9avl

Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 protein in nanodiscs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor

Homo sapiens

UniProt P41180

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–903 链 R; UniProt 1–903 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 × 1 (P08754) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2 × 1 (P62879) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was blotted for 6s before plunge-frozen. 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CASR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–911; UniProt 1–903 作者链 R; PDB构建体 1–911; UniProt 1–903

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3

Homo sapiens

UniProt P08754

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 突变:S47N, G203A, E245A, A326S Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor × 2 (P41180) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2 × 1 (P62879) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was blotted for 6s before plunge-frozen. 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2

Homo sapiens

UniProt P62879

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor × 2 (P41180) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 × 1 (P08754) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was blotted for 6s before plunge-frozen. 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 10–348; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor × 2 (P41180) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 × 1 (P08754) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2 × 1 (P62879) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TCR CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 9IG 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 A1AF7 (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;The sample was blotted for 6s before plunge-frozen. 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9avl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9avl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9avl
沉积日期 deposition_date2024-03-04
结构标题 titleStructure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 protein in nanodiscs
关键词 keywordsCalcium-sensing receptor, G-protein-coupled receptor, G protein, signal transduction, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier75.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron75.89
零角强度 I(0) i0881485000.00
分子量 molecular_weight257860.0 kDa
排除体积 excluded_volume325240 ų
包络体积 envelope_volume534270 ų
水化壳体积 shell_volume62987 ų
包络直径 envelope_diameter243.9
壳层 Rg shell_rg61.44
包络 Rg envelope_rg74.15
形状 Rg shape_rg75.85
总 Rg total_rg75.76
总原子数 total_atoms18143
残基数 n_residues2245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.7
Rg (实空间) rg_real76.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.72
I(0) (实空间) i0_real8.8070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal72.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal873400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6366
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary41.5
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-1.098
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0017
最高正则化参数 α highest_alpha24640000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.334; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.274; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)