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1AOI
COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT
提交 1997-07-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
17–103（87 aa）
片段：HISTONE H4
链 F
17–103（87 aa）
片段：HISTONE H4
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 6
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.302
|
|
1KX3
X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146, at 2.0 A Resolution
提交 2002-01-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 13
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å
R-free 0.275
|
|
1P34
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.270
|
|
1P3A
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
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未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.260
|
|
1P3B
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.286
|
|
1P3F
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.272
|
|
1P3G
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.265
|
|
1P3I
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.275
|
|
1P3K
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.291
|
|
1P3L
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.265
|
|
1P3M
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.270
|
|
1P3O
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.276
|
|
1P3P
Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants
提交 2003-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.268
|
|
1ZBB
Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome
提交 2005-04-08
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：36-meric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
链 b
1–102（102 aa）
链 f
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.75；294 K；magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 9.00 Å
|
|
1ZLA
X-ray Structure of a Kaposi's sarcoma herpesvirus LANA peptide bound to the nucleosomal core
提交 2005-05-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.277
|
|
21VV
Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome
提交 2025-12-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å
|
|
21WA
Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome
提交 2025-12-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
21WC
Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome
提交 2025-12-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
2F8N
2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes
提交 2005-12-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.269
|
|
2FJ7
Crystal structure of Nucleosome Core Particle Containing a Poly (dA.dT) Sequence Element
提交 2005-12-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；20 to 35 mM KCl, 34 to 48 mM MnCl2, and 5mM K-cacodylate pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.350
|
|
2HUE
Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4
提交 2006-07-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 3
PDB 声明：trimeric
|
链 C
20–102（83 aa）
片段：residues 20-102
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
GOL GLYCEROL × 2
SO4 SULFATE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.239
|
|
2HUE
Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4
提交 2006-07-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 C
20–102（83 aa）
片段：residues 20-102
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
GOL GLYCEROL × 4
SO4 SULFATE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.239
|
|
2HUE
Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4
提交 2006-07-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 C
20–102（83 aa）
片段：residues 20-102
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
GOL GLYCEROL × 4
SO4 SULFATE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.239
|
|
2HUE
Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4
提交 2006-07-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 C
20–102（83 aa）
片段：residues 20-102
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
GOL GLYCEROL × 4
SO4 SULFATE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.239
|
|
2IO5
Crystal structure of the CIA- histone H3-H4 complex
提交 2006-10-10
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 3
PDB 声明：trimeric
|
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 0.05M cadmium sulfate hydrate, 1.0M sodium acetate tryhydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.293
|
|
2NZD
Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA
提交 2006-11-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–102（102 aa）
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 11
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.283
|
|
3B6F
Nucleosome core particle treated with cisplatin
提交 2007-10-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.402
|
|
3B6G
Nucleosome core particle treated with oxaliplatin
提交 2007-10-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å
R-free 0.435
|
|
3C1B
The effect of H3 K79 dimethylation and H4 K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure
提交 2008-01-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.20 Å
R-free 0.270
|
|
3C1C
The effect of H3 K79 dimethylation and H4 K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure
提交 2008-01-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.290
|
|
3KUY
DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent
提交 2009-11-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 1
ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.286
|
|
3KWQ
Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays
提交 2009-12-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
21–103（83 aa）
片段：UNP residues 21-103
链 F
21–103（83 aa）
片段：UNP residues 21-103
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.315
|
|
3KXB
Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays
提交 2009-12-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.292
|
|
3LEL
Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning
提交 2010-01-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 15
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.300
|
|
3LEL
Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning
提交 2010-01-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 L
2–103（102 aa）
链 P
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 19
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.300
|
|
3LJA
Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome
提交 2010-01-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
MN MANGANESE (II) ION × 45
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.75 Å
R-free 0.259
|
|
3LZ0
Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1)
提交 2010-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 8
CL CHLORIDE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.318
|
|
3LZ1
Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2)
提交 2010-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 6
CL CHLORIDE ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.319
|
|
3MGP
Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle
提交 2010-04-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 4
CO COBALT (II) ION × 43
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.44 Å
R-free 0.282
|
|
3MGQ
Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle
提交 2010-04-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
NI NICKEL (II) ION × 47
CL CHLORIDE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.276
|
|
3MGR
Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle
提交 2010-04-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 4
RB RUBIDIUM ION × 5
MN MANGANESE (II) ION × 14
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å
R-free 0.267
|
|
3MGS
Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle
提交 2010-04-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 4
CS CESIUM ION × 12
MN MANGANESE (II) ION × 14
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 3.15 Å
R-free 0.238
|
|
3MNN
A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core
提交 2010-04-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
RU RUTHENIUM ION × 3
MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3
PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.277
|
|
3MVD
Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle
提交 2010-05-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.215
|
|
3O62
Nucleosome core particle modified with a cisplatin 1,3-cis-{Pt(NH3)2}2+-d(GpTpG) intrastrand cross-link
提交 2010-07-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CPT Cisplatin × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40-46 mM MnCl2, 30-45 mM KCl, and 20 mM potassium cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å
R-free 0.306
|
|
3REH
2.5 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145)
提交 2011-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
MN MANGANESE (II) ION × 15
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；KCl, MnCl2, K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.270
|
|
3REI
2.65 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride
提交 2011-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
PT PLATINUM (II) ION × 49
SO4 SULFATE ION × 3
MN MANGANESE (II) ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.65 Å
R-free 0.276
|
|
3REJ
2.55 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b)
提交 2011-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 13
SO4 SULFATE ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.55 Å
R-free 0.262
|
|
3REK
2.6 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Oxaliplatin
提交 2011-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 2
PT PLATINUM (II) ION × 40
SO4 SULFATE ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.281
|
|
3REL
2.7 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride
提交 2011-04-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 2
PT PLATINUM (II) ION × 48
SO4 SULFATE ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.70 Å
R-free 0.302
|
|
3TU4
Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle.
