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9v9s

Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 116.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RING1 and YY1-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q8N488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 L； UniProt 1–228 链 N； UniProt 1–228 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0TWI5） Ubiquitin × 2 （P0CG47） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 145–179（35 aa） 片段：C-terminal domain (UNP residues 145-179)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.234
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 K 1–228（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 M 1–228（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 M 1–228（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 M 1–228（228 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–228（228 aa）
链 N 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 L 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–228（228 aa）
链 N 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 N 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RYBP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 N； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136 未记录 RING1 and YY1-binding protein × 2 （Q8N488） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0TWI5） Ubiquitin × 2 （P0CG47） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 38–136（99 aa）
链 E 38–136（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 2–136（135 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：K4M 突变：K4M FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 a 2–136（135 aa）
链 e 2–136（135 aa）
突变：K4M 突变：K4M FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 39–136（98 aa）
链 H 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 M 39–136（98 aa）
链 R 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 W 39–136（98 aa）
链 b 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 g 39–136（98 aa）
链 l 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 39–135（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.43 Å
6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 2.50 Å
6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 3.00 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 35–135（101 aa）
链 E 35–135（101 aa）
突变：K37M 突变：K37M ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 38–136（99 aa）
链 E 38–136（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7M1X Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z 提交 2021-03-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
分辨率 3.70 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7SWY 2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome 提交 2021-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7TN2 Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps 提交 2022-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–136（135 aa）
链 K 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–136（135 aa）
链 K 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.36 Å
8G57 Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase 提交 2023-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 4–135（132 aa）
链 E 4–135（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NA 1–136（136 aa）
链 NE 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NA 1–136（136 aa）
链 NE 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 2–25（24 aa） 片段：N-ter
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
链 a 2–136（135 aa）
链 e 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 39–136（98 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 X 1–136（136 aa）
链 Y 1–136（136 aa）
链 Z 1–136（136 aa）
链 a 1–136（136 aa）
链 b 1–136（136 aa）
链 c 1–136（136 aa）
链 d 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
链 f 1–136（136 aa）
链 g 1–136（136 aa）
链 h 1–136（136 aa）
链 i 1–136（136 aa）
链 j 1–136（136 aa）
链 k 1–136（136 aa）
链 l 1–136（136 aa）
链 m 1–136（136 aa）
链 n 1–136（136 aa）
链 o 1–136（136 aa）
链 p 1–136（136 aa）
链 q 1–136（136 aa）
链 r 1–136（136 aa）
链 s 1–136（136 aa）
链 t 1–136（136 aa）
链 u 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 38–135（98 aa）
链 E 38–135（98 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 39–136（98 aa）
链 E 39–136（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 Q 38–135（98 aa）
链 U 38–135（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 H 38–135（98 aa）
链 Q 38–135（98 aa）
链 U 38–135（98 aa）
链 W 38–135（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 A 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 126 个其他 PDB 条目、130 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A310TTQ1_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103 未记录 RING1 and YY1-binding protein × 2 （Q8N488） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0TWI5） Ubiquitin × 2 （P0CG47） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AOI COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT 提交 1997-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 17–103（87 aa） 片段：HISTONE H4
链 F 17–103（87 aa） 片段：HISTONE H4
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1KX3 X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146, at 2.0 A Resolution 提交 2002-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
1P34 Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1P3A Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
1P3B Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1P3F Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.272
1P3G Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1P3I Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
1P3K Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1P3L Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1P3M Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
1P3O Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.75 Å R-free 0.276
1P3P Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
1ZBB Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome 提交 2005-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
链 b 1–102（102 aa）
链 f 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.75；294 K；magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 9.00 Å
1ZLA X-ray Structure of a Kaposi's sarcoma herpesvirus LANA peptide bound to the nucleosomal core 提交 2005-05-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.277
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.269
2FJ7 Crystal structure of Nucleosome Core Particle Containing a Poly (dA.dT) Sequence Element 提交 2005-12-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；20 to 35 mM KCl, 34 to 48 mM MnCl2, and 5mM K-cacodylate pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.20 Å R-free 0.350
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 20–102（83 aa） 片段：residues 20-102
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–102（83 aa） 片段：residues 20-102
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–102（83 aa） 片段：residues 20-102
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 20–102（83 aa） 片段：residues 20-102
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2IO5 Crystal structure of the CIA- histone H3-H4 complex 提交 2006-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–102（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 0.05M cadmium sulfate hydrate, 1.0M sodium acetate tryhydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.293
2NZD Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2006-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–102（102 aa）
链 F 1–102（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.283
3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.402
3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.435
3C1B The effect of H3 K79 dimethylation and H4 K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure 提交 2008-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3C1C The effect of H3 K79 dimethylation and H4 K20 trimethylation on nucleosome and chromatin structure 提交 2008-01-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.15 Å R-free 0.290
3KUY DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent 提交 2009-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 21–103（83 aa） 片段：UNP residues 21-103
链 F 21–103（83 aa） 片段：UNP residues 21-103
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 L 2–103（102 aa）
链 P 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.75 Å R-free 0.259
3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.318
3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.319
3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.44 Å R-free 0.282
3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.238
3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.215
3O62 Nucleosome core particle modified with a cisplatin 1,3-cis-{Pt(NH3)2}2+-d(GpTpG) intrastrand cross-link 提交 2010-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CPT Cisplatin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40-46 mM MnCl2, 30-45 mM KCl, and 20 mM potassium cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.22 Å R-free 0.306
3REH 2.5 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) 提交 2011-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；KCl, MnCl2, K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
3REI 2.65 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 49 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3REJ 2.55 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) 提交 2011-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 13 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.55 Å R-free 0.262
3REK 2.6 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Oxaliplatin 提交 2011-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 40 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.281
3REL 2.7 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 48 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.302
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.289
3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4EO5 Yeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant 提交 2012-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 21–103（83 aa） 片段：residues 20-102
突变：G94P ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；7.14% PEG 3350, 0.2 M Magnesium Acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.240
4J8U X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 ELJ chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.38 Å R-free 0.280
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 B 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.41 Å R-free 0.275
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 B 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.69 Å R-free 0.282
4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
分辨率 3.28 Å R-free 0.245
4WU8 Structure of trPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 CX3 [2-(3-{bis[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(2-)]platinum(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
4WU9 Structure of cisPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CX8 [2-{3-[(2-{[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}ethyl)amino-kappaN]propyl}-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(3-)]platinum × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
分辨率 2.60 Å R-free 0.273
4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa） 片段：UNP residues 2-103
链 F 2–103（102 aa） 片段：UNP residues 2-103
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
分辨率 3.18 Å R-free 0.299
4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 25–103（79 aa） 片段：residues 25-103
链 F 25–103（79 aa） 片段：residues 25-103
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.299
4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 25–103（79 aa） 片段：residues 25-103
链 F 25–103（79 aa） 片段：residues 25-103
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 22–103（82 aa）
链 F 22–103（82 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.296
4ZBJ UBN1 peptide bound to H3.3/H4/Asf1 提交 2015-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 21–103（83 aa） 片段：UNP residues 21-103
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 8% PEG 8K, 0.2 M NaCl
分辨率 2.25 Å R-free 0.235
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
5BS7 Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2 提交 2015-06-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 2–103（102 aa）
链 D 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.5 M ammonium sulfate
分辨率 3.30 Å R-free 0.290
5BSA Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2 提交 2015-06-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 2–103（102 aa）
链 D 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 4.61 Å R-free 0.329
5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.251
5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.81 Å R-free 0.241
5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.81 Å R-free 0.242
5F99 X-ray Structure of the MMTV-A Nucleosome Core Particle 提交 2015-12-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
突变：H18R 突变：H18R CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；sample was mixed 1:1 with 10 mM K-cacodylate, pH 6.0, 180 mM MgCl2, 50 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.63 Å R-free 0.252
5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 B 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
分辨率 4.50 Å R-free 0.397
5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
突变：K20C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K20C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 4.54 Å
5MLU Crystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 20–103（84 aa）
