9nmc

SARS-CoV-2 3CLPro in complex with 3-(6-bromo-2-hydroxy-3-(isoquinolin-4-yl)-4-oxoquinolin-1(4H)-yl)propanenitrile

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Replicase polyprotein 1ab

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P08515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–218 未记录 A1BY2 (3P)-6-bromo-2-hydroxy-3-(isoquinolin-4-yl)quinolin-4(1H)-one × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350 分辨率 2.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GST26_SCHJA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218

Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Replicase polyprotein 1ab

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTD1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3259–3569 未记录 A1BY2 (3P)-6-bromo-2-hydroxy-3-(isoquinolin-4-yl)quinolin-4(1H)-one × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350 分辨率 2.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3350 个其他 PDB 条目、4324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1AB_SARS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 231–541; UniProt 3259–3569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nmc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nmc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nmc
沉积日期 deposition_date2025-03-04
最后修订 last_revision2026-03-18
结构标题 titleSARS-CoV-2 3CLPro in complex with 3-(6-bromo-2-hydroxy-3-(isoquinolin-4-yl)-4-oxoquinolin-1(4H)-yl)propanenitrile
关键词 keywordsProtease, Inhibitor, VIRAL PROTEIN, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.52
零角强度 I(0) i036180000.00
分子量 molecular_weight30989.0 kDa
排除体积 excluded_volume29906 ų
包络体积 envelope_volume48482 ų
水化壳体积 shell_volume19669 ų
包络直径 envelope_diameter76.1
壳层 Rg shell_rg27.21
包络 Rg envelope_rg21.78
形状 Rg shape_rg21.51
总 Rg total_rg22.09
总原子数 total_atoms2338
残基数 n_residues301
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.0
Rg (实空间) rg_real22.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real3.6180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36180000.0000
解质量估计 total_estimate0.8508
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4
偏度 Skewness skewness0.474
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10530000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.814; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)