9i51

Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 in complex with ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i51
沉积日期 deposition_date	2025-01-27
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase NSP13 in complex with ADP
关键词 keywords	NSP13, Helicase, SARS-CoV-2, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.69 Å
零角强度 I(0) i0	265125000.00
分子量 molecular_weight	129790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161820 Å³
包络体积 envelope_volume	212060 Å³
水化壳体积 shell_volume	51079 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.38 Å
包络 Rg envelope_rg	33.87 Å
形状 Rg shape_rg	34.68 Å
总 Rg total_rg	35.21 Å
总原子数 total_atoms	9075
残基数 n_residues	1164
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	265100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	SARS-CoV-2 helicase NSP13
分子量 formula_weight	67148.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-,3.4.22.69,2.7.7.48,3.6.4.12,3.6.4.13,3.1.13.-,3.1.-.-,2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9570

SMAVGACVLCNSQTSLRCGACIRRPFLCCKCCYDHVISTSHKLVLSVNPYVCNAPGCDVTDVTQLYLGGMSYYCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSDNVTDFNAIATCDWTNAGDYILANTCTERLKLFAAETLKATEETFKLSYGIATVREVLSDRELHLSWEVGKPRPPLNRNYVFTGYRVTKNSKVQIGEYTFEKGDYGDAVVYRGTTTYKLNVGDYFVLTSHTVMPLSAPTLVPQEHYVRITGLYPTLNISDEFSSNVANYQKVGMQKYSTLQGPPGTGKSHFAIGLALYYPSARIVYTACSHAAVDALCEKALKYLPIDKCSRIIPARARVECFDKFKVNSTLEQYVFCTVNALPETTADIVVFDEISMATNYDLSVVNARLRAKHYVYIGDPAQLPAPRTLLTKGTLEPEYFNSVCRLMKTIGPDMFLGTCRRCPAEIVDTVSALVYDNKLKAHKDKSAQCFKMFYKGVITHDVSSAINRPQIGVVREFLTRNPAWRKAVFISPYNSQNAVASKILGLPTQTVDSSQGSEYDYVIFTQTTETAHSCNVNRFNVAITRAKVGILCIMSDRDLYDKLQFTSLEIPRRNVATLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	209.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	472

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.310 Å
晶胞边长 b length_b	70.504 Å
晶胞边长 c length_c	85.206 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	103.10 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	112.74 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	34.220 Å
R 因子 r_factor	0.1741
R_work r_work	0.1726
R_free r_free	0.2017

fit	/app/data/saxs_computation/i5/9i51/9i51.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i5/9i51/9i51.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i5/9i51/9i51.dat