链 F 20–103（84 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.05M MnCl2, 0.04M KCl, 0.1M potassium cacodylate pH 6.0, 5% trehalose, 24% MPD
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
分辨率 5.40 Å R-free 0.265
5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 L 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
分辨率 5.40 Å R-free 0.265
5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.32 Å R-free 0.259
5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
链 L 2–103（102 aa）
链 P 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
分辨率 6.72 Å R-free 0.352
5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
链 J 2–103（102 aa）
链 N 2–103（102 aa）
链 R 2–103（102 aa）
链 V 2–103（102 aa）
链 Z 2–103（102 aa）
链 d 2–103（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
分辨率 5.77 Å R-free 0.238
5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
分辨率 2.63 Å R-free 0.254
5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
6FQ5 Class 1 : canonical nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 19–102（84 aa）
链 F 19–103（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FQ6 Class 2 : distorted nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 19–103（85 aa）
链 F 19–103（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6FQ8 Class 3 : translocated nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 18–103（86 aa）
链 F 18–103（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6FTX Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome 提交 2018-02-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6G0L Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome 提交 2018-03-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6I84 Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex 提交 2018-11-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 O 1–103（103 aa）
链 U 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6KW3 The ClassA RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.13 Å
6KW4 The ClassB RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.55 Å
6KW5 The ClassC RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 1–103（103 aa）
链 W 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.13 Å
6LTJ Structure of nucleosome-bound human BAF complex 提交 2020-01-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6NE3 Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h bound at SHL-2 提交 2018-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 seconds blotting at 100% humidity, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
分辨率 3.90 Å
6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 2.96 Å
6NN6 Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex 提交 2019-01-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6NOG Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing
分辨率 3.90 Å
6NQA Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 1-to-1 complex 提交 2019-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 3.54 Å
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6O22 Structure of Asf1-H3:H4-Rtt109-Vps75 histone chaperone-lysine acetyltransferase complex with the histone substrate. 提交 2019-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 实验方法未声明
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成 70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3(110A,63C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 90 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 90 uM Rtt109, 90 uM Asf1, 90 uM H3(110A,76C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 90 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(30C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4(82C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 80 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 80 uM Rtt109, 80 uM Asf1, 80 uM H3, 80 uM H4(45C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(93C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
分辨率 3.50 Å
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 N 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
6PWV Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
6PWW Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6PWX Cryo-EM structure of RbBP5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6RYR Nucleosome-CHD4 complex structure (single CHD4 copy) 提交 2019-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6RYU Nucleosome-CHD4 complex structure (two CHD4 copies) 提交 2019-06-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.00 Å
6TEM CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM 提交 2019-11-12 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6UXW SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx 提交 2019-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 S 2–103（102 aa）
链 W 2–103（102 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.96 Å
6VEN Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome 提交 2020-01-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 5 3.5 sec blot time
分辨率 3.37 Å
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 b 2–103（102 aa）
链 f 2–103（102 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
分辨率 3.90 Å
6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
6W5M Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class02) 提交 2020-03-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6W5N Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05) 提交 2020-03-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric
链 J 1–103（103 aa）
链 Q 1–103（103 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
链 b 2–103（102 aa）
链 f 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 21–103（83 aa）
链 I 21–103（83 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 N 21–103（83 aa）
链 S 21–103（83 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 X 21–103（83 aa）
链 c 21–103（83 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 h 21–103（83 aa）
链 m 21–103（83 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 21–103（83 aa）
链 F 26–103（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.43 Å
6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 2.50 Å
6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 3.00 Å
7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 E 2–103（102 aa）
链 I 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.40 Å
7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.75 Å
7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.15 Å
7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.48 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EG6 Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
7ENN The structure of ALC1 bound to the nucleosome 提交 2021-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 F 2–103（102 aa）
链 L 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7K6P Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 14–103（90 aa）
链 F 14–103（90 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K6Q Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 12–103（92 aa）
链 F 12–103（92 aa）
突变：K17X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K17X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7KBD Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KBE Nucleosome isolated from metaphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7KBF H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.42 Å
7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 25–103（79 aa）
链 F 25–103（79 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7M1X Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z 提交 2021-03-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
分辨率 3.70 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7NKX RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure 提交 2021-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7OTQ Cryo-EM structure of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome 提交 2021-06-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 4.80 Å
7SSA Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome 提交 2021-11-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7SWY 2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome 提交 2021-11-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7TN2 Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps 提交 2022-01-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7UNK Structure of Importin-4 bound to the H3-H4-ASF1 histone-histone chaperone complex 提交 2022-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
7UX9 Arabidopsis DDM1 bound to nucleosome (H2A.W, H2B, H3.3, H4, with 147 bp DNA) 提交 2022-05-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 G 1–103（103 aa）
链 H 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotted for 2.5 seconds before plunging.
分辨率 3.20 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XFC Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFH Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFI Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFJ Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.00 Å
7XFL Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.80 Å
7XFM Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
7XFN Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state) 提交 2022-04-01 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.80 Å
7XNP Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state) 提交 2022-04-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 H 2–103（102 aa）
链 L 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 H 2–103（102 aa）
链 L 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YRD histone methyltransferase 提交 2022-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YRG histone methyltransferase 提交 2022-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 b 2–103（102 aa）
链 f 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 b 2–103（102 aa）
链 f 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 b 2–103（102 aa）
链 f 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
突变：0 突变：0 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 s 2–103（102 aa）
链 w 2–103（102 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8F86 SIRT6 bound to an H3K9Ac nucleosome 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G57 Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase 提交 2023-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 19–103（85 aa）
链 F 19–103（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8GPN Human menin in complex with H3K79Me2 nucleosome 提交 2022-08-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NB 1–103（103 aa）
链 NF 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NB 1–103（103 aa）
链 NF 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 P 2–103（102 aa）
链 T 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8OF4 Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite) 提交 2023-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8SVF BAP1/ASXL1 bound to the H2AK119Ub Nucleosome 提交 2023-05-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8T3T Structure of Bre1-nucleosome complex - state3 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8T3W Structure of Bre1-nucleosome complex - state2 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8T3Y Structure of Bre1-nucleosome complex - state1 提交 2023-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 J 1–103（103 aa）
链 X 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 J 1–103（103 aa）
链 X 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 J 1–103（103 aa）
链 X 1–103（103 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 F 2–103（102 aa）
链 L 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
8V4Y Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1) 提交 2023-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8V6V Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex 提交 2023-12-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8V7L Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 2) 提交 2023-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 0 1–103（103 aa）
链 1 1–103（103 aa）
链 2 1–103（103 aa）
链 3 1–103（103 aa）
链 4 1–103（103 aa）
链 5 1–103（103 aa）
链 6 1–103（103 aa）
链 7 1–103（103 aa）
链 8 1–103（103 aa）
链 9 1–103（103 aa）
链 CD 1–103（103 aa）
链 a2 1–103（103 aa）
链 a3 1–103（103 aa）
链 a4 1–103（103 aa）
链 a5 1–103（103 aa）
链 a6 1–103（103 aa）
链 a7 1–103（103 aa）
链 a8 1–103（103 aa）
链 a9 1–103（103 aa）
链 v 1–103（103 aa）
链 w 1–103（103 aa）
链 x 1–103（103 aa）
链 y 1–103（103 aa）
链 z 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9B3P The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome 提交 2024-03-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second
分辨率 3.00 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CA7 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the fully-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 V 2–103（102 aa）
链 X 2–103（102 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9CA8 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the partially-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 V 2–103（102 aa）
链 X 2–103（102 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
9CAA Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 V 2–103（102 aa）
链 X 2–103（102 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.04 Å
9CAB Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the encounter state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 V 2–103（102 aa）
链 X 2–103（102 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å
9CAU DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 4.18 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 4.04 Å
9CG9 Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 提交 2024-06-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.
