9y4p

Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 X； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 S； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 Y； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 P； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126 作者链 T； PDB构建体 2–123； UniProt 5–126

Histone H3.2

Xenopus laevis

UniProt P84233

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 Q； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 W； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

Homo sapiens

UniProt Q9UBC3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A × 4 （Q9Y6K1） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3B_HUMAN
Isoform	Q9UBC3-7
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–580； UniProt 118–694 作者链 b； PDB构建体 1–580； UniProt 118–694 作者链 e； PDB构建体 1–580； UniProt 118–694 作者链 g； PDB构建体 1–580； UniProt 118–694

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

Homo sapiens

UniProt Q9Y6K1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 24 DNA 2	Histone H3 × 1 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 4 （P62799） Histone H2A type 1 × 4 （P06897） Histone H2B 1.1 × 4 （P02281） Histone H3.2 × 3 （P84233） DNA (321-MER) × 1 DNA (321-MER) × 1 Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B × 4 （Q9UBC3） ZINC ION × 18 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–689； UniProt 224–912 作者链 c； PDB构建体 1–689； UniProt 224–912 作者链 d； PDB构建体 1–689； UniProt 224–912 作者链 f； PDB构建体 1–689； UniProt 224–912

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y4p
沉积日期 deposition_date	2025-09-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker
关键词 keywords	DNMT3A2/DNMT3B3, DNA methylation, H3K36me2 di-nucleosome, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9y4p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9y4p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9y4p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	70.09 Å
Rg（电子密度）	69.76 Å
总 Rg	69.77 Å
原子数	91798
残基数	5089
排除体积	828370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9y4p__assembly_1__model_1`	26-meric （26）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15331.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	91798

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,X,R

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	13978.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,Y,S

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13655.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,P,T

MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,W,Q

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (321-MER)
分子量 formula_weight	99578.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TCGGCCGCCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGCAGCTGCAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (321-MER)
分子量 formula_weight	98701.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTTGCAGCTGCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGGCGGCCGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
分子量 formula_weight	65568.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,Z,e,g

DSQQGGMESPQVEADSGDGDSSEYQDGKEFGIGDLVWGKIKGFSWWPAMVVSWKATSKRQAMSGMRWVQWFGDGKFSEVSADKLVALGLFSQHFNLATFNKLVSYRKAMYHALEKARVRAGKTFPSSPGDSLEDQLKPMLEWAHGGFKPTGIEGLKPNNTQPENKTRRRTADDSATSDYCPAPKRLKTNCYNNGKDRGDEKDYDQSREQMASDVANNKSSLEDGCLSCGRKNPVSFHPLFEGGLCQTCRDRFLELFYMYDDDGYQSYCTVCCEGRELLLCSNTSCCRCFCVECLEVLVGTGTAAEAKLQEPWSCYMCLPQRCHGVLRRRKDWNVRLQAFFTSDTGLEYEAPKLYPAIPAARRRPIRVLSLFDGIATGYLVLKELGIKVGKYVASEVCEESIAVGTVKHEGNIKYVNDVRNITKKNIEEWGPFDLVIGGSPCNDLSNVNPARKGLYEGTGRLFFEFYHLLNYSRPKEGDDRPFFWMFENVVAMKVGDKRDISRFLECNPVMIDAIKVSAAHRARYFWGNLPGMNRIFGFPVHYTDVSNMGRGARQKLLGRSWSVPVIRHLFAPLKDYFACE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
分子量 formula_weight	77914.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,c,f,d

MNAVEENQGPGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGSDAGDKNATKAGDDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPVCHDSDESDTAKAVEVQNKPMIEWALGGFQPSGPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLEHPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVDLLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	176300

Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform 7 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9y4p__assembly_1__model_1

9y4p__assembly_1__model_1 | I(q)

9y4p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source