8jzp

Structure of mouse C5a-human C5aR1-Go complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 134.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

Homo sapiens

UniProt P21730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–350 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P06684) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment ScFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C5AR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 58–406; UniProt 2–350

Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P09471

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 4–57 链 B; UniProt 182–354 突变:G42D,E43N,A227D,G230D,I332A,V335I C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P21730) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P06684) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment ScFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAO_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 16–69; UniProt 4–57 作者链 B; PDB构建体 78–240; UniProt 182–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–340 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P21730) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) C5a anaphylatoxin × 1 (P06684) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment ScFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 12–350; UniProt 2–340

C5a anaphylatoxin

Mus musculus

UniProt P06684

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 679–755 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P21730) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment ScFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CO5_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 33–109; UniProt 679–755

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P21730) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P06684) Antibody fragment ScFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8jzp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8jzp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8jzp
沉积日期 deposition_date2023-07-06
最后修订 last_revision2025-01-15
结构标题 titleStructure of mouse C5a-human C5aR1-Go complex
关键词 keywordsGPCR, G protein, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.95
零角强度 I(0) i0228104000.00
分子量 molecular_weight122330.0 kDa
排除体积 excluded_volume152800 ų
包络体积 envelope_volume207830 ų
水化壳体积 shell_volume45012 ų
包络直径 envelope_diameter144.8
壳层 Rg shell_rg43.05
包络 Rg envelope_rg40.30
形状 Rg shape_rg39.92
总 Rg total_rg40.26
总原子数 total_atoms8622
残基数 n_residues1199
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax134.3
Rg (实空间) rg_real40.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real2.2810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.22
I(0) (倒空间) i0_reciprocal228100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8713
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.2
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.465
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26040000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.876; Smooth: 0.749

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)