提交 2011-09-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.241
|
|
3TU4
Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle.
提交 2011-09-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.241
|
|
3UT9
Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L)
提交 2011-11-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 2
MN MANGANESE (II) ION × 29
K POTASSIUM ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å
R-free 0.289
|
|
3UTA
Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2)
提交 2011-11-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 4
MN MANGANESE (II) ION × 17
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.07 Å
R-free 0.266
|
|
3UTB
Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b)
提交 2011-11-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 21
SO4 SULFATE ION × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å
R-free 0.275
|
|
4EO5
Yeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant
提交 2012-04-13
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 3
PDB 声明：trimeric
|
链 C
21–103（83 aa）
片段：residues 20-102
|
突变：G94P
|
ACT ACETATE ION × 2
GOL GLYCEROL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；7.14% PEG 3350, 0.2 M Magnesium Acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.240
|
|
4J8U
X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
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未记录
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SO4 SULFATE ION × 3
ELJ chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.38 Å
R-free 0.280
|
|
4J8V
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：pentameric
|
链 B
2–103（102 aa）
|
未记录
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SO4 SULFATE ION × 1
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å
R-free 0.273
|
|
4J8V
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：pentameric
|
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
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SO4 SULFATE ION × 2
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å
R-free 0.273
|
|
4J8V
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
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SO4 SULFATE ION × 3
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å
R-free 0.273
|
|
4J8W
X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.41 Å
R-free 0.275
|
|
4J8X
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：pentameric
|
链 B
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 1
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å
R-free 0.280
|
|
4J8X
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：pentameric
|
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
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SO4 SULFATE ION × 2
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å
R-free 0.280
|
|
4J8X
X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II)
提交 2013-02-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å
R-free 0.280
|
|
4KGC
Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM
提交 2013-04-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.69 Å
R-free 0.282
|
|
4LD9
Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle
提交 2013-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 3.31 Å
R-free 0.295
|
|
4R8P
Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle
提交 2014-09-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
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ZN ZINC ION × 8
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
|
分辨率 3.28 Å
R-free 0.245
|
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4WU8
Structure of trPtNAP-NCP145
提交 2014-10-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
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CX3 [2-(3-{bis[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(2-)]platinum(1+) × 2
SO4 SULFATE ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.45 Å
R-free 0.263
|
|
4WU9
Structure of cisPtNAP-NCP145
提交 2014-10-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 1
CX8 [2-{3-[(2-{[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}ethyl)amino-kappaN]propyl}-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(3-)]platinum × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.273
|
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4XUJ
Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound
提交 2015-01-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
片段：UNP residues 2-103
链 F
2–103（102 aa）
片段：UNP residues 2-103
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
|
分辨率 3.18 Å
R-free 0.299
|
|
4XZQ
Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis
提交 2015-02-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
25–103（79 aa）
片段：residues 25-103
链 F
25–103（79 aa）
片段：residues 25-103
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.299
|
|
4YS3
Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis
提交 2015-03-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
25–103（79 aa）
片段：residues 25-103
链 F
25–103（79 aa）
片段：residues 25-103
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.279
|
|
4Z66
Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis
提交 2015-04-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
22–103（82 aa）
链 F
22–103（82 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.50 Å
R-free 0.296
|
|
4ZBJ
UBN1 peptide bound to H3.3/H4/Asf1
提交 2015-04-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：tetrameric
|
链 C
21–103（83 aa）
片段：UNP residues 21-103
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 8
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 8% PEG 8K, 0.2 M NaCl
|
分辨率 2.25 Å
R-free 0.235
|
|
4ZUX
SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome
提交 2015-05-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：eicosameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 16
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å
R-free 0.256
|
|
4ZUX
SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome
提交 2015-05-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：eicosameric
|
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 16
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å
R-free 0.256
|
|
5BS7
Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2
提交 2015-06-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 C
2–103（102 aa）
链 D
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.5 M ammonium sulfate
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.290
|
|
5BSA
Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2
提交 2015-06-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 C
2–103（102 aa）
链 D
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 4.61 Å
R-free 0.329
|
|
5CP6
Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6]
提交 2015-07-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å
R-free 0.251
|
|
5DNM
Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex
提交 2015-09-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.81 Å
R-free 0.241
|
|
5DNN
Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes
提交 2015-09-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.236
|
|
5E5A
Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle
提交 2015-10-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium
acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.81 Å
R-free 0.242
|
|
5F99
X-ray Structure of the MMTV-A Nucleosome Core Particle
提交 2015-12-09
|
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
突变：H18R
突变：H18R
|
CL CHLORIDE ION × 4
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；sample was mixed 1:1 with 10 mM K-cacodylate, pH 6.0, 180 mM MgCl2, 50 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.63 Å
R-free 0.252
|
|
5HQ2
Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle
提交 2016-01-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：hexadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
