Histone H3
Xenopus laevis
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 24 DNA 2 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 2–136 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.84 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9Y4P | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.243 |
| 21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
37–136（100 aa）
链 E
37–136（100 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
37–136（100 aa）
链 E
37–136（100 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
|
分辨率 3.37 Å |
| 6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
|
分辨率 3.87 Å |
| 6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K36M 突变：K36M | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 M
2–136（135 aa）
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.61 Å |
| 6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å |
| 6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：K4M 突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5,
75 mM triammonium citrate,
10% PEG2000-MME,
Modified Microbatch under oil
|
分辨率 4.99 Å R-free 0.277 |
| 6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
突变：K4M 突变：K4M | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5,
75 mM triammonium citrate,
10% PEG2000-MME,
Modified Microbatch under oil
|
分辨率 4.99 Å R-free 0.277 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 C
39–136（98 aa）
链 H
39–136（98 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 M
39–136（98 aa）
链 R
39–136（98 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 W
39–136（98 aa）
链 b
39–136（98 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 g
39–136（98 aa）
链 l
39–136（98 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
39–135（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å |
| 6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0.
Two sample applications and blots were performed before vitrification.
|
分辨率 2.50 Å |
| 6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0.
Two sample applications and blots were performed before vitrification.
|
分辨率 3.00 Å |
| 7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
35–135（101 aa）
链 E
35–135（101 aa）
|
突变：K37M 突变：K37M | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7M1X Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z 提交 2021-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.70 Å |
| 7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.76 Å |
| 7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 7SWY 2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome 提交 2021-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7TN2 Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps 提交 2022-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.80 Å |
| 7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 G
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 G
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 6.68 Å |
| 8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å |
| 8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.93 Å |
| 8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.48 Å |
| 8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.36 Å |
| 8G57 Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase 提交 2023-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
4–135（132 aa）
链 E
4–135（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 NA
1–136（136 aa）
链 NE
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 NA
1–136（136 aa）
链 NE
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
2–25（24 aa）
片段：N-ter
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.42 Å |
| 8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.29 Å |
| 8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric |
链 X
1–136（136 aa）
链 Y
1–136（136 aa）
链 Z
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 b
1–136（136 aa）
链 c
1–136（136 aa）
链 d
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 f
1–136（136 aa）
链 g
1–136（136 aa）
链 h
1–136（136 aa）
链 i
1–136（136 aa）
链 j
1–136（136 aa）
链 k
1–136（136 aa）
链 l
1–136（136 aa）
链 m
1–136（136 aa）
链 n
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
链 p
1–136（136 aa）
链 q
1–136（136 aa）
链 r
1–136（136 aa）
链 s
1–136（136 aa）
链 t
1–136（136 aa）
链 u
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.60 Å |
| 9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.83 Å |
| 9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.30 Å |
| 9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 D
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
37–136（100 aa）
链 E
37–136（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric |
链 Q
38–135（98 aa）
链 U
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 H
38–135（98 aa）
链 Q
38–135（98 aa）
链 U
38–135（98 aa）
链 W
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.90 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.70 Å |
| 9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
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| UniProt名称 | A0A310TTQ1_XENLA |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 |
