Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 54 RNA 6 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 1–2335 | 未记录 | U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 （O75643） U2 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 Splicing factor 3A subunit 1 × 1 （Q15459） Splicing factor 3A subunit 2 × 1 （Q15428） 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 （Q15029） Thioredoxin-like protein 4A × 1 （P83876） U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein × 1 （Q96DI7） Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 （Q9BUQ8） NHP2-like protein 1, N-terminally processed × 1 （P55769） Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 （Q53GS9） Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H × 1 （O43447） pre-mRNA × 1 ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 × 1 （P62312） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 × 1 （Q9UK45） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 × 1 （Q9Y333） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 × 1 （P62310） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 × 1 （O95777） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 × 1 （Q9Y4Z0） U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 × 1 （Q9Y4Y9） Splicing factor 3B subunit 4 × 1 （Q15427） Splicing factor 3A subunit 3 × 1 （Q12874） Splicing factor 3B subunit 2 × 1 （Q13435） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） Splicing factor 3B subunit 6 × 1 （Q9Y3B4） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 3 （P62316） ;U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' ; × 1 （P08579） Small nuclear ribonucleoprotein F × 3 （P62306） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 3 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 3 （P62318） Small nuclear ribonucleoprotein G × 3 （P62308） Small nuclear ribonucleoprotein E × 3 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 3 （P62314） ;U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ; × 1 （P09661） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 × 1 （O43172） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 × 1 （O43395） U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 （Q8WWY3） Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 （O94906） U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 （O43290） | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 4.40 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8R0B | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3E9L Crystal Structure of Human Prp8, Residues 1755-2016 提交 2008-08-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1760–2016（257 aa）
片段：endonuclease domain
|
未记录 | NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.248 |
| 3ENB Crystal Structure of PRP8 core domain IV 提交 2008-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：UNP residues 1769-1990
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；2.5 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.243 |
| 3ENB Crystal Structure of PRP8 core domain IV 提交 2008-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：UNP residues 1769-1990
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；2.5 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.243 |
| 3JCR 3D structure determination of the human*U4/U6.U5* tri-snRNP complex 提交 2016-01-21 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：36-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA；pH 7.9；20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.00 Å |
| 3LRU hPRP8 Non-Native Subdomain 提交 2010-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1831–1990（160 aa）
片段：UNP residues 1831-1990
链 B
1831–1990（160 aa）
片段：UNP residues 1831-1990
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
vapour diffusion；pH 6；298 K；12% PEG4000, Tris Ph8, 1,3 diamino-propane, pH 6, vapour diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.254 |
| 4JK7 Open and closed forms of wild-type human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.177 |
| 4JK7 Open and closed forms of wild-type human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.177 |
| 4JK8 Open and closed forms of R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：R1865A | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.160 |
| 4JK8 Open and closed forms of R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：R1865A | CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.160 |
| 4JK9 Open and closed forms of wild-type human PRP8 RNase H-like domain with bound Co ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.205 |
| 4JK9 Open and closed forms of wild-type human PRP8 RNase H-like domain with bound Co ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
未记录 | CO COBALT (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.205 |
| 4JKA Open and closed forms of R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Co ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：R1865A | CO COBALT (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.166 |
| 4JKA Open and closed forms of R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Co ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：R1865A | CO COBALT (II) ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.166 |
| 4JKB Open and closed forms of V1788D human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：V1788D | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.145 |
| 4JKB Open and closed forms of V1788D human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：V1788D | GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.145 |
| 4JKC Open and closed forms of T1800E human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1800E | CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.164 |
| 4JKC Open and closed forms of T1800E human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1800E | CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.164 |
| 4JKD Open and closed forms of I1790Y human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：I1790Y | MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.188 |
| 4JKD Open and closed forms of I1790Y human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：I1790Y | MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.188 |
| 4JKE Open and closed forms of T1789P human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1789P | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.203 |
| 4JKE Open and closed forms of T1789P human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1789P | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.203 |
| 4JKF Open and closed forms of T1791P+R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1791P R1865A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 4JKF Open and closed forms of T1791P+R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：T1791P R1865A | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 4JKG Open and closed forms of mixed T1789P+R1865A and R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：R1865A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 4JKG Open and closed forms of mixed T1789P+R1865A and R1865A human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990
|
突变：T1789P, R1865A | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.234 |
| 4JKH Open and closed forms of D1781E human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：D1781E | CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 4JKH Open and closed forms of D1781E human PRP8 RNase H-like domain with bound Mg ion 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1769–1990（222 aa）
片段：;PRP8 RNase H-like domain, UNP residues 1769-1990'
;
|
突变：D1781E | CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 300mM MgCl2, 100mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.219 |
| 4KIT Crystal structure of human Brr2 in complex with the Prp8 Jab1/MPN domain 提交 2013-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2064–2335（272 aa）
片段：Jab1/MPN domain (UNP residues 2064-2335)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；277 K；0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.9, 0.2 M magnesium chloride, 12% ethanol, Silver Bullets Bio condition 91 (Hampton Research) as additive, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.235 |
| 5MQF Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing (C* complex) 提交 2016-12-20 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5XJC Cryo-EM structure of the human spliceosome just prior to exon ligation at 3.6 angstrom 提交 2017-04-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5YZG The Cryo-EM Structure of Human Catalytic Step I Spliceosome (C complex) at 4.1 angstrom resolution 提交 2017-12-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：46-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
|
分辨率 3.40 Å |
| 6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6ICZ Cryo-EM structure of a human post-catalytic spliceosome (P complex) at 3.0 angstrom 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ID0 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome prior to Prp43 loaded (ILS1 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：42-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6ID1 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome after Prp43 loaded (ILS2 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：43-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 6QDV Human post-catalytic P complex spliceosome 提交 2019-01-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.30 Å |
| 6QW6 Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. 提交 2019-03-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric |
链 5A
25–2335（2311 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait 30s, blot for 2s to 3s.