分辨率 2.94 Å
9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9DGG ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome 提交 2024-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9E1L Snf2h bound nucleosome complex - ClassA1 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9E1M Snf2h bound nucleosome complex - ClassA2 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9E1N Snf2h bound nucleosome complex-ClassA3 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E1O Snf2h bound nucleosome complex - ClassB1 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E1P Snf2h bound nucleosome complex - ClassB2 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9E1Q Snf2h bound nucleosome complex - ClassB3 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1R Snf2h bound nucleosome complex - ClassB4 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1U Snf2h bound nucleosome complex - ClassC1 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1V Snf2h bound nucleosome complex - ClassC2 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1W Snf2h bound nucleosome complex - ClassC3 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E1Y Empty Nucleosome with 601 widom sequence 提交 2024-10-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 18–103（86 aa）
链 F 18–103（86 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 b 25–102（78 aa）
链 f 25–102（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EIL SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome 提交 2024-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9F0O The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interaction 提交 2024-04-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 21–103（83 aa）
链 F 21–103（83 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9GD0 Structure of a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9GD1 Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9GD2 Structure of Chd1 bound to a dinucleosome with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9GD3 Structure of a mononucleosome bound by one copy of Chd1 with the DBD on the exit-side DNA. 提交 2024-08-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GEN Recombinant Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
9GEO Nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9GEP Native monomeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9GEQ Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9GER Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle, intermediate state; composite map 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9IGJ structure of two human ELF2 transcription factors in complex with a nucleosome 提交 2025-02-19 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；1 mM EDTA, 30 mM NaCl, 2 mM DTT in 20 mM HEPES, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9IHD Nucleosome core particle bound by one molecule of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9IHE Nucleosome core particle bound by two molecules of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9IHF Nucleosome core particle bound by one monomer and one dimer of of DTT-reduced native myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 B 17–103（87 aa）
链 F 17–103（87 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 16–103（88 aa）
链 F 16–103（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ARG ARGININE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NY4 USP21 bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2025-03-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9R5K Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 4.20 Å
9R5S Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 3.80 Å
9R5W Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-10 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 3.80 Å
9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9T4V ALC1/CHD1L in an intermediate conformation, bound to a PARylated nucleosome 提交 2025-11-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 6.60 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 23–101（79 aa）
链 V 23–101（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 L 23–101（79 aa）
链 R 23–101（79 aa）
链 V 23–101（79 aa）
链 Z 23–101（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9W74 Cryo-EM structure of the close-packed di-hexasome (CPDH) 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 L 1–103（103 aa）
链 P 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.94 Å
9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
9XYC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q 提交 2025-08-25 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 b 1–103（103 aa）
链 f 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
链 R 1–103（103 aa）
链 X 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 354 个其他 PDB 条目、370 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_XENLA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–130 链 G； UniProt 1–130 突变：K119C RING1 and YY1-binding protein × 2 （Q8N488） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B × 2 （A0A8J0TWI5） Ubiquitin × 2 （P0CG47） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
2NZD Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.283
3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.402
3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.435
3KUY DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent 提交 2009-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：UNP residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：UNP residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 2–130（129 aa）
链 Q 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.75 Å R-free 0.259
3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.318
3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.319
3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.44 Å R-free 0.282
3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.238
3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.215
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.289
3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 C 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.41 Å R-free 0.275
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 C 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.69 Å R-free 0.282
4KHA Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT 提交 2013-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 15–103（89 aa） 片段：UNP residues 15-103
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；manual setup 1ul protein (15 mg / ml) plus 1 ul crystallization buffer (7.25% [vol/vol] PEG8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.229
4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
分辨率 3.28 Å R-free 0.245
4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa） 片段：UNP residues 2-126
链 G 2–130（129 aa） 片段：UNP residues 2-126
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
分辨率 3.18 Å R-free 0.299
4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.299
4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa）
链 G 15–121（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.296
5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.251
5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.81 Å R-free 0.241
5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.81 Å R-free 0.242
5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
分辨率 4.50 Å R-free 0.397
5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：N38C 突变：N38C MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.32 Å R-free 0.259
5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：N38C 突变：N38C MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 M 1–130（130 aa）
链 Q 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
分辨率 6.72 Å R-free 0.352
5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 K 1–130（130 aa）
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
链 W 1–130（130 aa）
链 a 1–130（130 aa）
链 e 1–130（130 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
分辨率 5.77 Å R-free 0.238
5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
分辨率 2.63 Å R-free 0.254
5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
6FQ5 Class 1 : canonical nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FQ6 Class 2 : distorted nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6FQ8 Class 3 : translocated nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 10–122（113 aa）
链 G 10–122（113 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 10–122（113 aa）
链 G 10–122（113 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 15–121（107 aa）
链 G 15–121（107 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 15–130（116 aa）
链 G 15–130（116 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K01 Crystal structure of xH2A-H2B 提交 2019-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.84 Å R-free 0.278
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6KW3 The ClassA RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.13 Å
6KW4 The ClassB RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.55 Å
6KW5 The ClassC RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 T 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.13 Å
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–130（130 aa） 片段：HISTONE H2A
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–130（130 aa） 片段：HISTONE H2A
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：G99R, A123S 突变：G99R, A123S SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
分辨率 3.50 Å
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 11–121（111 aa）
链 G 11–121（111 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.00 Å
6TEM CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM 提交 2019-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
分辨率 3.90 Å
6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 14–119（106 aa）
链 F 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 K 14–119（106 aa）
链 P 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 14–119（106 aa）
链 Z 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 e 14–119（106 aa）
链 j 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 17–119（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.43 Å
7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 F 2–130（129 aa）
链 J 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.40 Å
7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.75 Å
7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.15 Å
7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.48 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：K16C 突变：K16C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 14–118（105 aa）
链 G 14–118（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 14–118（105 aa）
链 G 14–118（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 N 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 N 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 M 1–130（130 aa）
链 Q 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric
链 c 17–119（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 t 2–130（129 aa）
链 x 2–130（129 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.36 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 R 1–130（130 aa）
链 U 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 K 1–130（130 aa）
链 R 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8VMJ H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ119-450 提交 2024-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VMN H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 A 1–130（130 aa）
链 Ae 1–130（130 aa）
链 B 1–130（130 aa）
链 C 1–130（130 aa）
链 D 1–130（130 aa）
链 E 1–130（130 aa）
链 F 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 H 1–130（130 aa）
链 I 1–130（130 aa）
链 K 1–130（130 aa）
链 L 1–130（130 aa）
链 aj 1–130（130 aa）
链 ak 1–130（130 aa）
链 al 1–130（130 aa）
链 am 1–130（130 aa）
链 an 1–130（130 aa）
链 ao 1–130（130 aa）
链 ap 1–130（130 aa）
链 aq 1–130（130 aa）
链 ar 1–130（130 aa）
链 as 1–130（130 aa）
链 at 1–130（130 aa）
链 au 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 15–119（105 aa）
链 G 15–119（105 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ARG ARGININE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 O 12–118（107 aa）
链 S 12–118（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 B 12–118（107 aa）
链 M 12–118（107 aa）
链 O 12–118（107 aa）
链 S 12–118（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å

共 226 个其他 PDB 条目、238 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6AZJ8_XENLA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A8J0TWI5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–126 链 H； UniProt 1–126 突变：K121C RING1 and YY1-binding protein × 2 （Q8N488） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Ubiquitin × 2 （P0CG47） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：K121C 突变：K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：K121C 突变：K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：K121C 突变：K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：K121C 突变：K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：K121C 突变：K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8J0TWI5_XENLA
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 12 DNA 2 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物数一致 链 K； UniProt 153–228 链 O； UniProt 153–228 突变：G76C RING1 and YY1-binding protein × 2 （Q8N488） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0TWI5） DNA (122-MER) × 1 DNA (123-MER) × 1 ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9V9S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2MBB Solution Structure of the human Polymerase iota UBM1-Ubiquitin Complex 提交 2013-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP P0CG47 residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB1-UBM1, 3 mM ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 3 mM GB1-UBM1, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2MRO Structure of the complex of ubiquitin and the UBA domain from DNA-damage-inducible 1 protein (Ddi1) 提交 2014-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Human Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Ub-1, 20 mM sodium phosphate-2, 7 % [U-99% 2H] D2O-3, 93 % H2O-4, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] UBA-5, 20 mM sodium phosphate-6, 7 % [U-99% 2H] D2O-7, 93 % H2O-8, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2MSG Solid-state NMR structure of ubiquitin 提交 2014-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–78（72 aa） 片段：UNP residuse 1-72
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 273 K；压力 ambient
NMR样品组成 20 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 30 mg [1-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 mg [2-glucose 13C,U-100% 15N] Ubiquitin, 40 % v/v MPD, 0.2 M CdCl2, 1 mg DSS, 100% H20 | 100% H20
分辨率未提供
2N13 Complex structure of MyUb (1080-1122) of human Myosin VI with K63-diUb 提交 2015-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa） 片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2Y5B Structure of USP21 in complex with linear diubiquitin-aldehyde 提交 2011-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–152（152 aa） 片段：LINEAR DIUBIQUITIN ALDEHYDE, RESIDUES 1-152
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；15% PEG8000, 0.2 M NH4SO4, pH 7.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.279
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3O65 Crystal structure of a Josephin-ubiquitin complex: Evolutionary restraints on ataxin-3 deubiquitinating activity 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；The protein complex was at 8 mg/ml in 10 mM Tris pH 7,5mm DTT. 2 microlitres drops were set up under paraffin oil. To 1.1 microlitres of precipitant (1.6 M sodium citrate pH 6.5, pH adjusted with HCl) 0.9 microlitres of protein was added, the final concentration of precipitant was therefore 0.88 M sodium citrate. For cryo crystals were passed through the 1.6 M sodium citrate pH 6.5 preciptant solution and then flash frozen in liquid nitrogen, microbatch under paraffin oil, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.224
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ3 Crystal structure of the A20 ZnF4 and ubiquitin complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5 and 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.50 Å R-free 0.226
3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 3.40 Å R-free 0.319
3OJ4 Crystal structure of the A20 ZnF4, ubiquitin and UbcH5A complex 提交 2010-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；292 K；0.1 M HEPES pH 7.1 and 1.85 M Na Malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 3.40 Å R-free 0.319
3ONS Crystal structure of Human Ubiquitin in a new crystal form 提交 2010-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–72（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；2 ul of a 10 mg/ml protein solution was mixed with 2 ul of the reservoir solution (50-56 % MPD and 8-18 % (v/v) glycerol solution in 27mM sodium citrate (pH 4.0-4.2) buffer), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.211
3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3PTF X-ray structure of the non-covalent complex between UbcH5A and Ubiquitin 提交 2010-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；Crystals of the complex were grown by hanging-drop vapor diffusion at 19 C by combining 1.5 ul of protein solution (20 mM MES pH 6.0, 150 mM NaCl and 0.5 mM TCEP) at 20 mg/ml with 1.5 ul of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.5 and 24% PEG 10,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 突变：YES ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：YES ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZLZ Lys6-linked tri-ubiquitin 提交 2013-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (V/V) PEG3350 AND 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7.4
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
3ZNH Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus OTU domain in complex with ubiquitin-propargyl. 提交 2013-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% PEG 8000, 100 MM NA CACODYLATE PH 6.5, 100 MM MG ACETATE, AND 2% N-OCTYL-BETA-D-GLUCOSIDE.
