8k4o

Cryo-EM structure of Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-G Protein-Coupled Receptor (KSHV-GPCR)in complex with CXC chemokine CXCL1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 147.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G protein-coupled receptor

Human gammaherpesvirus 8

UniProt Q76SF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 5–337 未记录 Growth-regulated alpha protein × 1 (P09341) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I) subunit alpha-1 × 1 (A0A6P3VR35) Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma × 1 (A0A663LQV7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q76SF8_HHV8
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–333; UniProt 5–337

Growth-regulated alpha protein

Homo sapiens

UniProt P09341

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 35–97 未记录 G protein-coupled receptor × 1 (Q76SF8) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I) subunit alpha-1 × 1 (A0A6P3VR35) Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma × 1 (A0A663LQV7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GROA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–63; UniProt 35–97

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 5–340 未记录 G protein-coupled receptor × 1 (Q76SF8) Growth-regulated alpha protein × 1 (P09341) Guanine nucleotide-binding protein G(I) subunit alpha-1 × 1 (A0A6P3VR35) Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma × 1 (A0A663LQV7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–336; UniProt 5–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt A0A6P3VR35

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 5–354 未记录 G protein-coupled receptor × 1 (Q76SF8) Growth-regulated alpha protein × 1 (P09341) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma × 1 (A0A663LQV7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6P3VR35_CLUHA
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–350; UniProt 5–354

Guanine nucleotide-binding protein subunit gamma

Homo sapiens

UniProt A0A663LQV7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 9–62 未记录 G protein-coupled receptor × 1 (Q76SF8) Growth-regulated alpha protein × 1 (P09341) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I) subunit alpha-1 × 1 (A0A6P3VR35) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A663LQV7_ATHCN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–54; UniProt 9–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8k4o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8k4o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8k4o
沉积日期 deposition_date2023-07-20
结构标题 titleCryo-EM structure of Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-G Protein-Coupled Receptor (KSHV-GPCR)in complex with CXC chemokine CXCL1
关键词 keywords;Kaposi's Sarcoma Herpesvirus GPCR, KSHV-GPCR, chemokine, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.16
零角强度 I(0) i0192088000.00
分子量 molecular_weight113260.0 kDa
排除体积 excluded_volume142300 ų
包络体积 envelope_volume198470 ų
水化壳体积 shell_volume43993 ų
包络直径 envelope_diameter154.9
壳层 Rg shell_rg41.96
包络 Rg envelope_rg41.76
形状 Rg shape_rg41.15
总 Rg total_rg41.27
总原子数 total_atoms7946
残基数 n_residues1015
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.9
Rg (实空间) rg_real41.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.61
I(0) (实空间) i0_real1.9210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal192000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7792
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.0
偏度 Skewness skewness0.684
峰度 Kurtosis kurtosis-0.077
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23860000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.595; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.705; Smooth: 0.635

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)