Histone H3.3
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 2–136 | 未记录 | Histone H4 × 1 （P62805） Death domain-associated protein 6 × 1 （Q9UER7） Major tegument protein × 1 （Q1HVJ0） | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1M MES pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate | 分辨率 3.50 Å R-free 0.280 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 5KDM | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L43 Structural basis for histone code recognition by BRPF2-PHD1 finger 提交 2010-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–13（12 aa）
|
突变：C29S, C36S | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-1, 1.6mM ZINC ION-2, 20mM Bis-Tris-3, 150mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-5, 1.6mM ZINC ION-6, 20mM Bis-Tris-7, 150mM sodium chloride-8, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
2–14（13 aa）
片段：residues in UNP 2-14
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Q
2–14（13 aa）
片段：residues in UNP 2-14
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASK Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
2–14（13 aa）
片段：residues in UNP 2-14
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 200mM sodium citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3ASL Structure of UHRF1 in complex with histone tail 提交 2010-12-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–12（11 aa）
片段：residues in UNP 2-12
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10mM sodium citrate, 42% PEGMME2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.196 |
| 3AV2 The human nucleosome structure containing the histone variant H3.3 提交 2011-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.272 |
| 3JVK Crystal structure of bromodomain 1 of mouse Brd4 in complex with histone H3-K(ac)14 提交 2009-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
13–20（8 aa）
片段：UNP residues 13-20
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 10-times excess of histone peptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.259 |
| 3MUK Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with propionylated histone H3-K(prop)23 提交 2010-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
22–29（8 aa）
片段：histone H3 peptide, UNP residues 22-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.219 |
| 3MUL Crystal structure of Brd4 bromodomain 1 with butyrylated histone H3-K(buty)14 提交 2010-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
13–20（8 aa）
片段：histone H3 peptide, UNP residues 13-20
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；3.6M Na formate, 10% glycerol, soaked with 20-times excess of histone octapeptide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.226 |
| 3QL9 Monoclinic complex structure of ATRX ADD bound to histone H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：K9 trimethylated H3 N-terminal fragment, UNP residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2 M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 0.93 Å R-free 0.131 |
| 3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 3QLA Hexagonal complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3 peptide 提交 2011-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；14% PEG 4000, 0.1M MES, 0.2M KCL, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.179 |
| 3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3QLC Complex structure of ATRX ADD domain bound to unmodified H3 1-15 peptide 提交 2011-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
片段：N-terminal tail, UNP residues 2-16
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；24% PEG 3350, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M KCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.241 |
| 3WTP Crystal Structure of the heterotypic nucleosome containing human CENP-A and H3.3 提交 2014-04-14 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.270 |
| 4GNE Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-7 提交 2012-08-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–8（7 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-8
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris-HCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.178 |
| 4GNF Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15 提交 2012-08-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-16
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.205 |
| 4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–16（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.214 |
| 4GU0 Crystal structure of LSD2 with H3 提交 2012-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
2–27（26 aa）
片段：UNP residues 2-27
|
突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.221 |
| 4GU0 Crystal structure of LSD2 with H3 提交 2012-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
2–27（26 aa）
片段：UNP residues 2-27
|
突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ZN ZINC ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M (NH4)2 Tartrate, 0.1M HEPES, 10% PEG20000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.221 |
| 4GUR Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P21 提交 2012-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
2–22（21 aa）
片段：UNP residues 2-22
|
突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.204 |
| 4GUS Crystal structure of LSD2-NPAC with H3 in space group P3221 提交 2012-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
2–22（21 aa）
片段：UNP residues 2-22
|
突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 IOD IODIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M Ammonium Iodide, 0.1M MES, 10% PEG3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.237 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
2–18（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4GY5 Crystal structure of the tandem tudor domain and plant homeodomain of UHRF1 with Histone H3K9me3 提交 2012-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–18（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；20% PEG 3350, 200mM Ammonium Tartrate, 100mM Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.288 |
| 4H9N Complex structure 1 of DAXX/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.209 |
| 4H9O Complex structure 2 of DAXX/H3.3(sub5,G90M)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：G90M, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.225 |
| 4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 4H9P Complex structure 3 of DAXX/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.242 |
| 4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.221 |
| 4H9Q Complex structure 4 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 18 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.8 M Na/K-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.221 |
| 4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 4H9R Complex structure 5 of DAXX(E225A)/H3.3(sub5,G90A)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：G90A, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；1.6 M Na/K-phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
2–136（135 aa）
|
突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.250 |
| 4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
2–136（135 aa）
|
突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.250 |
| 4H9S Complex structure 6 of DAXX/H3.3(sub7)/H4 提交 2012-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 B
2–136（135 aa）
|
突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F 突变：A75C, F84W, S96A, Y99F, G102A, A111T, M120F | PO4 PHOSPHATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M Na/K-phosphate, 2.5M NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.250 |
| 4HGA Structure of the variant histone H3.3-H4 heterodimer in complex with its chaperone DAXX 提交 2012-10-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–136（136 aa）
|
未记录 | PC4 TETRACHLOROPLATINATE(II) × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；298 K；0.1M HEPES-Na, pH 7.6, 23% (v/v) PEG 3350, 0.25M Ammonium acetate, 1% Tacsimate pH 7.0, 6% ethanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4N4I Crystal structure of the Bromo-PWWP of the mouse zinc finger MYND-type containing 11 isoform alpha in complex with histone H3.3K36me3 提交 2013-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
20–43（24 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 0.2M Li2SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.245 |
| 4QQ4 CW-type zinc finger of MORC3 in complex with the amino terminus of histone H3 提交 2014-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：unp residues 2-16
链 D
2–16（15 aa）
片段：unp residues 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 7 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M ammonium chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.223 |
| 4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–12（11 aa）
片段：UNP residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.229 |
| 4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–12（11 aa）
片段：UNP residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.229 |
| 4U7T Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with histone H3 提交 2014-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 F
2–13（12 aa）
链 G
2–13（12 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Acetate, 0.6M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.261 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 4W5A Complex structure of ATRX ADD bound to H3K9me3S10ph peptide 提交 2014-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；13-20% PEG 4000, 0.1 M MES, 3 mM MgCl2
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5B32 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.259 |
| 5B33 The crystal structure of the H2AZ nucleosome with H3.3. 提交 2016-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.252 |
| 5BNV Crystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer 提交 2015-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
58–136（79 aa）
片段：UNP residues 58-136
链 D
58–136（79 aa）
片段：UNP residues 58-136
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.220 |
| 5BNX Crystal structure of Human MCM2 HBD and ASF1b chaperoning a histone H3.3-H4 dimer 提交 2015-05-26 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
58–136（79 aa）
片段：UNP residues 58-136
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.213 |
| 5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.257 |
| 5DWQ Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated H3 peptide (R17) 提交 2015-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.257 |
| 5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
链 G
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.263 |
| 5DX0 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17) 提交 2015-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
链 I
14–31（18 aa）
片段：UNP residues 14-31
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.263 |
| 5JA4 Crystal structure of human TONSL and MCM2 HBDs binding to a histone H3-H4 tetramer 提交 2016-04-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
58–136（79 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.1M MES pH 5.6, 7% isopropanol
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.246 |
| 5JJY Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36M peptide 提交 2016-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
30–43（14 aa）
片段：H3 peptide, UNP residues 30-43
|
突变：K36M | ZN ZINC ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 5JLB Crystal structure of SETD2 bound to histone H3.3 K36I peptide 提交 2016-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
30–43（14 aa）
片段：H3 peptide, UNP residues 30-43
|
突变：K36I | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 20% PEG3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.190 |
| 5X7X The crystal structure of the nucleosome containing H3.3 at 2.18 angstrom resolution 提交 2017-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.256 |
| 6A5L RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA 提交 2018-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 6A5O RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-6) of the nucleosome 提交 2018-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.90 Å |
| 6A5P RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2018-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6A5R RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-2) of the nucleosome 提交 2018-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 6A5T RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.70 Å |
| 6A5U RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA, tilt conformation 提交 2018-06-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
4–18（15 aa）
|
突变：K9R | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
4–18（15 aa）
|
突变：K9R | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
4–18（15 aa）
|
突变：K9R | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
4–18（15 aa）
|
突变：K9R | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6INQ RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome, with foreign DNA (+1 position) 提交 2018-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 6IR9 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2018-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6J4W RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-5) of the nucleosome 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 6J4X RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1A) 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6J4Y RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (+1B) 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6J4Z RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6J50 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome (tilted conformation) 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：27-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 6J51 RNA polymerase II elongation complex bound with Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome, weak Elf1 (+1 position) 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
2–27（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FLC CITRATE ANION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.272 |
| 6PZV Crystal Structure of Bovine DNMT1 RFTS domain in complex with H3K9me3 and Ubiquitin 提交 2019-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
2–27（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；277 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 28% PEG8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.272 |
| 6R0C Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label 提交 2019-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6RNY PFV intasome - nucleosome strand transfer complex 提交 2019-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；1 min incubation 3.5s blot
