TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 30 DNA 2 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物数一致 | 链 0； UniProt 1–760 | 未记录 | General transcription factor IIH subunit 1 × 1 （P32780） General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） CDK-activating kinase assembly factor MAT1 × 1 （P51948） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （P19447） RPB1 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （I3LGP4） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） RPOL4c domain-containing protein × 1 （A0A287ADR4） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 （F1SKN8） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （I3LJZ9） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A4X1ULF2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （A0A4X1VYD0） RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 （A0A4X1UK25） RNA polymerase II subunit K × 1 （I3LN51） Transcription initiation factor IIB × 1 （Q00403） Non-template DNA × 1 TATA-box-binding protein × 1 （P20226） General transcription factor IIF subunit 1 × 1 （P35269） General transcription factor IIF subunit 2 × 1 （P13984） Template DNA × 1 Transcription initiation factor IIA subunit 1 × 1 （P52655） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （P52657） General transcription factor IIE subunit 1 × 1 （P29083） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （P29084） Unassigned peptide, likely TFIIE-beta × 1 Unassigned peptide, likely XPB × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 7.20 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7NVZ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28JM Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH and XPC initial encounter complex 提交 2026-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.29 Å |
| 28JS Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (composite map) 提交 2026-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.32 Å |
| 28JV Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (consensus map) 提交 2026-02-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.91 Å |
| 28KE Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC-XPA complex bound to bulky lesion-mimic DNA 提交 2026-02-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.60 Å |
| 5IVW Human core TFIIH bound to DNA within the PIC 提交 2016-03-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 W
1–760（760 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 10.00 Å |
| 5IY6 Human holo-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 W
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.20 Å |
| 5IY7 Human holo-PIC in the open state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 W
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 8.60 Å |
| 5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 W
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.90 Å |
| 5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric |
链 W
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 6.30 Å |
| 5OF4 The cryo-EM structure of human TFIIH 提交 2017-07-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3-4 minute incubation, 2 second blot
|
分辨率 4.40 Å |
| 6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 6O9M Structure of the human apo TFIIH 提交 2019-03-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6RO4 Structure of the core TFIIH-XPA-DNA complex 提交 2019-05-10 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 ul of sample was applied to glow-discharged grids which were blotted for 5s and plunge-frozen in liquid ethane.
|
分辨率 3.50 Å |
| 6TUN Helicase domain complex 提交 2020-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
245–439（195 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5
25% PEG8000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.227 |
| 6TUN Helicase domain complex 提交 2020-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
245–439（195 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5
25% PEG8000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.227 |
| 7AD8 Core TFIIH-XPA-DNA complex with modelled p62 subunit 提交 2020-09-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：76-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å |
| 7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric |
链 X
1–760（760 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7NVW TFIIH in a pre-translocated state (without ADP-BeF3) 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7NVX TFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3) 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric |
链 0
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric |
链 1
1–760（760 aa）
|
突变：0 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric |
链 1
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8EBS Initial DNA-lesion (Cy5) binding by XPC and TFIIH 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8EBT XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5) 提交 2022-08-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–730（730 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8EBU XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5) 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EBV Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex 1 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.10 Å |
| 8EBW Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex2 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 8EBX XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (AP) 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EBY XPC release from Core7-XPA-DNA (AP) 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 HA
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 HA
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.47 Å |
| 8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.52 Å |
| 8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.07 Å |
| 8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.29 Å |
| 8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 7
1–760（760 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.13 Å |
| 9PCP NER dual incision complex - NoG 提交 2025-06-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9PD5 NER dual incision complex - NoF 提交 2025-06-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 9XYU NER complex - C7CAD.ATP 提交 2025-08-26 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 B
1–760（760 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | ERCC2_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 0； PDB构建体 1–760； UniProt 1–760 |