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
4UEL UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to the RPN13 DEUBAD domain 提交 2014-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM BIS-TRIS-PROPANE PH 5.8, 300 MM NABR, 21% PEG3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 2.30 Å R-free 0.234
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4UF6 UCH-L5 in complex with ubiquitin-propargyl bound to an activating fragment of INO80G 提交 2014-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；100 MM MIB PH 5.0, 250 MM AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350. 4 DEGREES CELSIUS
分辨率 3.69 Å R-free 0.269
4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
分辨率 8.30 Å R-free 0.337
4WHV E3 ubiquitin-protein ligase RNF8 in complex with Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N and Polyubiquitin-B 提交 2014-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
链 L 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；1.04 M (NH4)2HPO4
分辨率 8.30 Å R-free 0.337
4WLR Crystal Structure of mUCH37-hRPN13 CTD-hUb complex 提交 2014-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；25% PEG 3350, 220 mM MgCl2,100 mM Bis-Tris
分辨率 2.00 Å R-free 0.227
4WUR The crystal structure of the MERS-CoV papain-like protease (C111S) with human ubiquitin 提交 2014-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；291 K；22% w/v PEG 4000, 15% v/v 2-propanol, 0.1M tri-sodium citrate pH 4.8 and 10% glycerol
分辨率 3.16 Å R-free 0.252
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4WZP Ser65 phosphorylated ubiquitin, major conformation 提交 2014-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.237
4XOF Observing the overall rocking motion of a protein in a crystal - Orthorhombic Ubiquitin crystals without Zinc. 提交 2015-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0
分辨率 1.15 Å R-free 0.171
4ZFR Catalytic domain of Sst2 F403A mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M sodium citrate tribasic diehydrate, 0.1M HEPES sodium, 20% v/v 2-propanol
分辨率 1.72 Å R-free 0.237
4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
4ZFT Catalytic domain of Sst2 F403W mutant bound to ubiquitin 提交 2015-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 77–152（76 aa） 片段：unp residues 77-152
未记录 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；(0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane), 20% w/v PEG 3,350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
4ZPZ Crystal Structure of Semi-synthetic Ubiquitin with Phospho-Ser65 and Ala46Cys 提交 2015-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–73（73 aa） 片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
链 B 1–73（73 aa） 片段：ubiquitin, UNP residues 1-73
突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A46C, Phospho-Ser65 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；50 mM sodium cacodylate, 25% PEG 4000
分辨率 1.54 Å R-free 0.173
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 X 1–76（76 aa）
链 c 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 h 1–76（76 aa）
链 m 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5BNB Crystal structure of a Ube2S-ubiquitin conjugate 提交 2015-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris, 20% PEG 4000
分辨率 2.49 Å R-free 0.304
5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.260
5CAW Structure of Pediculus humanus Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2015-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76 exchanged to chemical probe 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% (v/v) PEG400, 2 M NH4SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.62 Å R-free 0.260
5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
分辨率 2.64 Å R-free 0.236
5CRA Structure of the SdeA DUB Domain 提交 2015-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa） 片段：UNP residues 1-75
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris:HCl, 3.0 M Sodium Chloride
分辨率 2.64 Å R-free 0.236
5CVM USP46~ubiquitin BEA covalent complex 提交 2015-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–59（59 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；3.6 M sodium formate
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
5CVN WDR48 (2-580):USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；292 K；0.1 M sodium chloride, 5% ethanol, 15% MPD, 0.1 M Tris pH 8.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.222
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5CVO WDR48:USP46~ubiquitin ternary complex 提交 2015-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；15% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.88 Å R-free 0.275
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0K Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；MES, sodium chloride, PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.238
5D0M Structure of UbE2D2:RNF165:Ub complex 提交 2015-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；SPG buffer, PEG 1500
分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5DFL Crystal structure of Ube2K~Ubiquitin conjugate 提交 2015-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M di-ammonium citrate pH 5.0, 20% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.235
5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–75（74 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.201
5DK8 Human ubiquitin in the P1 space group 提交 2015-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–75（74 aa） 片段：Ubiquitin, UNP residues 2-75
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；288 K；0.2M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.201
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5E6J Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe 提交 2015-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；285 K；0.1 M MES, 0.1 M lithium acetate, 17% PEG 6000
分辨率 2.85 Å R-free 0.264
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 H 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol
分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EMZ Crystal structure of K48-linked diubiquitin with F45W mutation in the proximal unit 提交 2015-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：F45W SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LiSO Tris PEG-3350
分辨率 1.66 Å R-free 0.209
5EYA TRIM25 RING domain in complex with Ubc13-Ub conjugate 提交 2015-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Li citrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.228
5GJQ Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl 提交 2016-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging
分辨率 4.35 Å
5GO7 Linear tri-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M sodium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, PH 6.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.310
5GO8 Linear tetra-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 20% PEG 3350, PH8.0
分辨率 2.21 Å R-free 0.322
5GOB Lys6-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；289 K；0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 20% PEG 3350, PH5.9
分辨率 1.15 Å R-free 0.229
5GOC Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Li2SO4, 0.1M tris 8.5, 30% PEG 4000
分辨率 1.73 Å R-free 0.235
5GOD Lys27-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate PH6.5, 20% PEG 8000
分辨率 1.15 Å R-free 0.222
5GOG Lys29-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Potassium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.330
5GOH Lys33-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% peg 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.271
5GOI Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate PH5.6, 20% 2-Propanol, 20%PEG 4000
分辨率 1.59 Å R-free 0.311
5GOJ Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M TRIS hydrochloride PH8.5, 2.0M Ammonium phosphate monobasic
分辨率 1.55 Å R-free 0.253
5GOK K11/K63-branched tri-Ubiquitin 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；0.2M MgSO4, 20% PEG 3350, 4mM CdCl2, PH6.0
分辨率 1.84 Å R-free 0.245
5H7S Structural basis of the flanking zinc-finger motifs crucial for the E3 ligase activity of the LNX1 RING domain 提交 2016-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane, pH 6.4, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 3.49 Å R-free 0.286
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 75–150（76 aa） 片段：UNP residues 75-150
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IBK Skp1-F-box in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 75–150（76 aa） 片段：UNP residues 75-150
突变：L8G, T9A, G10R, K11T, T12A, R42I, A46S, G47R, Q49L, Q62H, K63R, H68R, R72I, L73F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM Acetate pH 4.5, 12% PEG 4000, 15% glyerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5IFR Structure of the stable UBE2D3-UbDha conjugate 提交 2016-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200mM tripotassium citrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5J8P Lys27-linked diubiquitin 提交 2016-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 20% PEG 8000
分辨率 1.55 Å R-free 0.295
5JBV Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 NO3 NITRATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
分辨率 2.10 Å R-free 0.306
5JBY Lys27-linked triubiquitin 提交 2016-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (w/v) PEG 3350, 4mM CdCl2, pH 5.9, 200mM Mg(NO3)2
分辨率 1.99 Å R-free 0.308
5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–154（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.220
5JG6 APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C 提交 2016-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–154（79 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.220
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JP3 Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to ubiquitin 提交 2016-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M CHES (pH 9.5) 1.0M sodium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTJ USP7CD-CTP in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.05 M Calcium chloride, 0.1 M MES pH 6.0 and 45% PEG 200
分辨率 3.32 Å R-free 0.209
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5JTV USP7CD-UBL45 in complex with Ubiquitin 提交 2016-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M K chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5 and 35% v/v Pentaerythritol propoxylate
分辨率 3.31 Å R-free 0.269
5K9P Ser20 phosphorylated ubiquitin 提交 2016-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；45% (w/v) PEG 400, 100 mM tris-HCl
分辨率 1.55 Å R-free 0.219
5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 M 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 4.54 Å
5KHY Crystal structure of oxime-linked K6 diubiquitin 提交 2016-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–73（73 aa）
链 B 1–75（75 aa）
突变：Unnatural aminoxylysine amino acid at position 6 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：unnatural residue 76 oxime linked to chain A ZN ZINC ION × 10 ETA ETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Zinc acetate
分辨率 3.50 Å R-free 0.331
5KYC Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin (malonate bound) 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 MLA MALONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；8% tacsimate pH 4.0, 20% PEG3350
