9fwr

Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00249

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 10

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTC1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4254–4384 未记录 Guanine-N7 methyltransferase nsp14 × 1 (P0DTD1) ZN ZINC ION × 4 A1IGL (4R)-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 23.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M 分辨率 2.29 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 440 个其他 PDB 条目、508 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1A_SARS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–131; UniProt 4254–4384

Guanine-N7 methyltransferase nsp14

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P0DTD1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 5926–6214 未记录 Non-structural protein 10 × 1 (P0DTC1) ZN ZINC ION × 4 A1IGL (4R)-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 23.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M 分辨率 2.29 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3350 个其他 PDB 条目、4324 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1AB_SARS2
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–290; UniProt 5926–6214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fwr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fwr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fwr
沉积日期 deposition_date2024-06-30
结构标题 titleCrystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00249
关键词 keywordsexoribonuclease, nsp10, nsp14, fragment screen, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.15
零角强度 I(0) i069569500.00
分子量 molecular_weight43150.0 kDa
排除体积 excluded_volume41412 ų
包络体积 envelope_volume67414 ų
水化壳体积 shell_volume24758 ų
包络直径 envelope_diameter84.3
壳层 Rg shell_rg29.86
包络 Rg envelope_rg23.37
形状 Rg shape_rg23.06
总 Rg total_rg23.87
总原子数 total_atoms3223
残基数 n_residues416
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.2
Rg (实空间) rg_real23.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real6.9570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69570000.0000
解质量估计 total_estimate0.8607
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.400
峰度 Kurtosis kurtosis-0.280
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11070000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)