9kh1

Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease V186F mutant in complex with S217622

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase nsp5

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTD1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3266–3564 链 B; UniProt 3266–3564 突变:V186F 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate; 分辨率 1.51 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3350 个其他 PDB 条目、4324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1AB_SARS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–299; UniProt 3266–3564 作者链 B; PDB构建体 1–299; UniProt 3266–3564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kh1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kh1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9kh1
沉积日期 deposition_date2024-11-09
最后修订 last_revision2026-03-04
结构标题 titleCrystal structure of SARS-Cov-2 main protease V186F mutant in complex with S217622
关键词 keywordsINHIBITOR COMPLEX, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.53
零角强度 I(0) i071628400.00
分子量 molecular_weight64810.0 kDa
排除体积 excluded_volume80416 ų
包络体积 envelope_volume95717 ų
水化壳体积 shell_volume31108 ų
包络直径 envelope_diameter85.1
壳层 Rg shell_rg32.90
包络 Rg envelope_rg25.55
形状 Rg shape_rg25.52
总 Rg total_rg26.33
总原子数 total_atoms4543
残基数 n_residues598
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.2
Rg (实空间) rg_real26.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real7.1630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71630000.0000
解质量估计 total_estimate0.9104
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.6
偏度 Skewness skewness0.111
峰度 Kurtosis kurtosis-0.617
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38760000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)