|
分辨率 3.90 Å |
| 6U04 Crystal structure of human BRPF1 PZP bound to histone H3 tail 提交 2019-08-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–13（12 aa）
|
未记录 | PR PRASEODYMIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 40% (v/v) PEG400, and 0.01M Praseodymium(III) acetate hydrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.208 |
| 7A08 CryoEM Structure of cGAS Nucleosome complex 提交 2020-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 d
2–136（135 aa）
链 h
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.11 Å |
| 7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
58–136（79 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.214 |
| 7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.214 |
| 7CIZ Crystal structure of DNAJC9 HBD helix2 in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 I
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Lithium sulfate, 0.05 M Sodium sulfate; 0.05 M Tris, pH 8.5, 30% (v/v) PEG400.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.214 |
| 7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
58–136（79 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.295 |
| 7CJ0 Crystal structure of DNAJC9 HBD in complex with H3.3-H4 dimer and MCM2 HBD 提交 2020-07-09 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.1 M Tris, pH8.5, 25% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Glycerol
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.295 |
| 7CWH Structural basis of RACK7 PHD to read a pediatric glioblastoma-associated histone mutation H3.3G34R 提交 2020-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
32–42（11 aa）
|
突变：G34R | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1
NMR样品组成
0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DDT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] G34R, 1.2 mM RACK7 PHD, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 E
14–23（10 aa）
链 F
14–23（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MLI MALONATE ION × 2 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 7OKP Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_13-22 K18 acetylated 提交 2021-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 G
14–23（10 aa）
链 H
14–23（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MLI MALONATE ION × 8 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M sodium malonate, 0.1M MES pH7.0, 0.2M sodium chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 7V1L Structure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-08-04 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 V
117–136（20 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4M Na-K phosphate, pH 8.2
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.246 |
| 7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.240 |
| 7V1M Structural basis for the co-chaperone relationship of sNASP and ASF1b 提交 2021-08-04 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% v/v Tacsimate, pH 6.0, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.240 |
| 7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 7VCQ structure of viral protein BKRF4 in complex with H3.3-H4-ASF1 提交 2021-09-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
58–136（79 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2% Tacsimate pH 7.0; o.1M HEPES pH 7.5; 20% PEG3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.283 |
| 7W5M Crystal structure of AtNASP in complex of H3 alpha3 helix peptide 提交 2021-11-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
117–136（20 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 300, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate citrate, pH 4.2, 10% Glycerol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.227 |
| 7WBV RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-4) of the nucleosome 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7WBW RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3.5) of the nucleosome 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.10 Å |
| 7WBX RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1 and Spt4/5, stalled at SHL(-3) of the nucleosome 提交 2021-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7XSE RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC42) 提交 2022-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7XSX RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49) 提交 2022-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7XSZ RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115) 提交 2022-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7XT7 RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC49B) 提交 2022-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7XTD RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58oct) 提交 2022-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7XTI RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex) 提交 2022-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8JH2 RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：28-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 8JH3 RNA polymerase II elongation complex containing 40 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8JH4 RNA polymerase II elongation complex containing 60 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome 提交 2023-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 50 mM Potassium acetate, 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9B3P The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome 提交 2024-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second
|
分辨率 3.00 Å |
| 9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9II7 RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B 提交 2024-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9J0N Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc) 提交 2024-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9J0O Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc) 提交 2024-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9J0P Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc) 提交 2024-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9L1X hDEK-nucleosome complex (conformation 1) 提交 2024-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 9L22 hDEK-nucleosome complex (conformation 2) 提交 2024-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
2–27（26 aa）
链 D
2–27（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.230 |
| 9UTH DPF3b in complex with H3K14cr peptide 提交 2025-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
2–27（26 aa）
链 H
2–27（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；4 M Sodium Formate, pH 7.0
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.230 |
| 9WMS Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B) 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9WMT Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A) 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 9WMU Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A) 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.28 Å |
| 9WMV Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B) 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.66 Å |
| 9WMW Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer) 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
共 94 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | H33_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 |
