9kqo

cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRE1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–60； UniProt 941–1000

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt J3QS39

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3QS39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

Histone H2A type 1-B/E

Homo sapiens

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B type 1-K

Homo sapiens

UniProt O60814

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1K_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Histone H3

Homo sapiens

UniProt A0A653DHJ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A653DHJ5_CALMS
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 K； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 L； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

Homo sapiens

UniProt Q5VTR2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 （P49459） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRE1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–60； UniProt 915–974

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A

Homo sapiens

UniProt P49459

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 （O75150） Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） Histone H2A type 1-B/E × 2 （P04908） Histone H2B type 1-K × 2 （O60814） Histone H3 × 2 （A0A653DHJ5） Histone H4 × 2 （P62805） DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 （Q5VTR2） ZINC ION × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kqo
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome
关键词 keywords	RNF20, RNF40, H2BS112GlcNAc, O-GlcNAcylation, ubiquitination, H2BK120Ub, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9kqo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9kqo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9kqo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.10 Å
Rg（电子密度）	39.91 Å
总 Rg	40.53 Å
原子数	14687
残基数	1399
排除体积	242370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9kqo__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B
分子量 formula_weight	7120.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14687

EYKARLTCPCCNTRKKDAVLTKCFHVFCFECVRGRYEARQRKCPKCNAAFGAHDFHRIYI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	14034.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-K
分子量 formula_weight	13764.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15273.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45604.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA (147-MER)
分子量 formula_weight	45145.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
分子量 formula_weight	7144.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

DYKARLTCPCCNMRKKDAVLTKCFHVFCFECVKTRYDTRQRKCPKCNAAFGANDFHRIYI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
分子量 formula_weight	17114.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MSTPARRRLMRDFKRLQEDPPAGVSGAPSENNIMVWNAVIFGPEGTPFEDGTFKLTIEFTEEYPNKPPTVRFVSKMFHPNVYADGSICLDILQNRWSPTYDVSSILTSIQSLLDEPNPNSPANSQAAQLYQENKREYEKRVSAIVEQSWR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.480 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

cryo-EM structure of RNF20/RNF40-RAD6A-Ub in complex with H2BS112GlcNAc nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-B/E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9kqo__assembly_1__model_1

9kqo__assembly_1__model_1 | I(q)

9kqo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer