (C) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 363 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.35 Å |
| 7PJT Structure of the 70S ribosome with tRNAs in hybrid state 1 (H1) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.00 Å |
| 7PJU Structure of the 70S ribosome with tRNAs in hybrid state 2 (H2) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 9.50 Å |
| 7PJV Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PJW Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | AM2 APRAMYCIN × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PJX Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.50 Å |
| 7PJY Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 318 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PJZ Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 2 (CHI2-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.00 Å |
| 7Q4K Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain 提交 2021-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 B2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 172 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7QG8 Structure of the collided E. coli disome - VemP-stalled 70S ribosome 提交 2021-12-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 7QGN Structure of the SmrB-bound E. coli disome - stalled 70S ribosome 提交 2021-12-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 7QGR Structure of the SmrB-bound E. coli disome - collided 70S ribosome 提交 2021-12-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 7QQ3 Cryo-EM structure of the E.coli 50S ribosomal subunit in complex with the antibiotic Myxovalargin A. 提交 2022-01-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 145 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were made fresh, pH was adjusted with potassium hydroxide at 4 degrees celcius and sterile filtered.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；2 seconds blotting before plunging.
|
分辨率 2.10 Å |
| 7SS9 Late translocation intermediate with EF-G partially dissociated (Structure V) 提交 2021-11-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7SSD Mid translocation intermediate with EF-G bound with GDP (Structure IV) 提交 2021-11-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SSL Pre translocation intermediate with EF-G bound to GDP and Pi (Structure III) 提交 2021-11-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SSN Pre translocation 70S ribosome with A/P* and P/E tRNA (Structure II-B) 提交 2021-11-11 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSO Pre translocation 70S ribosome with A/A and P/E tRNA (Structure II-A) 提交 2021-11-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSW Late translocation intermediate with EF-G dissociated (Structure VI) 提交 2021-11-11 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7ST2 Post translocation, non-rotated 70S ribosome with EF-G dissociated (Structure VII) 提交 2021-11-11 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7ST6 Pre translocation, non-rotated 70S ribosome (Structure I) 提交 2021-11-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ST7 Pre translocation intermediate stalled with viomycin and bound with EF-G in a GDP and Pi state (Structure III-vio) 提交 2021-11-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Y7C Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(G34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 283 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 7Y7D Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(Q34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 258 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 7Y7E Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 248 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 7Y7F Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAC) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 259 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 7Y7G Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 256 GAL beta-D-galactopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.34 Å |
| 7Y7H Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAC) 提交 2022-06-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 263 GAL beta-D-galactopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 7YLA Cryo-EM structure of 50S-HflX complex 提交 2022-07-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å |
| 7Z20 70S E. coli ribosome with an extended uL23 loop from Candidatus marinimicrobia and a stalled filamin domain 5 nascent chain 提交 2022-02-25 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.29 Å |
| 7ZOD 70S E. coli ribosome with an extended uL23 loop from Candidatus marinimicrobia 提交 2022-04-25 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 7ZP8 70S E. coli ribosome with a stalled filamin domain 5 nascent chain 提交 2022-04-26 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 7ZQ5 70S E. coli ribosome with truncated uL23 and uL24 loops 提交 2022-04-29 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7ZQ6 70S E. coli ribosome with truncated uL23 and uL24 loops and a stalled filamin domain 5 nascent chain 提交 2022-04-29 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 7ZTA Structure of an Escherichia coli 70S ribosome stalled by Tetracenomycin X during translation of an MAAAPQK(C) peptide 提交 2022-05-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 L341
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 289 K POTASSIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 OCW Tetracenomycin X × 1 CYS CYSTEINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Waiting 30 sec
Blotting 2.5 sec
Blot force 5
|
分辨率 2.70 Å |
| 8A3L Structural insights into the binding of bS1 to the ribosome 提交 2022-06-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 313 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8AP4 Structure of Escherischia coli heat shock protein Hsp15 in complex with ribosomal 50S subunits bearing peptidyl-tRNA 提交 2022-08-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.46
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8AYE E. coli 70S ribosome bound to thermorubin and fMet-tRNA 提交 2022-09-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 T8B Thermorubin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.96 Å |
| 8B0X Translating 70S ribosome in the unrotated state (P and E, tRNAs) 提交 2022-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 168 MG MAGNESIUM ION × 361 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å |
| 8B7Y Cryo-EM structure of the E.coli 70S ribosome in complex with the antibiotic Myxovalargin B. 提交 2022-10-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：52-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 237 ZN ZINC ION × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SPD SPERMIDINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8BF7 Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-24 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 8BGE Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å |
| 8BGH Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 8BH4 Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-29 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 8BHJ Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-31 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8BHL Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å |
| 8BHN Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-31 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8BHP Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 8BIL Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAA codon in the A-site. 提交 2022-11-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å |
| 8BIM Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAm6A codon in the A-site 提交 2022-11-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å |
| 8C8X Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 8C8Y Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8C8Z Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8C90 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 8C91 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.19 Å |
| 8C92 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：heptadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å |
| 8C93 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：heptadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 8C94 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8C95 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.92 Å |
| 8C96 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å |
| 8C97 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 8C98 Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 8C9A Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.86 Å |
| 8C9B Cryo-EM captures early ribosome assembly in action 提交 2023-01-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 8CAM Evernimicin bound to the 50S subunit 提交 2023-01-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 246 K POTASSIUM ION × 72 6O1 Evernimicin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.86 Å |
| 8CEU Retapamulin and Capreomycin bound to the 50S subunit 提交 2023-02-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 G34 Retapamulin × 1 MG MAGNESIUM ION × 220 K POTASSIUM ION × 81 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.83 Å |
| 8CGD Clindamycin bound to the 50S subunit 提交 2023-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 CLY CLINDAMYCIN × 1 AM2 APRAMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 254 K POTASSIUM ION × 85 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.98 Å |
| 8CGK Lincomycin and Avilamycin bound to the 50S subunit 提交 2023-02-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 3QB LINCOMYCIN × 1 6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 MG MAGNESIUM ION × 260 K POTASSIUM ION × 81 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.64 Å |
| 8CGV Tiamulin bound to the 50S subunit 提交 2023-02-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 P8F Pentacycline × 2 MUL TIAMULIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 219 K POTASSIUM ION × 83 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.66 Å |
| 8HSP E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and t6A37 in classical state 提交 2022-12-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 315 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å |
| 8HTZ E. coli 70S ribosome complexed with H. marismortui tRNA_Ile2 bearing agm2C34 in classical state 提交 2022-12-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 317 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8HU1 E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and ct6A37 in classical state 提交 2022-12-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 314 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8IFB Dibekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system 提交 2023-02-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 406 SPD SPERMIDINE × 14 84D Dibekacin × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 8IFC Arbekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system 提交 2023-02-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 460 SPD SPERMIDINE × 16 84G Arbekacin × 10 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8J1Z The global structure of pre50S related to DbpA in state3 提交 2023-04-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 210 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES-KOH,pH7.5;140mM NH4Cl;10mM Mg2+,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8P16 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure I) 提交 2023-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 330 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8P17 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure II) 提交 2023-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 325 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8P18 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure III) 提交 2023-05-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 321 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 127 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8PEG Escherichia coli paused disome complex (queueing 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 l
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 260 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.30 Å |
| 8PHJ cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome 提交 2023-06-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 241 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 8PKL Escherichia coli paused disome complex (leading 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 l
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 287 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.09 Å |
| 8PVA Structure of bacterial ribosome determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8QBT E. coli ApdP-stalled ribosomal complex 提交 2023-08-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：52-meric |
链 c
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 248 K POTASSIUM ION × 127 PRO PROLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8QK7 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UAA 提交 2023-09-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 d
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 332 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 K POTASSIUM ION × 126 SPD SPERMIDINE × 10 SPM SPERMINE × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8QOA Structure of SecM-stalled Escherichia coli 70S ribosome 提交 2023-09-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 132 MG MAGNESIUM ION × 288 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.00 Å |
| 8R3V Escherichia coli paused disome complex (non-rotated disome interface) 提交 2023-11-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 l2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 297 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celsius.