分辨率 1.43 Å R-free 0.192
5KYD Crystal structure of USP7 catalytic domain [V302K] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350
分辨率 1.62 Å R-free 0.213
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYE Crystal structure of USP7 catalytic domain [H294E] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate
分辨率 1.97 Å R-free 0.223
5KYF Crystal structure of USP7 catalytic domain [L299A] mutant in complex with ubiquitin 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.185
5L8H Structure of USP46-UbVME 提交 2016-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.96M Sodium Citrate pH7.5 and 0.1mM zinc chloride Cryo - 20% Glycerol
分辨率 1.85 Å R-free 0.194
5L8W Structure of USP12-UB-PRG/UAF1 提交 2016-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3.2% PEG4000, 0.1mM MMT pH6.5, 0.1 mM TCEP. Cryo- 30% Glycerol
分辨率 2.79 Å R-free 0.259
5L9T Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with E2 UBE2S poised for polyubiquitination where UBE2S, APC2, and APC11 are modeled into low resolution density 提交 2016-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 S 77–153（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
5LN1 STRUCTURE OF UBIQUITYLATED-RPN10 FROM YEAST; 提交 2016-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；pH 6.5；292 K；12% (W/V) PEG 20000, 0.1M MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 292K
分辨率 3.14 Å R-free 0.248
5LRV Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to Lys11-linked diubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–75（75 aa）
突变：K11X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M phosphate citrate (pH 4.2), 20% (w/v) PEG 8K, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5LRW Structure of Cezanne/OTUD7B OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 6% (w/v) PEG 6K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
5LRX Structure of A20 OTU domain bound to ubiquitin 提交 2016-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76X 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；287 K；0.1 M MES/imidazole (pH 6.5), 7% (w/v) PEG 8K, 20% ethylene glycol
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–152（77 aa）
突变：M1S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–152（77 aa）
突变：M1S SO4 SULFATE ION × 1 RIB alpha-D-ribofuranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5M93 Crystal structure of SdeA-modified ubiquitin. 提交 2016-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 76–152（77 aa）
突变：M1S RIB alpha-D-ribofuranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M sodium acetate pH 4 - 5.5, 0.2M lithium sulfate and 30% PEG 8000
分辨率 1.79 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5MNJ Structure of MDM2-MDMX-UbcH5B-ubiquitin complex 提交 2016-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.175 M Li2SO4 and 16-20 %(v/v) PEG 3350
分辨率 2.16 Å R-free 0.231
5N2W WT-Parkin and pUB complex 提交 2017-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 TMO trimethylamine oxide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
分辨率 2.68 Å R-free 0.243
5N38 S65DParkin and pUB complex 提交 2017-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100mM Tris pH 8.5, 200mM TMAO, PEG MME 2000
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NL5 Crystal structure of Zn1.7-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES pH 6.5-7.0, 70 mM Zn(CH3COO)2
分辨率 1.96 Å R-free 0.237
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ETF TRIFLUOROETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NLJ Crystal structure of Zn3-E16V human ubiquitin (hUb) mutant adduct, from a solution 70 mM zinc acetate/20% v/v TFE/1.3 mM E16V hUb 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：E16V ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22-30% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 70 mM Zn(CH3COO)2 and 20% v/v TFE.
分辨率 1.53 Å R-free 0.240
5NVG Thr12 Phosphorylated Ubiquitin 提交 2017-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；291.15 K；20% (v/v) ethanol, 20% (w/v) PEG-1000, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2
分辨率 1.07 Å R-free 0.167
5O44 Crystal structure of unbranched mixed tri-Ubiquitin chain containing K48 and K63 linkages. 提交 2017-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–74（74 aa）
链 C 1–74（74 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：Deleted for Gly 75 and Gly 76 突变：K48R 突变：K48R SO4 SULFATE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3M MgSo4 and 100mM MES monohydrate pH 6.5
分辨率 3.14 Å R-free 0.254
5O6T BIRC4 RING in complex with dimeric ubiquitin variant 提交 2017-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 75–150（76 aa）
链 D 75–150（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M NaHEPES pH 7.5, 1.4 M tri-Na citrate
分辨率 1.57 Å R-free 0.183
5OHK Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (high resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1 M sodium citrate pH 5.4, 0.2 M lithium sulfate
分辨率 2.34 Å R-free 0.261
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHL K6-specific affimer bound to K6 diUb 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–76（76 aa）
链 P 1–76（76 aa）
未记录 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；32.5%PEG 2K MME 200mM Ammonium Acetate 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.227
5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
分辨率 3.60 Å R-free 0.253
5OHN Crystal structure of USP30 in covalent complex with ubiquitin propargylamide (low resolution) 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) PAA 5100 Na, 100 mM Hepes pH 8.0, 2.5% (v/v) glycerol
分辨率 3.60 Å R-free 0.253
5OHP Crystal structure of USP30 (C77A) in complex with Lys6-linked diubiquitin 提交 2017-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.73 M sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.249
5TOF Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25 提交 2016-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1ul protein solution at 20 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.6, 2.6 M ammonium sulfate)
分辨率 1.12 Å R-free 0.175
5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
分辨率 1.08 Å R-free 0.121
5TOG Room temperature structure of ubiquitin variant u7ub25.2540 提交 2016-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 75–152（78 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1ul protein solution at 10 mg/ml (20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl), 1ul crystallization solution (0.1 M citric acid pH 4.2, 2.2 M ammonium sulfate)
分辨率 1.08 Å R-free 0.121
5TUT UbcH5a-Ub isopeptide conjugate 提交 2016-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；Hampton PEG/Ion F10
分辨率 2.60 Å R-free 0.243
5UJL Representative 1-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
链 B 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is 15N-labelled Proximal Ub is not enriched, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] K27-diubiquitin, Distal Ub is not enriched Proximal Ub is 15N-labelled, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5UJN Representative 2-conformer ensembles of K27-linked Ub2 from RDC data 提交 2017-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] distal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 150 uM [U-99% 15N] proximal K27-Ub2, 20 mM NaPhosphate, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULF Crystal Structure of a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；100 mM bis-Tris pH 5.5, 150 mM ammonium sulfate, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
5ULH Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM potassium thiocyanate, 20% PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.217
5ULK Crystal Structure of RNF165 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；200 mM ammonium nitrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.267
5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.42 Å R-free 0.175
5V1Y Crystal structure of the ternary RPN13 PRU-RPN2 (940-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；277 K；0.1 M citric acid, pH 4.6, 20% PEG6000
分辨率 1.42 Å R-free 0.175
5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5V1Z Crystal structure of the RPN13 PRU-RPN2 (932-953)-ubiquitin complex 提交 2017-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 22.5% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5VEY Solution NMR structure of histone H2A-H2B mono-ubiquitylated at H2A Lys15 in complex with RNF169 (653-708) 提交 2017-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VF0 Solution NMR structure of human RAD18 (198-240) in complex with ubiquitin 提交 2017-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 3 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM RAD18, 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RAD18, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] RAD18, 1.0 mM Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM RAD18, 0.2 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM MES-Bis-TRIS, 50 mM KCl, 10 uM ZnCl2, 5 % Alkyl-polyethylene glycol (C12E5)/n-hexanol mixture, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.294
5VNZ Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；289 K；0.05-0.3 mM sodium citrate, 100 mM bBis-Tris propane, and 17-23% PEG 3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.294
5VO0 Structure of a TRAF6-Ubc13~Ub complex 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；100-200 mM Na/K tartrate, 11-15% PEG 3350 and 100 mM bis-Tris propane pH 7.5
分辨率 3.90 Å R-free 0.299
5VZM Solution NMR structure of human Rev1 (932-1039) in complex with ubiquitin 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 20 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rev1, 3 mM Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM Rev1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 50 mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5VZW TRIM23 RING domain in complex with UbcH5-Ub 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M calcium chloride, 17% w/v PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.237
5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：S65D MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
分辨率 1.18 Å R-free 0.190
5W46 Structure of S65D Phosphomimetic Ubiquitin Refined at 1.2 Angstroms Resolution 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：S65D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；Tris pH 8.0, magnesium chloride, PEG 3350, Hepes
分辨率 1.18 Å R-free 0.190
5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
5WFI X-ray structure of MHV PLP2 (Cys1716Ser) catalytic mutant in complex with free ubiquitin 提交 2017-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 FMT FORMIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.2 M potassium formate, 20% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.197
5X3M crystal structure of p-Ub-S65-NH2 提交 2017-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25%(w/v) Polyethylene Glycol 3350
分辨率 1.82 Å R-free 0.271
5X3N Crystal structure of DiUb-K6 提交 2017-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Magnesium formate dihydrate, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 1.65 Å R-free 0.276
5X3O Crystal structure of p-DiUb-S65-COOH 提交 2017-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M Ammonium phosphate monobasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.315
5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 TB TERBIUM(III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XDP K11/48-branched teraubiquitin 提交 2017-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；289 K；0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.38 Å R-free 0.271
5XK4 Retracted state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XK5 Relaxed state of S65-phosphorylated ubiquitin 提交 2017-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] relaxed pUb, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XPK Crystal structure of ubiquitin-k6mimic 提交 2017-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium formate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.27 Å R-free 0.310
5YIJ Structure of a Legionella effector with substrates 提交 2017-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
分辨率 3.18 Å R-free 0.275
5YIK Structure of a Legionella effector with its substrate 提交 2017-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG 1000, Tris
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
5YMY The structure of the complex between Rpn13 and K48-diUb 提交 2017-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 760
NMR样品组成 0.58 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rpn13, 20 mM MES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 77–152（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane
分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5ZBU Crystal Structure of PA-TM-RING E3 ligase RNF13 RING domain in complex with E2~Ub 提交 2018-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES monohydrate, 14% PEG 4000
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
5ZD0 Solution structure of human ubiquitin with three alanine mutations in living eukaryotic cells by in-cell NMR spectroscopy 提交 2018-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：L8A,I44A,V70A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 0；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 50 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 1, 50 uM [U-100% 15N] human ubiquitin with three alanine mutations 2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–77（77 aa） 片段：UNP residues 1-77
突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6A6I Crystal structure of the winged-helix domain of Cockayne syndrome group B protein in complex with ubiquitin 提交 2018-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–77（77 aa） 片段：UNP residues 1-77
突变：M77D GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；28% PEG1000, 10% glycerol, 0.1 M tricine (pH 8.0), and 350 mM MgCl2.
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
分辨率 2.36 Å R-free 0.229
6ASR REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin 提交 2017-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa） 片段：residues 1-76
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 10 % PEG 8000
分辨率 2.36 Å R-free 0.229
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BVA Ubiquitin Variant (UbV.Fl10.1) bound to a human Skp1-Fbl10 fragment complex. 提交 2017-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, 18% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6BYH Ubiquitin Variant (UbV.Fl11.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 76–152（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M PCTP buffer pH6, 25% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.61 Å R-free 0.294
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6C16 Ubiquitin variant (UbV.Fbl10.1) bound to a human Skp1-Fbl11 fragment complex. 提交 2018-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 77–152（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M malic acid pH 4.5, 0.15 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.317
6CP2 SidC in complex with UbcH7~Ub 提交 2018-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 75–152（78 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；16% PEG 3000, 0.1 M Tris pH 9.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
6DGF Ubiquitin Variant bound to USP2 提交 2018-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 153–226（74 aa）
突变：Q2C, K6C, K11R, T12C ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES buffer pH 6, 12% (w/v) PEG3350, 0.2M sodium sulfate
分辨率 2.34 Å R-free 0.224
6EI1 Crystal structure of the covalent complex between deubiquitinase ZUFSP (ZUP1) and Ubiquitin-PA 提交 2017-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；277 K；0.2 M sodium malonate pH 5, 20 % PEG 3350
分辨率 1.73 Å R-free 0.203
6FDK Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to ubiquitin 提交 2017-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000
分辨率 1.60 Å R-free 0.203
6FGE Crystal structure of human ZUFSP/ZUP1 in complex with ubiquitin 提交 2018-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MLI MALONATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NH4 AMMONIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；4% v/v Tacsimate pH 5.0 and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350.
分辨率 1.74 Å R-free 0.209
6FTX Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome 提交 2018-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 N 1–76（76 aa）
链 O 1–76（76 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
突变：G76C GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6FYH Disulfide between ubiquitin G76C and the E3 HECT ligase Huwe1 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.8M Zn SO4 0.1M Na Acetat pH 4.0
分辨率 2.91 Å R-free 0.266
6GLC Structure of phospho-Parkin bound to phospho-ubiquitin 提交 2018-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.03 M of each sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate, ammonium sulphate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na (pH 7.5)
分辨率 1.80 Å R-free 0.205
6GZS Structure of Chlamydia trachomatis effector protein ChlaDUB1 bound to ubiquitin 提交 2018-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES (pH 6.0), 20% PEG 6000
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
6H4H Usp28 catalytic domain variant E593D in complex with UbPA 提交 2018-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–75（75 aa）
链 D 1–75（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M Citrate pH 5.0 0.8 M Ammonium Sulfate
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6HEI Structure of the catalytic domain of USP28 (insertion deleted) bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–151（75 aa）
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；22% (w/v) PEG 3350, 300 mM potassium sodium tartrate
分辨率 1.64 Å R-free 0.214
6HEK Structure of human USP28 bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–152（76 aa）
链 D 77–152（76 aa）
突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：residue 76 replaced with PA warhead 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；8% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium acetate and 100 mM sodium citrate pH 5.4
分辨率 3.03 Å R-free 0.237
6HPR Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub 提交 2018-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 75–152（78 aa）
链 D 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, ammonium acetate.
分辨率 2.47 Å R-free 0.236
6IF1 Crystal structure of Ube2K and K48-linked di-ubiquitin complex 提交 2018-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；Tris-HCl, polyethylene glycol 3350, ammonium acetate.
分辨率 2.47 Å R-free 0.236
6ISU Crystal structure of Lys27-linked di-ubiquitin in complex with its selective interacting protein UCHL3 提交 2018-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；18% PEG 3350 (w/v), 400 mM Ca(AC)2
分辨率 1.87 Å R-free 0.264
6JB6 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.7 A resolution 提交 2019-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
6JB7 Crystal structure of Ub-conjugated Ube2K C92K&K97A mutant (isopeptide linkage), 2.1 A resolution 提交 2019-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 400, magnesium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 Y 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6K9P Structure of Deubiquitinase 提交 2019-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.05 Å R-free 0.210
6LP2 Structure of Lpg2148/UBE2N-Ub complex 提交 2020-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, potassium citrate
分辨率 2.48 Å R-free 0.233
6MSB Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
链 w 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6MSD Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
链 w 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6MSE Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6MSG Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome 提交 2018-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 2.96 Å
6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 F 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.230
6OQ1 Crystal Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48C, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；bis-tris, sodium chloride, PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.230
6OQ2 NMR Structure of Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin 提交 2019-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–77（77 aa）
突变：K11R, K48R, K63R 突变：K48R 突变：M77D 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 120 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 100 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 60 uM [U-15N-distal11] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 110 uM [U-15N-distal48] Branched K11/K48-Linked Tri-Ubiquitin, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6PGV Human Josephin-2 in complex with ubiquitin 提交 2019-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M CaCl2, 22.5% (w/v) PEG 6000; microbatch under Al's Oil
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–150（74 aa）
链 B 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 77–150（74 aa）
链 D 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 77–150（74 aa）
链 F 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 77–150（74 aa）
链 H 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 77–150（74 aa）
链 J 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QK9 A dimeric ubiquitin formed by a single amino acid substitution 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 77–150（74 aa）
链 L 77–150（74 aa）
突变：G10V 突变：G10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 50% Precipitation mix 1 (40% v/v PEG 500 MME, 20 % w/v PEG 20000), 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.281
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 2 BR BROMIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6QML UCHL3 in complex with synthetic, K27-linked diubiquitin 提交 2019-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–76（76 aa）
突变：M1(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 3 BR BROMIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298.15 K；Drops set up in MRC 2 well, 96 well plate using a Mosquito crystallization robot. 100+100 nl drops. Best crystals: 21% PEG 3350 0.15M KBr 0.1M Bis-Tris pH 5.5 Crystals grow also in KCl and AmSO4 (0.2 M), or with PEG 200 MME. Crystals can be obtained at 4C as well.