|
分辨率 4.50 Å
R-free 0.397
|
|
5KGF
Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution
提交 2016-06-13
|
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
突变：K20C
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
突变：K20C
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 4.54 Å
|
|
5MLU
Crystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome
提交 2016-12-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
20–103（84 aa）
链 F
20–103（84 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.05M MnCl2, 0.04M KCl, 0.1M potassium cacodylate pH 6.0, 5% trehalose, 24% MPD
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.252
|
|
5NL0
Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1
提交 2017-04-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
|
分辨率 5.40 Å
R-free 0.265
|
|
5NL0
Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1
提交 2017-04-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：hexameric
|
链 L
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
|
分辨率 5.40 Å
R-free 0.265
|
|
5O9G
Structure of nucleosome-Chd1 complex
提交 2017-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å
|
|
5OMX
X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle
提交 2017-08-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 33
CL CHLORIDE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.32 Å
R-free 0.259
|
|
5ONG
X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer
提交 2017-08-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 20
CL CHLORIDE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.247
|
|
5ONW
X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C
提交 2017-08-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MN MANGANESE (II) ION × 20
CL CHLORIDE ION × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.254
|
|
5OXV
Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form)
提交 2017-09-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 16
PDB 声明：octadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
链 L
2–103（102 aa）
链 P
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
|
分辨率 6.72 Å
R-free 0.352
|
|
5OY7
Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form)
提交 2017-09-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：34-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
链 J
2–103（102 aa）
链 N
2–103（102 aa）
链 R
2–103（102 aa）
链 V
2–103（102 aa）
链 Z
2–103（102 aa）
链 d
2–103（102 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 8
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
|
分辨率 5.77 Å
R-free 0.238
|
|
5X0X
Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome
提交 2017-01-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å
|
|
5X0Y
Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome
提交 2017-01-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.69 Å
|
|
5XF6
Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker
提交 2017-04-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SO4 SULFATE ION × 3
MG MAGNESIUM ION × 1
RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2
EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
|
分辨率 2.63 Å
R-free 0.254
|
|
5Z3L
Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state
提交 2018-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å
|
|
5Z3O
Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state
提交 2018-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å
|
|
5Z3U
Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state
提交 2018-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å
|
|
5Z3V
Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state
提交 2018-01-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.22 Å
|
|
6ESF
Nucleosome : Class 1
提交 2017-10-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6ESG
Nucleosome breathing : Class 2
提交 2017-10-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å
|
|
6ESH
Nucleosome breathing : Class 3
提交 2017-10-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å
|
|
6ESI
Nucleosome breathing : Class 4
提交 2017-10-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å
|
|
6FQ5
Class 1 : canonical nucleosome
提交 2018-02-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
19–102（84 aa）
链 F
19–103（85 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6FQ6
Class 2 : distorted nucleosome
提交 2018-02-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
19–103（85 aa）
链 F
19–103（85 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6FQ8
Class 3 : translocated nucleosome
提交 2018-02-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
18–103（86 aa）
链 F
18–103（86 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å
|
|
6FTX
Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome
提交 2018-02-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
6G0L
Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome
提交 2018-03-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å
|
|
6I84
Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex
提交 2018-11-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 20
PDB 声明：23-meric
|
链 O
1–103（103 aa）
链 U
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 8
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
6IRO
the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state
提交 2018-11-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
6IY2
Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state
提交 2018-12-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å
|
|
6IY3
Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state
提交 2018-12-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å
|
|
6J99
Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome
提交 2019-01-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
6JM9
cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome
提交 2019-03-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å
|
|
6JMA
cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome
提交 2019-03-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å
|
|
6JYL
The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state
提交 2019-04-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
|
分辨率 3.37 Å
|
|
6K1P
The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state
提交 2019-05-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
|
分辨率 3.87 Å
|
|
6KIU
Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom)
提交 2019-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
LYS LYSINE × 1
GLN GLUTAMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6KIV
Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom)
提交 2019-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6KIW
Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom)
提交 2019-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6KIX
Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1
提交 2019-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
LYS LYSINE × 1
GLN GLUTAMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
6KIZ
Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2
提交 2019-07-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
6KW3
The ClassA RSC-Nucleosome Complex
提交 2019-09-05
|
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 26
PDB 声明：28-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 R
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.13 Å
|
|
6KW4
The ClassB RSC-Nucleosome Complex
提交 2019-09-06
|
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 26
PDB 声明：28-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 R
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.55 Å
|
|
6LTJ
Structure of nucleosome-bound human BAF complex
提交 2020-01-22
|
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：eicosameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6NE3
Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h bound at SHL-2
提交 2018-12-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 seconds blotting at 100% humidity, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6NJ9
Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex
提交 2019-01-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
|
分辨率 2.96 Å
|
|
6NN6
Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex
提交 2019-01-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6NOG
Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome
提交 2019-01-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6NQA
Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 1-to-1 complex
提交 2019-01-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
|
分辨率 3.54 Å
|
|
6NZO
Set2 bound to nucleosome
提交 2019-02-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6O22
Structure of Asf1-H3:H4-Rtt109-Vps75 histone chaperone-lysine acetyltransferase complex with the histone substrate.
提交 2019-02-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：hexameric
|
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3(110A,63C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
90 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 90 uM Rtt109, 90 uM Asf1, 90 uM H3(110A,76C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 90 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(30C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4(82C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
80 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 80 uM Rtt109, 80 uM Asf1, 80 uM H3, 80 uM H4(45C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(93C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供
|
|
6O96
Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome
提交 2019-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6OM3
Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle
提交 2019-04-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.250
|
|
6OM3
Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle
提交 2019-04-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 N
1–103（103 aa）
链 R
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.250
|
|
6PA7
The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome.
提交 2019-06-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 3
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å
|
|
6PWV
Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome
提交 2019-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å
|
|
6PWW
Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome
提交 2019-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
6PWX
Cryo-EM structure of RbBP5 bound to the nucleosome
提交 2019-07-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
6PX1
Set2 bound to nucleosome
提交 2019-07-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6PX3
Set2 bound to nucleosome
提交 2019-07-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
6R1U
Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2
提交 2019-03-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å
|
|
6RYR
Nucleosome-CHD4 complex structure (single CHD4 copy)
提交 2019-06-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6RYU
Nucleosome-CHD4 complex structure (two CHD4 copies)
提交 2019-06-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6S01
Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome
提交 2019-06-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6T9L
SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome
提交 2019-10-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 8
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.60 Å
|
|
6TDA
Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome
提交 2019-11-08
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 21
PDB 声明：23-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å
|
|
6TEM
CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM
提交 2019-11-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6UGM
Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome
提交 2019-09-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 16
PDB 声明：octadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6UH5
Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome
提交 2019-09-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 17
PDB 声明：nonadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6UXW
SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx
提交 2019-11-08
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 26
PDB 声明：28-meric
|
链 S
2–103（102 aa）
链 W
2–103（102 aa）
|
未记录
|
PO4 PHOSPHATE ION × 12
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.96 Å
|
|
6VEN
Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome
提交 2020-01-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 16
PDB 声明：octadecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 5
3.5 sec blot time
|
分辨率 3.37 Å
|
|
6VYP
Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate
提交 2020-02-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5,
75 mM triammonium citrate,
10% PEG2000-MME,
Modified Microbatch under oil
|
分辨率 4.99 Å
R-free 0.277
|
|
6VYP
Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate
提交 2020-02-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 b
2–103（102 aa）
链 f
2–103（102 aa）
|
未记录
|
FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5,
75 mM triammonium citrate,
10% PEG2000-MME,
Modified Microbatch under oil
|
分辨率 4.99 Å
R-free 0.277
|
|
6VZ4
Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state
提交 2020-02-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6W5I
Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01)
提交 2020-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å
|
|
6W5M
Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class02)
提交 2020-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
6W5N
Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05)
提交 2020-03-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å
|
|
6WKR
PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome
提交 2020-04-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 17
PDB 声明：octadecameric
|
链 J
1–103（103 aa）
链 Q
1–103（103 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6WZ5
Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin
提交 2020-05-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
6WZ9
Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin
提交 2020-05-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
6X0N
Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin
提交 2020-05-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 19
PDB 声明：23-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
链 b
2–103（102 aa）
链 f
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å
|
|
6YN1
Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer
提交 2020-04-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：decameric
|
链 D
21–103（83 aa）
链 I
21–103（83 aa）
|
未记录
|
GOL GLYCEROL × 3
CL CHLORIDE ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.233
|
|
6YN1
Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer
提交 2020-04-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：decameric
|
链 N
21–103（83 aa）
链 S
21–103（83 aa）
|
未记录
|
GOL GLYCEROL × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.233
|
|
6YN1
Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer
提交 2020-04-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：decameric
|
链 X
21–103（83 aa）
链 c
21–103（83 aa）
|
未记录
|
GOL GLYCEROL × 3
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.233
|
|
6YN1
Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer
提交 2020-04-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：decameric
|
链 h
21–103（83 aa）
链 m
21–103（83 aa）
|
未记录
|
GOL GLYCEROL × 4
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å
R-free 0.233
|
|
6Z6P
HDAC-PC-Nuc
提交 2020-05-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
21–103（83 aa）
链 F
26–103（78 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å
|
|
6ZHX
Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class.