|
分辨率 2.92 Å |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric |
链 5A
25–2335（2311 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 6S8Q Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 提交 2019-07-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.253 |
| 6S9I Human Brr2 Helicase Region D534C/N1866C in complex with C-tail deleted Jab1 提交 2019-07-13 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.278 |
| 6ZYM Human C Complex Spliceosome - High-resolution CORE 提交 2020-08-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：26-meric |
链 A
1–1755（1755 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7A5P Human C Complex Spliceosome - Medium-resolution PERIPHERY 提交 2020-08-21 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：48-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 7AAV Human pre-Bact-2 spliceosome core structure 提交 2020-09-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：heptadecameric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7ABF Human pre-Bact-1 spliceosome core structure 提交 2020-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 7BDI Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and ATPgammaS 提交 2020-12-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.297 |
| 7BDJ Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and mant-ATPgammaS 提交 2020-12-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | TGB [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-[2-(methylamino)phenyl]carbonyloxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphinic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.59 Å R-free 0.289 |
| 7BDK Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and ADP 提交 2020-12-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.284 |
| 7BDL Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and mant-ADP 提交 2020-12-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | TG8 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] 2-(methylamino)benzoate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.292 |
| 7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7OS2 Cryo-EM structure of Brr2 in complex with Jab1/MPN and C9ORF78 提交 2021-06-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
2064–2335（272 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7PJH Crystal structure of the human spliceosomal maturation factor AAR2 bound to the RNAse H domain of PRPF8 提交 2021-08-24 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1758–2016（259 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000, 5%(v/v) 2-methyl-2,4- pentanediol
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.235 |
| 7PX3 Structure of U5 snRNP assembly and recycling factor TSSC4 in complex with BRR2 and Jab1 domain of PRPF8 提交 2021-10-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric |
链 a
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7W59 The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5A The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5B The cryo-EM structure of human C* complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8BC8 Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 18 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | QB6 3-azanyl-4-oxidanyl-benzenesulfonamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.245 |
| 8BC9 Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 24 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | A09 N-hydroxybenzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.249 |
| 8BCA Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 26 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | Q96 3-azanyl-~{N}-methyl-4-(methylamino)benzenesulfonamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 8BCB Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 34 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 SAN SULFANILAMIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.258 |
| 8BCC Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 39 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | QAU 3-oxidanylbenzenesulfonamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.258 |
| 8BCD Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 50 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | QB0 phenylsulfonylcarbamodithioic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.279 |
| 8BCE Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 76 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | B09 N-methoxybenzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.267 |
| 8BCF Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 78 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 Q8Z ~{N}-methoxy-~{N}-methyl-benzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.275 |
| 8BCG Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and compound 86 提交 2022-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2064–2320（257 aa）
|
未记录 | Q9I 4-chloranyl-~{N}-methoxy-~{N}-methyl-benzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；291.15 K；0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.269 |
| 8C6J Human spliceosomal PM5 C* complex 提交 2023-01-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric |
链 a
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 5.90 Å |
| 8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric |
链 5B
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric |
链 5B
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric |
链 5B
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric |
链 5B
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0W The cryo-EM structure of human C complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Q7N cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) 提交 2023-08-16 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8Q7Q Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 2) 提交 2023-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8Q7V Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 1) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8Q7W Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 3) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Q7X Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 4) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8Q91 Structure of the human 20S U5 snRNP core 提交 2023-08-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.29 Å |
| 8QOZ Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss+ATPgammaS Complex (core part) 提交 2023-09-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QP8 Cryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part) 提交 2023-09-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QP9 Cryo-EM Structure of Pre-B+AMPPNP Complex (core part) 提交 2023-09-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8QPA Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ssLNG Complex (core part) 提交 2023-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：heptadecameric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPB Cryo-EM Structure of Pre-B+ATP Complex (core part) 提交 2023-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPE Cryo-EM Structure of Pre-B-like Complex (core part) 提交 2023-10-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：20-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QPK Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part) 提交 2023-10-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.60 Å |
| 8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.10 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 8RC0 Structure of the human 20S U5 snRNP 提交 2023-12-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8RO2 Integrative Structure of the human intron lariat Spliceosome (ILS'') 提交 2024-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：40-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8Y6O Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part 提交 2024-02-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric |
链 C
1–2335（2335 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 3.38 Å |
| 9FMD Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) 提交 2024-06-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9R3D Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric |
链 A
1–2335（2335 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.12 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PRP8_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–2335； UniProt 1–2335 |