分辨率 2.10 Å R-free 0.233
6UD0 Solution-state NMR structural ensemble of human Tsg101 UEV in complex with K63-linked diubiquitin 提交 2019-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–77（77 aa）
突变：K63R 突变：+D77 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM Tsg101 UEV domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 125 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, distal domain, 125 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] Tsg101 UEV domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 200 uM [U-98% 15N] K63-linked diubiquitin, distal domain, 200 uM K63-linked diubiquitin, proximal domain, 20 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
6UYI hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–77（77 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM proximal ubiquitin, 0.72 mM [U-13C] distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6UYJ hRpn13:hRpn2:K48-diubiquitin 提交 2019-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–77（77 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.11；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-13C] Rpn13, 0.6 mM Rpn2, 0.72 mM [U-13C] proximal ubiquitin, 0.72 mM distal ubiquitin, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
6XZ1 Conjugate of the HECT domain of HUWE1 with ubiquitin 提交 2020-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.65 M Sodium phosphate monobasic, potassium phosphate dibasic, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 III 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AHZ Crystal structure of Western clawed frog MDM2 RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 LLL 75–152（78 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M HEPES, 10 % w/v PEG 20000
分辨率 1.82 Å R-free 0.231
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI0 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 1) 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris, 0.075 M NaOAc, 0.1 M NaCl, 15 % w/v PEG Smear Medium
分辨率 1.56 Å R-free 0.185
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 CCC 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AI1 Crystal structure of human MDM2-G443T RING domain homodimer bound to UbcH5B-Ub (Crystal form 2) 提交 2020-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 FFF 75–152（78 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.2 M NH4NO3, 20 % w/v PEG Smear Broad
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
分辨率 3.20 Å R-free 0.234
7AY2 Crystal structure of truncated USP1-UAF1 reacted with ubiquitin-prg 提交 2020-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；8-13% w/v PEG3350, 0.1 M citric acid/Bis-Tris propane pH 4.1
分辨率 3.20 Å R-free 0.234
7CAP Cyclic Lys48-linked triubiquitin 提交 2020-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；20% PEG 3350, 200 mM zinc acetate
分辨率 1.33 Å R-free 0.174
7DNI MDA5 CARDs-MAVS CARD polyUb complex 提交 2020-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 3.20 Å
7DNJ K63-polyUb MDA5CARDs complex 提交 2020-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
7F7X Protein complex between phosphorylated ubiquitin and Ubqln2 UBA 提交 2021-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成 20 mM HEPES, 0.15 M sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7JMS Structure of the Hazara virus OTU bound to ubiquitin 提交 2020-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.3 M calcium chloride, 20% PEG 4000
分辨率 2.78 Å R-free 0.273
7LYC Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) 提交 2021-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7M2K CDC34A-Ubiquitin-2ab inhibitor complex 提交 2021-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 GZM 4-[(3',5'-dichloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]-N-ethyl-1-(methoxyacetyl)piperidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES pH 7.0 29% PEG3350 40 mM DL-Malic acid 5 mM DTT
分辨率 2.47 Å R-free 0.276
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MC9 X-RAY STRUCTURE OF PEDV PAPAIN-LIKE PROTEASE 2 bound to UB-PA 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.30M MgCl2, 0.1M Tris, and 16% PEG 4k
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7MEY Structure of yeast Ubr1 in complex with Ubc2 and monoubiquitinated N-degron 提交 2021-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–75（75 aa） 片段：K48C
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 Z3V 2-(ethylamino)ethane-1-thiol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
7MYF Ubiquitin variant UbV.k.1 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：Q31F, G21R, T23Y, A57S, K59Q, K74E, E75F, T77F, V81I, L82S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2-0.3 M ammonium citrate dibasic, 20-25% PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
7MYH Ubiquitin variant UbV.k.2 in complex with Ube2k 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
突变：K6S, L8F, T9V, K11L, T14M, K63N, E64D, T66I, H68R, L71I, G76L GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium citrate tribasic trihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, 20% PEG3350
分辨率 2.39 Å R-free 0.249
7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.219
7OJE Crystal structure of the covalent complex between Tribolium castaneum deubiquitinase ZUP and Ubiquitin-PA 提交 2021-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8 % (v/v) Tacsimate pH 7; 22 %PEG3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.219
7OJX E2 UBE2K covalently linked to donor Ub, acceptor di-Ub, and RING E3 primed for K48-linked Ub chain synthesis 提交 2021-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K48C ZN ZINC ION × 2 ME7 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；Crystals were grown in: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis Tris propane 7.5 and 20 % (w/v) PEG 3350. The crystallization drops were set as a 1:1 mixture of the protein complex solution and the precipitant solution.
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 9 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7RBR The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–77（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG-3350,
分辨率 1.88 Å R-free 0.228
7RMA Structure of the fourth UIM (Ubiquitin Interacting Motif) of ANKRD13D in complex with a high affinity UbV (Ubiquitin Variant) 提交 2021-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–79（79 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate pH 4.5 and 50% PEG 400. Crystals were cryoprotected in this buffer plus 20% ethylene glycol
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7S6O The crystal structure of Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48R 突变：Aspartic acid residue added to C terminus (D77) ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；289 K；50 mM acetate, 8.6% PEG2000 MME, 17.1% PEG400
分辨率 1.25 Å R-free 0.175
7UV5 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S/D286N mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：K48R ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium tartrate, 15% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.179
7W38 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.0_UBL 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7W39 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.1_UBL 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 u 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3A Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED4_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7W3B Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED5_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7W3C Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED0_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7W3F Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED1_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7W3G Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.0_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3H Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.1_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7W3I Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SB_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7W3J Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SC_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.50 Å
7W3K Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD4_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7W3M Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD5_USP14 提交 2021-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 y 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7XCR Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 1:1 complex 提交 2022-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
7XCT Cryo-EM structure of Dot1L and H2BK34ub-H3K79Nle nucleosome 2:1 complex 提交 2022-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
8BS9 Structure of USP36 in complex with Ubiquitin-PA 提交 2022-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AYE prop-2-en-1-amine × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.3 M potassium formate, 14% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
8C07 Structure of HECT E3 UBR5 forming K48 linked Ubiquitin chains 提交 2022-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
未记录 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–75（75 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–75（75 aa）
链 F 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8C61 Structure of USP54 in complex with Lys63-linked diUbiquitin-PA 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 1–75（75 aa）
链 I 1–76（76 aa）
链 K 1–75（75 aa）
链 L 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R ZN ZINC ION × 6 AYE prop-2-en-1-amine × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；27.2 % (v/v) PEG 400, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMQ Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.209
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8DMS Crystal structure of Legionella pneumophila macrodomain MavL in complex with ubiquitin vinyl methyl ester soaked with ADP-ribose 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.207
8EFW Structure of SdeA DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；2.8M sodium acetate: HCl pH7
分辨率 2.81 Å
8EFX Structure of OtDUB DUB Domain disulfide crosslinked with Ubiquitin 提交 2022-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.16M Magnesium chloride, 0.08M Tris at pH 8.5, 24% PEG 8000 and 20% glycerol
分辨率 1.85 Å R-free 0.229
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8EHO PRRSV-1 PLP2 domain bound to ubiquitin 提交 2022-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Mg(NO3)2
分辨率 2.85 Å R-free 0.247
8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 1.85 Å R-free 0.298
8F1F Structure of K48-linked tri-ubiquitin in complex with cyclic peptide 提交 2022-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 a 1–76（76 aa）
链 b 1–76（76 aa）
链 c 1–76（76 aa）
突变：D77 added to the C-terminus 突变：K48R EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Droplets were formed by mixing equal volumes of Ub3:Ub4a complex (8 mg/ml) and the crystallization solution containing 0.15 M NaCl, 23% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M HEPES (pH 7.5)
分辨率 1.85 Å R-free 0.298
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8GRM Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome 提交 2022-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
8H1T Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome 提交 2022-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 M 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K48C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
分辨率 1.25 Å R-free 0.219
8IC9 Lys48-linked K48C-diubiquitin 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
分辨率 1.25 Å R-free 0.219
8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350, 50 mM MgCl2