提交 2020-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0.
Two sample applications and blots were performed before vitrification.
|
分辨率 2.50 Å
|
|
6ZHY
Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class.
提交 2020-06-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 7
PDB 声明：nonameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0.
Two sample applications and blots were performed before vitrification.
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7AT8
Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2.
提交 2020-10-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 E
2–103（102 aa）
链 I
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 7
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
7CRO
NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP
提交 2020-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.75 Å
|
|
7CRP
NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode)
提交 2020-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7CRQ
NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode)
提交 2020-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2
ZN ZINC ION × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.15 Å
|
|
7CRR
Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome
提交 2020-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.48 Å
|
|
7E8I
Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin
提交 2021-03-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7EG6
Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome
提交 2021-03-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7EGP
The structure of SWI/SNF-nucleosome complex
提交 2021-03-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 19
PDB 声明：21-meric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å
|
|
7ENN
The structure of ALC1 bound to the nucleosome
提交 2021-04-18
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 F
2–103（102 aa）
链 L
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
7K6P
Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome
提交 2020-09-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
14–103（90 aa）
链 F
14–103（90 aa）
|
未记录
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7K6Q
Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome
提交 2020-09-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
12–103（92 aa）
链 F
12–103（92 aa）
|
突变：K17X
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
突变：K17X
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
|
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7KBD
Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction)
提交 2020-10-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å
|
|
7KBE
Nucleosome isolated from metaphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction)
提交 2020-10-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7KBF
H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction)
提交 2020-10-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.42 Å
|
|
7KTQ
Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome
提交 2020-11-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
25–103（79 aa）
链 F
25–103（79 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7M1X
Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z
提交 2021-03-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7MBM
Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01
提交 2021-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.76 Å
|
|
7MBN
Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02
提交 2021-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 H
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å
|
|
7NKX
RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure
提交 2021-02-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 23
PDB 声明：26-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 8
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7NKY
RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure
提交 2021-02-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 24
PDB 声明：27-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7OH9
Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6
提交 2021-05-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7OHA
nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2
提交 2021-05-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7OHB
TBP-nucleosome complex
提交 2021-05-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7OHC
Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence
提交 2021-05-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å
|
|
7OTQ
Cryo-EM structure of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome
提交 2021-06-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
|
分辨率 4.80 Å
|
|
7SSA
Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome
提交 2021-11-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7SWY
2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome
提交 2021-11-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
7TN2
Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps
提交 2022-01-20
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å
|
|
7UD5
Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome
提交 2022-03-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 15
PDB 声明：heptadecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å
|
|
7UNC
Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome
提交 2022-04-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 29
PDB 声明：32-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 8
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7UND
Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38)
提交 2022-04-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 30
PDB 声明：33-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7UNK
Structure of Importin-4 bound to the H3-H4-ASF1 histone-histone chaperone complex
提交 2022-04-11
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物；蛋白 × 4
PDB 声明：tetrameric
|
链 E
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å
|
|
7UX9
Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA)
提交 2022-05-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 G
1–103（103 aa）
链 H
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotted for 2.5 seconds before plunging.
