7w57

Cryo-EM structure of the neuromedin S-bound neuromedin U receptor 2-Gq protein complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha × 1 Neuromedin-S × 1 (Q5H8A3) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Neuromedin-U receptor 2 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Neuromedin-S

Homo sapiens

UniProt Q5H8A3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 109–141 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Neuromedin-U receptor 2 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMS_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–33; UniProt 109–141

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Neuromedin-S × 1 (Q5H8A3) scFv16 × 1 Neuromedin-U receptor 2 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–70; UniProt 2–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7w57

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7w57
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7w57
沉积日期 deposition_date2021-11-29
结构标题 titleCryo-EM structure of the neuromedin S-bound neuromedin U receptor 2-Gq protein complex
关键词 keywordsCryo-EM, GPCR, Neuromedin S, neuromedin U receptor 2, Gq, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.52
零角强度 I(0) i0251482000.00
分子量 molecular_weight130260.0 kDa
排除体积 excluded_volume163670 ų
包络体积 envelope_volume211190 ų
水化壳体积 shell_volume47890 ų
包络直径 envelope_diameter130.8
壳层 Rg shell_rg42.31
包络 Rg envelope_rg37.60
形状 Rg shape_rg37.55
总 Rg total_rg37.73
总原子数 total_atoms18242
残基数 n_residues1159
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.0
Rg (实空间) rg_real37.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78
I(0) (实空间) i0_real2.5150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal251500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9009
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.1
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.614
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha46340000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.903

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7w57B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id7w57E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7w57E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)