9c9s

S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 219.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin-remodeling ATPase INO80

物种未注明

UniProt P53115

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 Q; UniProt 1–1489 未记录 Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 INO80_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–1489; UniProt 1–1489

Actin-related protein 5

物种未注明

UniProt P53946

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 R; UniProt 1–755 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARP5_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–755; UniProt 1–755

Chromatin-remodeling complex subunit IES6

物种未注明

UniProt P32617

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 S; UniProt 1–166 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 IES6_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

RuvB-like protein 1

物种未注明

UniProt Q03940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 T; UniProt 1–463 链 V; UniProt 1–463 链 X; UniProt 1–463 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RUVB1_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–463; UniProt 1–463 作者链 V; PDB构建体 1–463; UniProt 1–463 作者链 X; PDB构建体 1–463; UniProt 1–463

RuvB-like protein 2

物种未注明

UniProt Q12464

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 U; UniProt 1–471 链 W; UniProt 1–471 链 Y; UniProt 1–471 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RUVB2_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–471; UniProt 1–471 作者链 W; PDB构建体 1–471; UniProt 1–471 作者链 Y; PDB构建体 1–471; UniProt 1–471

Ino eighty subunit 2

物种未注明

UniProt P40154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 Z; UniProt 1–320 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 IES2_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Z; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320

Histone H3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P61830

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–136 链 E; UniProt 1–136 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 H3_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 E; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–103 链 F; UniProt 1–103 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 354 个其他 PDB 条目、370 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 H4_XENLA
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 F; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

Histone H2A

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q1K4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–132 链 G; UniProt 1–132 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q1K4_YEASX
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–132; UniProt 1–132 作者链 G; PDB构建体 1–132; UniProt 1–132

Histone H2B

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PZQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 2 PDB 声明:20-meric(20) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–131 链 H; UniProt 1–131 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 (P53115) Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) Histone H3 × 2 (P61830) Histone H4 × 2 (P62799) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q1K4) DNA (227-MER) × 1 DNA (227-MER) × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER 分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZQ7_YEASX
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 H; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9c9s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9c9s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9c9s
沉积日期 deposition_date2024-06-15
结构标题 titleS.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1
关键词 keywordsChromatin Remodeler, nucleosome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.87
零角强度 I(0) i06484070000.00
分子量 molecular_weight619030.0 kDa
排除体积 excluded_volume750200 ų
包络体积 envelope_volume1205900 ų
水化壳体积 shell_volume154720 ų
包络直径 envelope_diameter211.5
壳层 Rg shell_rg68.88
包络 Rg envelope_rg60.93
形状 Rg shape_rg62.81
总 Rg total_rg63.17
总原子数 total_atoms43163
残基数 n_residues5076
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax219.9
Rg (实空间) rg_real64.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.10
I(0) (实空间) i0_real6.4840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3690e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal64.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6487000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8742
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary73.3
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.507
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha544500000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.852

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)