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7VDT
The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex
提交 2021-09-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
7VDV
The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex
提交 2021-09-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 22
PDB 声明：24-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7X3T
Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome
提交 2022-03-01
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å
|
|
7X3V
Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome
提交 2022-03-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å
|
|
7X3W
Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome
提交 2022-03-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7X3X
Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA
提交 2022-03-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7XFC
Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7XFH
Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7XFI
Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7XFJ
Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7XFL
Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.80 Å
|
|
7XFM
Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7XFN
Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state)
提交 2022-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.80 Å
|
|
7XNP
Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state)
提交 2022-04-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7YI1
Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome
提交 2022-07-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
7YI4
Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state
提交 2022-07-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 H
2–103（102 aa）
链 L
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å
|
|
7YI5
Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state
提交 2022-07-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 H
2–103（102 aa）
链 L
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å
|
|
7YRD
histone methyltransferase
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
|
ZN ZINC ION × 1
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7YRG
histone methyltransferase
提交 2022-08-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）
|
ZN ZINC ION × 2
SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
7ZS9
Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A)
提交 2022-05-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 36
PDB 声明：38-meric
|
链 b
2–103（102 aa）
链 f
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 17
MG MAGNESIUM ION × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7ZSA
Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B)
提交 2022-05-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 36
PDB 声明：38-meric
|
链 b
2–103（102 aa）
链 f
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 17
MG MAGNESIUM ION × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7ZSB
Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C
提交 2022-05-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 36
PDB 声明：38-meric
|
链 b
2–103（102 aa）
链 f
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 17
MG MAGNESIUM ION × 1
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å
|
|
8A3Y
Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex
提交 2022-06-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物；蛋白 × 27
PDB 声明：30-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
8B0A
Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome
提交 2022-09-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
8BVW
RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W)
提交 2022-12-20
|
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 40
PDB 声明：42-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
突变：0
突变：0
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 17
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
8BYQ
RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W)
提交 2022-12-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 38
PDB 声明：40-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 16
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
8BZ1
RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W)
提交 2022-12-14
|
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 26
PDB 声明：28-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
8CBN
structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome
提交 2023-01-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å
|
|
8CBQ
structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome
提交 2023-01-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
8CEO
Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome
提交 2023-02-02
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 52
PDB 声明：54-meric
|
链 s
2–103（102 aa）
链 w
2–103（102 aa）
|
未记录
|
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
ZN ZINC ION × 17
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
8DU4
Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome
提交 2022-07-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：tridecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å
|
|
8ETT
Class1 of the INO80-Hexasome complex
提交 2022-10-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：octameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 6.68 Å
|
|
8ETV
Class2 of the INO80-Hexasome complex
提交 2022-10-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：octameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å
|
|
8EU2
Class3 of the INO80-Hexasome complex
提交 2022-10-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 6
PDB 声明：octameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.93 Å
|
|
8F86
SIRT6 bound to an H3K9Ac nucleosome
提交 2022-11-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
8G57
Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase
提交 2023-02-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
19–103（85 aa）
链 F
19–103（85 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å
|
|
8G6G
H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5
提交 2023-02-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å
|
|
8G6H
H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6
提交 2023-02-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å
|
|
8G6Q
H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1
提交 2023-02-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å
|
|
8G6S
H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2
提交 2023-02-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å
|
|
8G86
Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)
提交 2023-02-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å
|
|
8G88
Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence
提交 2023-02-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å
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8G8B
Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4
提交 2023-02-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
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链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
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8G8G
Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4
提交 2023-02-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.20 Å
|
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8GPN
Human menin in complex with H3K79Me2 nucleosome
提交 2022-08-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
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8GXQ
PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state
提交 2022-09-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 83
PDB 声明：87-meric
|
链 NB
1–103（103 aa）
链 NF
1–103（103 aa）
|
未记录
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ZN ZINC ION × 19
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.04 Å
|
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8GXS
PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state
提交 2022-09-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 83
PDB 声明：87-meric
|
链 NB
1–103（103 aa）
链 NF
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 19
SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å
|
|
8KD2
Rpd3S in complex with 187bp nucleosome
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å
|
|
8KD3
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8KD4
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å
|
|
8KD5
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：16-meric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8KD6
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å
|
|
8KD7
Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA
提交 2023-08-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：hexadecameric
|
链 P
2–103（102 aa）
链 T
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å
|
|
8OF4
Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite)
提交 2023-03-13
|
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å
|
|
8PC5
H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex
提交 2023-06-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å
|
|
8PC6
H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2
提交 2023-06-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å
|
|
8PEO
H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex
提交 2023-06-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
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链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å
|
|
8PEP
H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2
提交 2023-06-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å
|
|
8RUP
Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：13-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
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ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.42 Å
|
|
8RUQ
Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.29 Å
|
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8SVF
BAP1/ASXL1 bound to the H2AK119Ub Nucleosome
提交 2023-05-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 11
PDB 声明：13-meric
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链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
8T3T
Structure of Bre1-nucleosome complex - state3
提交 2023-06-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å
|
|
8T3W
Structure of Bre1-nucleosome complex - state2
提交 2023-06-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
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8T3Y
Structure of Bre1-nucleosome complex - state1
提交 2023-06-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å
|
|
8T9G
Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome
提交 2023-06-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 19
PDB 声明：21-meric
|
链 J
1–103（103 aa）
链 X
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å
|
|
8TAS
PRC2 monomer bound to nucleosome
提交 2023-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 J
1–103（103 aa）
链 X
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
8TB9
PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome
提交 2023-06-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 15
PDB 声明：heptadecameric
|
链 J
1–103（103 aa）
链 X
1–103（103 aa）
|
未记录
|
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
8UXQ
Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome
提交 2023-11-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 F
2–103（102 aa）
链 L
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å
|
|
8V4Y
Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1)
提交 2023-11-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
8V6V
Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex
提交 2023-12-03
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
8V7L
Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 2)
提交 2023-12-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8VX5
Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site
提交 2024-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
8VX6
Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site
提交 2024-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
8XJV
Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction
提交 2023-12-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 108
PDB 声明：110-meric
|
链 0
1–103（103 aa）
链 1
1–103（103 aa）
链 2
1–103（103 aa）
链 3
1–103（103 aa）
链 4
1–103（103 aa）
链 5
1–103（103 aa）
链 6
1–103（103 aa）
链 7
1–103（103 aa）
链 8
1–103（103 aa）
链 9
1–103（103 aa）
链 CD
1–103（103 aa）
链 a2
1–103（103 aa）
链 a3
1–103（103 aa）
链 a4
1–103（103 aa）
链 a5
1–103（103 aa）
链 a6
1–103（103 aa）
链 a7
1–103（103 aa）
链 a8
1–103（103 aa）
链 a9
1–103（103 aa）
链 v
1–103（103 aa）
链 w
1–103（103 aa）
链 x
1–103（103 aa）
链 y
1–103（103 aa）
链 z
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.60 Å
|
|
9B2S
Haspin bound to nucleosome in position 1
提交 2024-03-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å
|
|
9B2T
Haspin bound to nucleosome in position 2
提交 2024-03-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å
|
|
9B3P
The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome
提交 2024-03-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9C9G
S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome
提交 2024-06-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.91 Å
|
|
9C9S
S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1
提交 2024-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.09 Å
|
|
9C9T
S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2
提交 2024-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å
|
|
9C9X
S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome
提交 2024-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.83 Å
|
|
9CA7
Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the fully-engaged state (composite structure)
提交 2024-06-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 V
2–103（102 aa）
链 X
2–103（102 aa）
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 5
ZN ZINC ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å
|
|
9CA8
Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the partially-engaged state (composite structure)
提交 2024-06-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 V
2–103（102 aa）
链 X
2–103（102 aa）
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 5
ZN ZINC ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å
|
|
9CAA
Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure)
提交 2024-06-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 V
2–103（102 aa）
链 X
2–103（102 aa）
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 4
ZN ZINC ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å
|
|
9CAB
Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the encounter state (composite structure)
提交 2024-06-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 18
PDB 声明：20-meric
|
链 V
2–103（102 aa）
链 X
2–103（102 aa）
|
未记录
|
AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2
MG MAGNESIUM ION × 5
ZN ZINC ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.94 Å
|
|
9CAU
DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome
提交 2024-06-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 4.18 Å
|
|
9CB7
DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome
提交 2024-06-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 4.04 Å
|
|
9CG9
Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2
提交 2024-06-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.
|
分辨率 2.94 Å
|
|
9DBY
ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome
提交 2024-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
9DDE
ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome
提交 2024-08-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：15-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9DG3
ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome
提交 2024-09-01
|
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å
|
|
9DGG
ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome
提交 2024-09-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9E1L
Snf2h bound nucleosome complex - ClassA1
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å
|
|
9E1M
Snf2h bound nucleosome complex - ClassA2
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
|
9E1N
Snf2h bound nucleosome complex-ClassA3
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
9E1O
Snf2h bound nucleosome complex - ClassB1
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9E1P
Snf2h bound nucleosome complex - ClassB2
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
|
9E1Q
Snf2h bound nucleosome complex - ClassB3
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9E1R
Snf2h bound nucleosome complex - ClassB4
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9E1U
Snf2h bound nucleosome complex - ClassC1
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9E1V
Snf2h bound nucleosome complex - ClassC2
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9E1W
Snf2h bound nucleosome complex - ClassC3
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9E1X
Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
9E1Y
Empty Nucleosome with 601 widom sequence
提交 2024-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
9EAR
CHD1-nucleosome complex (closed state)
提交 2024-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
18–103（86 aa）
链 F
18–103（86 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9EGX
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27
提交 2024-11-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 29
PDB 声明：32-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9EGY
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27
提交 2024-11-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 31
PDB 声明：34-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9EGZ
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27
提交 2024-11-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：35-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 12
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9EH0
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream
提交 2024-11-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：35-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
9EH1
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream
提交 2024-11-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：35-meric
|
链 b
25–102（78 aa）
链 f
25–102（78 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
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9EH2
RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream
提交 2024-11-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物；蛋白 × 32
PDB 声明：35-meric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9EIL
SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome
提交 2024-11-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9F0O
The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interaction
提交 2024-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
21–103（83 aa）
链 F
21–103（83 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å
|
|
9GD0
Structure of a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp.
提交 2024-08-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：16-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
9GD1
Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp.
