6vyp

Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 a； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 e； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 b； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 f； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 c； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 g； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126 作者链 d； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126 作者链 h； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126

Lysine-specific histone demethylase 1A

Homo sapiens

UniProt O60341

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 REST corepressor 1 × 2 （Q9UKL0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	KDM1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–684； UniProt 171–852 作者链 M； PDB构建体 3–684； UniProt 171–852 作者链 k； PDB构建体 3–684； UniProt 171–852 作者链 m； PDB构建体 3–684； UniProt 171–852

REST corepressor 1

Homo sapiens

UniProt Q9UKL0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (191-MER) × 1 DNA (191-MER) × 1 Lysine-specific histone demethylase 1A × 2 （O60341） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RCOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 3–157； UniProt 289–443 作者链 N； PDB构建体 3–157； UniProt 289–443 作者链 l； PDB构建体 3–157； UniProt 289–443 作者链 n； PDB构建体 3–157； UniProt 289–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vyp
沉积日期 deposition_date	2020-02-27
结构标题 title	Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate
关键词 keywords	epigenetics, histone modifications, histone demethylation, NUCLEAR PROTEIN, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex; NUCLEAR PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vyp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vyp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vyp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	64.46 Å
Rg（电子密度）	65.26 Å
总 Rg	65.19 Å
原子数	26597
残基数	2752
排除体积	449250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vyp__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6vyp__assembly_2__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15305.9 kDa
突变 mutation	K4M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,a,e
原子数 atom_count	52996

ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,b,f

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	13978.2 kDa
突变 mutation	G99R/A123S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,c,g

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13524.8 kDa
突变 mutation	S32T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,d,h

AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (191-MER)
分子量 formula_weight	58694.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,i

ATCGACCCTATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGACGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (191-MER)
分子量 formula_weight	59245.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,j

ATCGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGCGTATAGGGTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Lysine-specific histone demethylase 1A
分子量 formula_weight	75732.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
突变 mutation	R608A/N717A/D721A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m,K,k

GSPSGVEGAAFQSRLPHDRMTSQEAACFPDIISGPQQTQKVFLFIRNRTLQLWLDNPKIQLTFEATLQQLEAPYNSDTVLVHRVHSYLERHGLINFGIYKRIKPLPTKKTGKVIIIGSGVSGLAAARQLQSFGMDVTLLEARDRVGGRVATFRKGNYVADLGAMVVTGLGGNPMAVVSKQVNMELAKIKQKCPLYEANGQAVPKEKDEMVEQEFNRLLEATSYLSHQLDFNVLNNKPVSLGQALEVVIQLQEKHVKDEQIEHWKKIVKTQEELKELLNKMVNLKEKIKELHQQYKEASEVKPPRDITAEFLVKSKHRDLTALCKEYDELAETQGKLEEKLQELEANPPSDVYLSSRDRQILDWHFANLEFANATPLSTLSLKHWDQDDDFEFTGSHLTVRNGYSCVPVALAEGLDIKLNTAVRQVRYTASGCEVIAVNTASTSQTFIYKCDAVLCTLPLGVLKQQPPAVQFVPPLPEWKTSAVQRMGFGNLNKVVLCFDRVFWDPSVNLFGHVGSTTASRGELFLFWNLYKAPILLALVAGEAAGIMEAISDAVIVGRCLAILKGIFGSSAVPQPKETVVSRWRADPWARGSYSYVAAGSSGNDYDLMAQPITPGPSIPGAPQPIPRLFFAGEHTIRNYPATVHGALLSGLREAGRIADQFLGAMYTLPRQATPGVPAQQSPSM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	REST corepressor 1
分子量 formula_weight	17956.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,n,L,l

GSPTETVPQVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

晶胞边长 a length_a	103.771 Å
晶胞边长 b length_b	335.770 Å
晶胞边长 c length_c	174.633 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.990 Å
最低分辨率 resolution_low	20.170 Å
R 因子 r_factor	0.2309
R_work r_work	0.2291
R_free r_free	0.2774

Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lysine-specific histone demethylase 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

REST corepressor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vyp__assembly_1__model_1

6vyp__assembly_1__model_1 | I(q)

6vyp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer