5bnv

Crystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

Homo sapiens

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 58–136 链 D; UniProt 58–136 片段:UNP residues 58-136 Histone H4 × 2 (P62805) DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0 分辨率 2.79 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H33_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–79; UniProt 58–136 作者链 D; PDB构建体 1–79; UniProt 58–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–103 链 E; UniProt 2–103 未记录 Histone H3.3 × 2 (P84243) DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0 分辨率 2.79 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 581 个其他 PDB 条目、633 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103 作者链 E; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103

DNA replication licensing factor MCM2

Homo sapiens

UniProt P49736

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 61–130 链 F; UniProt 61–130 片段:UNP residues 61-130 Histone H3.3 × 2 (P84243) Histone H4 × 2 (P62805) PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293 K;1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0 分辨率 2.79 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–70; UniProt 61–130 作者链 F; PDB构建体 1–70; UniProt 61–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5bnv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5bnv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5bnv
沉积日期 deposition_date2015-05-26
结构标题 titleCrystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer
关键词 keywordsDNA replication, MCM2 helicase, histone chaperone, H3-H4 tetramer, CHAPERONE-DNA BINDING PROTEIN complex; CHAPERONE/DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.26
零角强度 I(0) i038811500.00
分子量 molecular_weight46758.0 kDa
排除体积 excluded_volume58122 ų
包络体积 envelope_volume76374 ų
水化壳体积 shell_volume24581 ų
包络直径 envelope_diameter92.5
壳层 Rg shell_rg32.99
包络 Rg envelope_rg26.16
形状 Rg shape_rg26.23
总 Rg total_rg27.09
总原子数 total_atoms3282
残基数 n_residues418
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.1
Rg (实空间) rg_real27.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real3.8810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38810000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5856000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.969

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5bnva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnvd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnve_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5bnvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)