Histone H3.2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 10 DNA 2 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 39–135 链 E； UniProt 39–135 | 未记录 | Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H2A type 1-B/E × 1 （P04908） DNA (143-MER) × 1 DNA (143-MER) × 1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） E3 ubiquitin-protein ligase RNF168 × 1 （Q8IYW5） ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.27 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8X7K | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10XZ Non-damaged nucleosome 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 10YA Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YB Nucleosome containing a nick at SHL-2 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YC Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 10YD Nucleosome containing a nick at SHL-6 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 10YE DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL0 提交 2026-02-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 10YF DNA Ligase IIIa bound to nucleosome containing a nick at SHL-2 (composite) 提交 2026-02-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–134（96 aa）
链 E
39–134（96 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YG DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-4 (composite) 提交 2026-02-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 10YH DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 10YI XRCC1-DNA Ligase IIIa complex bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite) 提交 2026-02-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 2X4W Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FMT FORMIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；4M SODIUM FORMATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.216 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4X Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5) 0.01M NACL
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.239 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 2X4Y Molecular basis of Histone H3K36me3 recognition by the PWWP domain of BRPF1. 提交 2010-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
23–43（21 aa）
片段：RESIDUES 23-43
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG4K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS (PH 8.5), 0.01M NACL.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 3AV1 The human nucleosome structure containing the histone variant H3.2 提交 2011-02-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.290 |
| 3DB3 Crystal structure of the tandem tudor domains of the E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 in complex with trimethylated histone H3-K9 peptide 提交 2008-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
7–12（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；3 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.282 |
| 3MO8 PWWP Domain of Human Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 In Complex with Trimethylated H3K36 Peptide 提交 2010-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
31–42（12 aa）
片段：UNP residue 31-42
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；3.5M sodium formate, 0.1M Tris-HCl pH8.5, H3K36me3 peptide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.207 |
| 4MZF Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2a) peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–10（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–21（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 4MZG Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3K4me3 peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–21（20 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；37.5% MPD_P1K_P3350, 0.1M bicine/Trizma, pH 8.5, 0.06M MgCl2/CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 4MZH Crystal structure of human Spindlin1 bound to histone H3(K4me3-R8me2s) peptide 提交 2013-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–10（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.247 |
| 4OUC Structure of human haspin in complex with histone H3 substrate 提交 2014-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–13（12 aa）
片段：histone H3 tail, UNP residues 2-13
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 5ID (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL × 1 IOD IODIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.211 |
| 5B0Y Crystal structure of the nucleosome containing histone H3 with the crotonylated lysine 122 提交 2015-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.249 |
| 5B0Z The crystal structure of the nucleosome containing H3.2, at 1.98 A resolution 提交 2015-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.254 |
| 5B40 The nucleosome structure containing H2B-K120 and H4-K31 monoubiquitinations 提交 2016-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；90mM Tris-HCl (pH 7.8), 3.6% PGA-LM, 25.2% PEG 400, 2-6% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
|
分辨率 3.33 Å R-free 0.263 |
| 5BO0 Crystal structure of Human MCM2 HBD and ASF1b chaperoning a histone H3.2-H4 dimer 提交 2015-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
57–136（80 aa）
片段：UNP residues 57-136
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.238 |
| 5VAC Crystal Structure of ATXR5 SET domain in complex with K36me3 histone H3 peptide 提交 2017-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
19–37（19 aa）
片段：residues 19-37
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.228 |
| 6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8,
60 mM KCl,
0.5% glycerol,
0.25 mM CaCl2,
20 uM ZnCl2,
0.25 mM DTT,
0.05% Octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.34 Å |
| 6T79 Structure of a human nucleosome at 3.2 A resolution 提交 2019-10-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.20 Å |
| 6T7A Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6T7B Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 5.10 Å |
| 6T7C Structure of two copies of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 4.00 Å |
| 6T7D Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 4.40 Å |
| 6X59 The mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-05-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 6X5A The mouse cGAS catalytic domain binding to human nucleosome that purified from HEK293T cells 提交 2020-05-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6XJD Two mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-06-23 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6Y5D Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome 提交 2020-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
链 M
39–136（98 aa）
链 Q
39–136（98 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6Y5E Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome (focused refinement of cGAS-NCP subcomplex) 提交 2020-02-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
39–134（96 aa）
链 E
39–134（96 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BQZ Crystal Structure of Spindlin1 bound to H3(K4me3-K9me3) peptide 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；2.8M sodium acetate, pH7.0
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7BU9 Crystal Structure of Spindlin1-H3(K4me3-K9me2) complex 提交 2020-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；3.6M sodium formate, 3% DMSO
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.264 |
| 7JO9 1:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JOA 2:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JZV Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome 提交 2020-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 P
2–136（135 aa）
链 p
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7PET The 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：36-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å |
| 7PEU Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7PEV Nucleosome stack of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7PEW Nucleosome 1 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7PEX Nucleosome 2 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PEY Nucleosome 3 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7PEZ Nucleosome 4 of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 7PF0 Trinucleosome of the 4x177 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.00 Å |
| 7PF2 Nucleosome stack of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 7PF3 Nucleosome 4 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PF4 Nucleosome 3 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PF5 Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7PF6 Nucleosome 1 of the 4x187 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7PFA Trinucleosome of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.70 Å |
| 7PFC Nucleosome stack of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 7PFD Nucleosome 1 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFE Nucleosome 2 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFF Nucleosome 3 of the 4x197 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7PFT Trinucleosome of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.80 Å |
| 7PFU Nucleosome stack of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 7PFV Nucleosome 1 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7PFW Nucleosome 2 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.20 Å |
| 7PFX Nucleosome 3 of the 4x207 nucleosome array containing H1 提交 2021-08-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7TAN Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle 提交 2021-12-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7U50 APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U51 Nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7U52 nucleosome core particle with AP-site at SHL-6.5 提交 2022-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7U53 Nucleosome core particle with AP-site at SHL0 提交 2022-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：K36C 突变：K36C | OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
30–42（13 aa）
片段：UNP residues 30-42
|
突变：K36C | FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.237 |
| 7UVA Crystal structure of KDM2A histone demethylase catalytic domain in complex with an H3C36 peptide modified by UNC8015 提交 2022-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
30–42（13 aa）
片段：UNP residues 30-42
|
突变：K36C | FE FE (III) ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-Cl, pH 8.5, 150 mM lithium sulfate, 20% PEG3350
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.237 |
| 8ATF Nucleosome-bound Ino80 ATPase 提交 2022-08-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å |
| 8JLB Cryo-EM structure of the 145 bp human nucleosome containing H3.2 C110A mutant 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.36 Å |
| 8JLD Cryo-EM structure of the 145 bp human nucleosome containing acetylated H3 tail 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 8OL1 cGAS-Nucleosome in complex with SPSB3-ELOBC (composite structure) 提交 2023-03-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VMJ H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ119-450 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VMN H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
42–136（95 aa）
链 O
42–136（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VOB H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWS Nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 提交 2024-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VWU Nucleosome containing 8oxoG at SHL4 提交 2024-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and
1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8X7I Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by intein-based E2-Ub-NCP conjugation strategy 提交 2023-11-24 | 构建体不同 聚集状态不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8X7J Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub/nucleosomes complex determined by activity-based chemical trapping strategy 提交 2023-11-24 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8ZJR Structure of nucleosome-bound RFX5 complex 提交 2024-05-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ZJT Structure of free nucleosome 提交 2024-05-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9BE5 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by EPU on Glacios at 3.3 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9BE6 Cryo-EM structure of Human Nucleosome collected by Leginon on Krios at 3.0 Angstrom resolution 提交 2024-04-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3K Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from both sides 提交 2024-08-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
42–136（95 aa）
链 E
42–136（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9D3L Two Dsup molecules in complex with the nucleosome open from the left side 提交 2024-08-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3M Two HMGN2s in complex with the nucleosome 提交 2024-08-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9D3N 167-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
45–134（90 aa）
链 E
45–134（90 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3O 167-bp 5S rDNA nucleosome - closed 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9D3P 167-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open only on the downstream side) 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9D3Q 167-bp 5S rDNA nucleosome - open II 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
41–136（96 aa）
链 E
41–136（96 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9D3R 147-bp 5S rDNA nucleosome - closed 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
40–136（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9D3S 147-bp 5S rDNA nucleosome - open I (open on the downstream side) 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9D3T 147-bp 5S rDNA nucleosome cross-linked with glutaraldehyde 提交 2024-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
44–136（93 aa）
链 E
44–136（93 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9DWF Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9DWG DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 1, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWH DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 2, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWI DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 3, composite) 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9DWJ Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9DWK DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and
5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9DWL Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9DWM DNA polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1；25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 9E09 Cryo-EM structure a single nucleosome (2) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 9E0R Cryo-EM structure of a single nucleosome (1) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.08 Å |
| 9E2F Cryo-EM structure of a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.71 Å |
| 9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 9E49 Cryo-EM structure of a di-nucleosome with an eight base-pair linker 提交 2024-10-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.93 Å |
| 9GMK SIRT7:H3K18DTU nucleosome complex 提交 2024-08-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9GMR SIRT7-H3K36MTUnucleosome complex 提交 2024-08-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | A1IY0 [[(2~{R},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-(methylamino)-6-oxidanyl-2-(propylamino)-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GW2 State 2 MAP 1 SETD2 bound to proximal H3 of upstream nucleosome 提交 2024-09-26 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.84 Å |
| 9IPU cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome 提交 2024-07-11 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9NQU KDM6B-nucleosome structure stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2025-03-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9OGR Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OGS Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v1) 提交 2025-05-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OGZ Cryo-EM analysis of human H2A.Z on Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9OH0 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated Sat2R-P DNA (v2) 提交 2025-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 9OH1 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on 601L DNA 提交 2025-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 9OH2 Cryo-EM analysis of human H2A.Z on methylated 601L DNA 提交 2025-05-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9RZC State 3 MAP 1 SETD2 bound to distal H3 of upstream nucleosome 提交 2025-07-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.53 Å |
| 9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 9U5U The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome 提交 2025-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9Y46 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C2 refinement) 提交 2025-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 9Y47 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C1 refinement) 提交 2025-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.74 Å |
| 9ZEN Competition for different elements of the nucleosome acidic patch yields distinct functional outcomes. VHH 1B2 提交 2025-11-30 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
突变：C97S 突变：C97S | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 50 mM NaCl, 0.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | H32_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 39–135 作者链 E； PDB构建体 1–97； UniProt 39–135 |