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8ITP Crystal structure of USP47 catalytic domain complex with ubiquitin 提交 2023-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350, 50 mM MgCl2
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8J1P Cryo-EM structure of Ufd4 in complex with K29/48 triUb 提交 2023-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
突变：K29C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8JRT Cryo-EM structure of human 26S proteasomal RP subcomplex (Ea state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of three Ub. 提交 2023-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.60 Å
8JTI Cryo-EM structure of human 26S RP (Eb state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
链 x 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.80 Å
8K0G Cryo-EM structure of human 26S RP (Ed state) bound to K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub. 提交 2023-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 u 77–152（76 aa）
链 v 77–152（76 aa）
链 w 77–152（76 aa）
链 x 77–152（76 aa）
突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R 突变：K63R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s
分辨率 3.80 Å
8K6F LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；PEG8000, Sodium Choride, Sodium HEPES
分辨率 3.41 Å R-free 0.243
8K6R LnaB-Actin-PRUb ternary complex in the presence of AMPPNP 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Sodium Chloride, Sodium HEPES, PEG8000
分辨率 2.76 Å R-free 0.261
8K6V LnaB-Actin-PRUb ternary complex 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；Magnesium acetate, MOPS, PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.307
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
分辨率 2.44 Å R-free 0.235
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2
分辨率 2.44 Å R-free 0.235
8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FLC CITRATE ANION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
分辨率 1.62 Å R-free 0.198
8Q00 TssM-Ub-PA complex - A USP-like DUB from B. pseudomallei (193-430) reacted with Ub-PA 提交 2023-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium citrate dibasic and 22 % w/v PEG 3350; 1:2, 1:1, 2:1 protein:reservoir ration; cryoprotected with reservoir + 25% ethylene glycol
分辨率 1.62 Å R-free 0.198
8RQI Structure of Rhizobium NopD with ubiquitin 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M imidazole 8.0 and 10% PEG8000
分辨率 1.94 Å R-free 0.199
8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 U 1–76（76 aa）
未记录 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN3 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8SN4 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN5 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8SN6 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN7 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN8 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8SN9 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8SNA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8TXV Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1) 提交 2023-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TXW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2) 提交 2023-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TXX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3) 提交 2023-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 M 18–76（59 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8W31 Crystal structure of parkin (R0RB):2pUb with activator compound 提交 2024-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：residues 1-75
链 C 1–75（75 aa） 片段：residues 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 A1AE9 (S)-1-(6-benzyl-3-(4-(1,2,3,4-tetrahydroquinoline-1-carbonyl)phenyl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-5(4H)-yl)ethan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Sodium Chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.294
8XEP Crystal structure of a Legionella pneumophila type IV effector in complex with ubiquitin 提交 2023-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM sodium acetate, pH 6.0, 160 mM ammonium sulfate, 21% PEG 4000, 20% glycerol
分辨率 2.95 Å R-free 0.228
9AVT Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M ammonium sulphate
分辨率 1.50 Å R-free 0.203
9AVW Structure of TAB2 NZF domain bound to K6 / Lys6-linked diubiquitin 提交 2024-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–152（152 aa）
链 B 1–152（152 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2.2 M ammonium sulphate, 20% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
9AZJ Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 1–76（76 aa）
链 S 1–76（76 aa）
链 Z 1–76（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 突变：G76C ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；293 K；150nl protein + 50 nl mother liquor: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.6, 24.2% PEG 500 MME, 8% PEG 20K, 0.03 M each of NaI, NaBr, and NaF. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
分辨率 3.32 Å R-free 0.285
9B0Z Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 2 提交 2024-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 C 1–152（152 aa）
链 D 1–152（152 aa）
链 G 1–152（152 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；20% PEG 2K MME, 0.2 M TAO and 0.1 M Tris pH 8.5. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
分辨率 2.41 Å R-free 0.270
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9C5E Covalent Complex Between Parkin Catalytic (Rcat) Domain and Ubiquitin 提交 2024-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 300 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 800 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 800 uM Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 300 uM Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Rcat domain from Parkin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] Ubiquitin G75-C3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9D1I Structure of Ubiquitin bound to KLHDC3-EloB/C 提交 2024-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；10%PEG5KMME, 0.1M HEPES pH=7.0, 5% Tascsimate pH=7.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.189
9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 N 1–76（76 aa）
突变：G76C ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9EBS Cryo-EM structure of USP1-UAF1-Ubiquitin in complex with TNG348 提交 2024-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 A1A4Y 3-(methanesulfonyl)propan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 A1BHF 2-(4-cyclopropyl-6-methoxypyrimidin-5-yl)-9-({4-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]phenyl}methyl)-7-(2,2,2-trifluoroethyl)-7,9-dihydro-8H-purin-8-imine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9EMK DupA from legionella covalently bound to ubiquitin-based probe 提交 2024-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A1H50 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[(1-ethyl-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000 0.1 M HEPES pH7 0.2 M MgCl2
分辨率 2.17 Å R-free 0.239
9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
分辨率 2.56 Å R-free 0.253
9F5T Ubiquitin C-terminal clippase BpJOS 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1 M CHES pH 9.5; 22 % PEG 8000; 1:2 protein reservoir drop ration; cryoprotected with reservoir + 20% Glycerol
分辨率 2.56 Å R-free 0.253
9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
9FN4 DUBS Parachlamydia sp. PcJOS 提交 2024-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Molecular Dimensions Morpheus B7, 298 K.
分辨率 2.15 Å R-free 0.201
9FPA DUBS Parachlamydia sp. PcJOS orthorhombic crystal form 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–152（152 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Midas G6. 35 % v/v glycerol ethoxylate, 0.2 M lithium citrate
分辨率 2.18 Å R-free 0.212
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9G7G Structure of the clippase PaJOS from Pigmentiphaga aceris 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–75（75 aa）
未记录 AYE prop-2-en-1-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 30 % w/v PEG4000
分辨率 1.89 Å R-free 0.231
9GKM Structure of HECT E3 TRIP12 forming K29/K48-branched Ubiquitin chains 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–76（76 aa）
突变：K48R SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.69 Å
9HNW USP1-UAF1 bound to Lys63-linked diubiquitin 提交 2024-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–75（75 aa）
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K63(DAB) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 153–228（76 aa）
链 D 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 153–228（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9ISZ Structure of Clr4 catalyzing K14-ubiquitinated histone H3 K9 methylation 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 153–228（76 aa）
突变：G76C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-20% PEG1000, 100 mM Imidazole, 200 mM CaAc2, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
9MC6 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 2 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9MC7 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 4 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9MC9 Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Transthiolation state 1 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9MCB Cryo-EM structure of Human UBA1-UBE2O-Ub -Recruitment state 1 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–76（76 aa）
链 E 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
9QUG Structure of a UBC-Ubiquitin conjugate 提交 2025-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 P4K polyethylene glycol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
分辨率 1.80 Å R-free 0.192
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 M 77–151（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 O 153–228（76 aa）
链 P 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 O 153–228（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9YL3 State 1 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
9YLE State 3 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 O 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.63 Å
9YM8 State 2 focused on PHD FYR of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 O 1–76（76 aa）
链 U 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.43 Å
9YMF State 2 focused on H3 N terminal tail of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 O 1–76（76 aa）
链 U 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.45 Å

共 278 个其他 PDB 条目、429 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 153–228 作者链 O； PDB构建体 1–76； UniProt 153–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9v9s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9v9s
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9v9s
沉积日期 deposition_date2025-06-02
结构标题 titleCryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome
关键词 keywordsnucleosome modification, transcriptional regulation, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.39 Å
零角强度 I(0) i0844830000.00
分子量 molecular_weight186000.0 kDa
排除体积 excluded_volume211430 ų
包络体积 envelope_volume330220 ų
水化壳体积 shell_volume69752 ų
包络直径 envelope_diameter121.0 Å
壳层 Rg shell_rg46.07 Å
包络 Rg envelope_rg37.41 Å
形状 Rg shape_rg38.26 Å
总 Rg total_rg39.05 Å
总原子数 total_atoms12748
残基数 n_residues1220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.9 Å
Rg (实空间) rg_real40.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal845100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8938
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.0 Å
偏度 Skewness skewness0.012
峰度 Kurtosis kurtosis-0.621
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44870000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.715
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)