|
分辨率 3.28 Å |
| 8R6C 70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with A- and P-site tRNA. 提交 2023-11-22 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 K POTASSIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8R8M 70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with hybrid A/P- and hybrid P/E-tRNA. 提交 2023-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 307 K POTASSIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8RCL Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 1) 提交 2023-12-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 l2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 296 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.49 Å |
| 8RCM Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 2) 提交 2023-12-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 l2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 MG MAGNESIUM ION × 296 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.59 Å |
| 8RCS Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 1) 提交 2023-12-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：65-meric |
链 l2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 269 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 4.46 Å |
| 8RCT Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 2) 提交 2023-12-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：65-meric |
链 l2
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 268 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 5.32 Å |
| 8RPY Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api137 提交 2024-01-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8RPZ Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation I 提交 2024-01-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å |
| 8RQ0 Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation II 提交 2024-01-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å |
| 8RQ2 Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation III 提交 2024-01-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å |
| 8W51 Structure of YchF(H114A) on E.coli 50S ribosomal subunit 提交 2023-08-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 3
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 104 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8Y5K E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8Y5L E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8Y5M E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5N E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5O E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8Y5P E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 8Y5Q E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：66-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Y5R E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5S E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5T E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8YDE E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 8YDF E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDG E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8YDH E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8YDI E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDJ E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 D
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8YUO E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 at the A-site and P-site 提交 2024-03-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 8YUP E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and A4 mRNA 提交 2024-03-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å |
| 8YUQ E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and dA4 mRNA 提交 2024-03-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 8YUR E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and Am4 mRNA 提交 2024-03-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 8YUS E. coli 70S ribosome complexed with P.putida tRNAIle2 and A(F)4 mRNA 提交 2024-03-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 8ZEJ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2024-05-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.69 Å |
| 8ZFF Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications 提交 2024-05-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 457 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 8ZFG Structure of the Bacterial Ribosome with hypoxia-induced rRNA modifications 提交 2024-05-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 471 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8ZFI Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2024-05-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 8ZTU 70S ribosome arrested by PepNL 提交 2024-06-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 300 K POTASSIUM ION × 47 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8ZTV 70S ribosome arrested by PepNL with RF2 提交 2024-06-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 301 K POTASSIUM ION × 47 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9CL9 WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound 提交 2024-07-10 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric |
链 2
9–45（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Most of the sucrose was removed by spin concentration.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliter of the sample was added.
|
分辨率 5.04 Å |
| 9DYG iSAT-PNA-RA20, RA20-B-c class 提交 2024-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tetradecameric |
链 2
9–45（37 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Most of the sucrose was removed by spin concentration.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microliter of the sample was added.
|
分辨率 5.27 Å |
| 9FBV 70S Escherichia coli ribosome with P-site initiatior tRNA. 提交 2024-05-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 306 K POTASSIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9GFT Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class I 提交 2024-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 105 PDB 声明：116-meric |
链 Ax
1–46（46 aa）
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GGR Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class II 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 106 PDB 声明：117-meric |
链 Ax
1–46（46 aa）
链 p
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9GHA Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G and a tRNA in pe/E chimeric state (CHI) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 94 MG MAGNESIUM ION × 271 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 9GHB Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G in post-translocational state (POST) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 111 MG MAGNESIUM ION × 303 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å |
| 9GHC Pre-release fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococus aureus EF-G and FusB (FusB-EF-G-70S) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 109 MG MAGNESIUM ION × 301 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 9GHD Escherichia coli 70S ribosome in complex with Staphylococcus aureus FusB-EF-G (FusB-EF-G-70S*) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 9GHE Staphylococcus aureus FusB bound to the small subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:SSU) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9GHF Staphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:LSU) 提交 2024-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9GXX 70S ribosome with doublet-decoding tRNASer3 bound to A-site GCA codon 提交 2024-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 288 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9H0L 70S ribosome with cognate tRNASer3 bound to A-site AGC codon 提交 2024-10-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 314 SPD SPERMIDINE × 6 SPM SPERMINE × 1 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 6 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 9H3M 50S subunit precursor C_(L22)- 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.41 Å |
| 9H3N 50S subunit precursor C_(L22)-~H61 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å |
| 9H3O 50S subunit precursor C_(L22)-_GAC 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：17-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 9H3P 50S subunit precursor C-CP_(L22)- 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.06 Å |
| 9H3Q 50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)-~H61 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 9H3R 50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)- 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 9H3S 50S subunit precursor C-CP_YjgA_L22 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 9H3T 50S subunit precursor C_L2 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：20-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å |
| 9H3U 50S subunit precursor C_H68 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：20-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9H3V 50S subunit precursor C-CP_L2-L28 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9H3W 50S subunit precursor C-CP_H68 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.38 Å |