提交 2024-08-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 15
PDB 声明：17-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
9GD2
Structure of Chd1 bound to a dinucleosome with a dyad-to-dyad distance of 103 bp.
提交 2024-08-04
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 19
PDB 声明：21-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
9GD3
Structure of a mononucleosome bound by one copy of Chd1 with the DBD on the exit-side DNA.
提交 2024-08-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9GEN
Recombinant Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle
提交 2024-08-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.76 Å
|
|
9GEO
Nucleosome core particle
提交 2024-08-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å
|
|
9GEP
Native monomeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle
提交 2024-08-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å
|
|
9GEQ
Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map
提交 2024-08-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 2
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4
CA CALCIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å
|
|
9GER
Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle, intermediate state; composite map
提交 2024-08-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 1
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4
CA CALCIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å
|
|
9IGJ
structure of two human ELF2 transcription factors in complex with a nucleosome
提交 2025-02-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1 mM EDTA, 30 mM NaCl, 2 mM DTT in 20 mM HEPES, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9IHD
Nucleosome core particle bound by one molecule of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase
提交 2025-02-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å
|
|
9IHE
Nucleosome core particle bound by two molecules of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase
提交 2025-02-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å
|
|
9IHF
Nucleosome core particle bound by one monomer and one dimer of of DTT-reduced native myeloperoxidase
提交 2025-02-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：16-meric
|
链 B
17–103（87 aa）
链 F
17–103（87 aa）
|
未记录
|
HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3
NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å
|
|
9JAO
The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx
提交 2024-08-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9LJ2
Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state
提交 2025-01-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9M76
UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain.
提交 2025-03-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
9M77
The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered.
提交 2025-03-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
9MPP
The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L
提交 2024-12-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 6
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9N6H
2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex
提交 2025-02-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å
|
|
9N6I
2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex
提交 2025-02-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
9N6K
2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain
提交 2025-02-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
16–103（88 aa）
链 F
16–103（88 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9NH8
CHD1-nucleosome complex (anchored state)
提交 2025-02-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ARG ARGININE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9NY4
USP21 bound to H2AK119ub nucleosome
提交 2025-03-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：12-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9Q7U
Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome
提交 2025-08-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 9
SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
9QAJ
Structure of the nucleosome-bound human BCL7A
提交 2025-02-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å
|
|
9R5K
Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
提交 2025-05-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 4.20 Å
|
|
9R5S
Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
提交 2025-05-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9R5W
Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing.
提交 2025-05-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 8
PDB 声明：decameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9SI3
Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome
提交 2025-08-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å
|
|
9SI9
Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0)
提交 2025-08-28
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.86 Å
|
|
9SJ5
Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1)
提交 2025-08-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å
|
|
9SLJ
Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy)
提交 2025-09-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：16-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9T4V
ALC1/CHD1L in an intermediate conformation, bound to a PARylated nucleosome
提交 2025-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
|
分辨率 6.60 Å
|
|
9UX9
local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state
提交 2025-05-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：11-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å
|
|
9UXA
local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state
提交 2025-05-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：14-meric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å
|
|
9V2V
Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome
提交 2025-05-21
|
构建体不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 19
PDB 声明：21-meric
|
链 R
23–101（79 aa）
链 V
23–101（79 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9V2W
Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome
提交 2025-05-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 24
PDB 声明：26-meric
|
链 L
23–101（79 aa）
链 R
23–101（79 aa）
链 V
23–101（79 aa）
链 Z
23–101（79 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
9V33
Calypso/Asx/NCP-ub complex
提交 2025-05-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：15-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.90 Å
|
|
9V9Q
Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.80 Å
|
|
9V9R
Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9V9S
Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9V9T
Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.90 Å
|
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9V9U
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 14
PDB 声明：16-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.70 Å
|
|
9V9V
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 13
PDB 声明：pentadecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.80 Å
|
|
9V9W
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9V9X
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9V9Y
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9V9Z
Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome
提交 2025-06-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 10
PDB 声明：dodecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9W74
Cryo-EM structure of the close-packed di-hexasome (CPDH)
提交 2025-08-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 L
1–103（103 aa）
链 P
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.94 Å
|
|
9WBZ
The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex
提交 2025-08-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 12
PDB 声明：tetradecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9WC0
The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex
提交 2025-08-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 B
2–103（102 aa）
链 F
2–103（102 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
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9XYC
Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q
提交 2025-08-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 9
PDB 声明：undecameric
|
链 b
1–103（103 aa）
链 f
1–103（103 aa）
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
9Y4P
Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker
提交 2025-09-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物；蛋白 × 24
PDB 声明：26-meric
|
链 B
1–103（103 aa）
链 F
1–103（103 aa）
链 R
1–103（103 aa）
链 X
1–103（103 aa）
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 18
SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å
|
