13pg

PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of PLpro-C111S in complex with Fr16736

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Papain-like protease nsp3

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTD1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1561–1880 突变:C111S ZN ZINC ION × 1 A1CV3 cyclobutyl(morpholin-4-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;291 K;1.4 M Sodium Maleate pH 6.0 分辨率 2.29 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3350 个其他 PDB 条目、4324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1AB_SARS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 35–354; UniProt 1561–1880

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 13pg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 13pg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id13pg
沉积日期 deposition_date2025-09-17
最后修订 last_revision2026-02-18
结构标题 titlePanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of PLpro-C111S in complex with Fr16736
关键词 keywordsPLpro, SARS-CoV-2, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.24
零角强度 I(0) i040690300.00
分子量 molecular_weight33112.0 kDa
排除体积 excluded_volume32062 ų
包络体积 envelope_volume53773 ų
水化壳体积 shell_volume20843 ų
包络直径 envelope_diameter90.0
壳层 Rg shell_rg28.54
包络 Rg envelope_rg23.70
形状 Rg shape_rg23.16
总 Rg total_rg23.87
总原子数 total_atoms2496
残基数 n_residues313
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.5
Rg (实空间) rg_real23.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real4.0690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40690000.0000
解质量估计 total_estimate0.8240
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.584
峰度 Kurtosis kurtosis-0.041
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6250000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.680; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.682; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)