9geq

Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Xenopus laevis

UniProt P84233

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 其他聚合物 2 PDB 声明:14-meric(14) 计数不一致,待复核 链 A; UniProt 38–136 链 E; UniProt 38–136 未记录 Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 230 个其他 PDB 条目、239 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H32_XENLA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–99; UniProt 38–136 作者链 E; PDB构建体 1–99; UniProt 38–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 其他聚合物 2 PDB 声明:14-meric(14) 计数不一致,待复核 链 B; UniProt 17–103 链 F; UniProt 17–103 未记录 Histone H3.2 × 2 (P84233) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 354 个其他 PDB 条目、370 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_XENLA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–87; UniProt 17–103 作者链 F; PDB构建体 1–87; UniProt 17–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 其他聚合物 2 PDB 声明:14-meric(14) 计数不一致,待复核 链 C; UniProt 11–121 链 G; UniProt 11–121 未记录 Histone H3.2 × 2 (P84233) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 136 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A1_XENLA
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–111; UniProt 11–121 作者链 G; PDB构建体 1–111; UniProt 11–121

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 其他聚合物 2 PDB 声明:14-meric(14) 计数不一致,待复核 链 D; UniProt 30–125 链 H; UniProt 30–125 未记录 Histone H3.2 × 2 (P84233) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 310 个其他 PDB 条目、327 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B11_XENLA
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–96; UniProt 30–125 作者链 H; PDB构建体 1–96; UniProt 30–125

Myeloperoxidase light chain

物种未注明

UniProt P05164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 其他聚合物 2 PDB 声明:14-meric(14) 计数不一致,待复核 链 K; UniProt 165–272 链 L; UniProt 279–744 链 M; UniProt 165–272 链 N; UniProt 279–744 未记录 Histone H3.2 × 2 (P84233) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A type 1 × 2 (P06897) Histone H2B 1.1 × 2 (P02281) Widom-601 DNA (133-MER) × 1 Widom-601 DNA (133-MER) × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、108 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PERM_HUMAN
Isoform
PDB实体 7, 8
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–108; UniProt 165–272 作者链 M; PDB构建体 1–108; UniProt 165–272 作者链 L; PDB构建体 1–466; UniProt 279–744 作者链 N; PDB构建体 1–466; UniProt 279–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9geq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9geq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9geq
沉积日期 deposition_date2024-08-07
结构标题 titleNative dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map
关键词 keywordsHistone, acidic patch, innate immunity, NETs, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.61
零角强度 I(0) i01879080000.00
分子量 molecular_weight302180.0 kDa
排除体积 excluded_volume354410 ų
包络体积 envelope_volume505530 ų
水化壳体积 shell_volume91968 ų
包络直径 envelope_diameter143.5
壳层 Rg shell_rg52.07
包络 Rg envelope_rg42.83
形状 Rg shape_rg43.53
总 Rg total_rg44.13
总原子数 total_atoms20888
残基数 n_residues2163
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.8
Rg (实空间) rg_real45.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real1.8790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1880000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8187
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.8
偏度 Skewness skewness0.071
峰度 Kurtosis kurtosis-0.489
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha237000000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)