| 9H3X 50S subunit precursor C-CP_H68_L35 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 9H3Y 50S subunit precursor 50S_(L16)- 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9H3Z mature 50S subunit 提交 2024-10-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9HA1 Pooled 50S subunit C_(L22)- precursor states supplemented with Api137 - Canonical PET exit Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 9HA2 Pooled 50S subunit C_(L22)- precursor states supplemented with Api137 - Alternative PET exit Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 9HA3 Pooled 50S subunit C_(L22)-~H61 precursor states supplemented with Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 9HA4 Pooled 50S subunit C-CP_(L22)- precursor states supplemented with Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.26 Å |
| 9HA5 Pooled 50S subunit C_L2 precursor states supplemented with Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：19-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9HA6 mature 50S subunit supplemented with Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 9HA7 Pooled 50S subunit C-CP_(L22)-~H61 precursor states supplemented with Api137 提交 2024-11-01 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.37 Å |
| 9HAI Pooled 50S subunit C-CP_L2-L28 precursor states supplemented with Api137 提交 2024-11-04 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：18-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9HUQ Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 47, with P-site tRNA 提交 2024-12-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 9HUS Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 31, with P-site tRNAs 提交 2024-12-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9HY6 Structure of E.coli ribosome with nascent chain at linker length of 31 amino acids, with mRNA, P-site and A-site tRNAs 提交 2025-01-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：34-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9HYM Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 34, with mRNA, P-site and A-site tRNAs, and mRNA 提交 2025-01-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：34-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9I3L Structure of E.coli ribosome with filamin mutant Y719E nascent chain at linker length of 47 amino acids, with tRNA 提交 2025-01-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9IOT Cryo-EM structure of Escherichia coli hibernating ribosome with RNase I mutant 提交 2024-07-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 5
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 475 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 10 mM Mg(OAc)2, 30 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9JMK 50S Ribosomal Subunit precursor state III 提交 2024-09-20 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9JNS 50S precursor - Erm complex (C-II) 提交 2024-09-23 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 9JPM Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAA) 提交 2024-09-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 391 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 9JPO Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAA) 提交 2024-09-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 448 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9JPP Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAG) 提交 2024-09-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 443 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 9JQ2 Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAG) 提交 2024-09-27 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 438 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9JSR 50S precursor - Erm complex (C-I) 提交 2024-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | AN6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9N2B Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsB ribosome (BBB-70S) 提交 2025-01-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 SPD SPERMIDINE × 5 MG MAGNESIUM ION × 276 K POTASSIUM ION × 56 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9N2C Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S) 提交 2025-01-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 Lh
1–46（46 aa）
|
未记录 | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 10 SPD SPERMIDINE × 5 MG MAGNESIUM ION × 283 K POTASSIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9Q87 Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angstrom resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+ 提交 2025-02-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 235 MG MAGNESIUM ION × 415 CU1 COPPER (I) ION × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å |
| 9QQQ Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the major state (vacant A-site, canon) 提交 2025-04-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 A1JA7 [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-carbamimidamido-2-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 312 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 9QSJ Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state. 提交 2025-04-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 311 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 9R3A Structure of Stalled Beta-Galactosidase 70S Ribosome Nascent Chain 提交 2025-05-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 131 MG MAGNESIUM ION × 287 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.44 Å |
| 9RFW Manikomycin bound to the Escherichia coli 50S ribosomal subunit 提交 2025-06-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 213 K POTASSIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9RJA Manikomycin bound to the Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-06-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 K POTASSIUM ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 9RTU Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.00 Å |
| 9RTV Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 2
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.60 Å |
| 9SLG Doxycycline Bound E. coli Ribosome with Rearranged Peptidyl Transferase Centre 提交 2025-09-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 447 K POTASSIUM ION × 77 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；BS100 ribosomal resuspension buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 4 s, blot force 1, blot total 1
|
分辨率 2.16 Å |
| 9SRO Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the rotated state with hybrid tRNAs 提交 2025-09-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9SS4 pre-50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (-H68) 提交 2025-09-25 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric |
链 B7
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9SS5 50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (+H68) 提交 2025-09-25 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 B7
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9SS6 70S ribosome from RimM-KO 提交 2025-09-25 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 B7
1–46（46 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9SYH E. coli 70S ribosome from deltaRlmE strain 提交 2025-10-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 148 MG MAGNESIUM ION × 351 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.89 Å |
| 9T0Y E. coli 70S ribosome from delta-9 strain 提交 2025-10-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 143 MG MAGNESIUM ION × 337 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9T6M E. coli 70S ribosome from delta-10 strain 提交 2025-11-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 132 MG MAGNESIUM ION × 316 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 5 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 8 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9TEW DalDro bound to the initiating Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-11-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9TEX Dal2 bound to the Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-11-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9TEZ DalDroS bound to the Escherichia coli 50S ribosomal subunit 提交 2025-11-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SPM SPERMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 9TMI E. coli 70S ribosome with A- and P-site tRNA 提交 2025-12-13 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 258 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.08 Å |
| 9TNL E. coli 70S ribosome with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2025-12-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 266 K POTASSIUM ION × 52 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å |
| 9TQA E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA 提交 2025-12-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 238 VAL VALINE × 1 K POTASSIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å |
| 9WNQ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2025-09-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.59 Å |
| 9WNR Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2025-09-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 6
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.76 Å |
| 9XFK In situ structure of bacterial 50S ribosomes 提交 2025-10-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 166 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9XFL In vitro structure of bacterial 50S ribosomes 提交 2025-10-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric |
链 k
1–46（46 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 176 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9ZTL Single Particle Cryo EM Analysis of a Ribosome Nascent Globin Complex 提交 2025-12-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1
1–46（46 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
共 464 个其他 PDB 条目、509 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | RL34_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 2； PDB构建体 1–46； UniProt 1–46 |
