Histone H3.1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 24 DNA 2 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136 链 K； UniProt 1–136 链 O； UniProt 1–136 链 S； UniProt 1–136 链 W； UniProt 1–136 | 未记录 | Histone H4 × 6 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 6 （P04908） Histone H2B type 1-K × 6 （O60814） DNA (408-mer) × 1 DNA (408-mer) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 8.00 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7V9J | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2B2T Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and phosphothreonine 3 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–19（19 aa）
片段：residues 1-19
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.266 |
| 2B2U Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and dimethylarginine 2 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–15（15 aa）
片段：residues 1-15
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.290 |
| 2B2V Crystal structure analysis of human CHD1 chromodomains 1 and 2 bound to histone H3 resi 1-15 MeK4 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–15（15 aa）
片段：residues 1-15
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.266 |
| 2B2W Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–19（19 aa）
片段：residues 1-19
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.273 |
| 2CV5 Crystal structure of human nucleosome core particle 提交 2005-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
0–135（136 aa）
链 E
0–135（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 9 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 2L75 Solution structure of CHD4-PHD2 in complex with H3K9me3 提交 2010-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–14（13 aa）
片段：UNP residues 2-14
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM CHD4-PHD2-1; 1 mM H3K9me3-2, 20 uM DSS-3; 1 mM DTT-4; 5 mM sodium chloride-5; 10 mM sodium phosphate-6; 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHD4-PHD2-7; 1.1 mM H3K9me3-8; 20 uM DSS-9; 1 mM DTT-10; 5 mM sodium chloride-11; 10 mM sodium phosphate-12; 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHD4-PHD2-13; 1.1 mM H3K9me3-14; 20 uM DSS-15; 1 mM DTT-16; 5 mM sodium chloride-17; 10 mM sodium phosphate-18; 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RI7 Crystal structure of PHD finger-linker-bromodomain Y17E mutant from human BPTF in the H3(1-9)K4ME2 bound state 提交 2007-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
2–10（9 aa）
片段：N-terminal tail residues 2-10
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；BPTF Y17E PHD finger-linker-bromodomain (16.5 mg/ml, 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 50 mM KCl) was pre-incubated with three-fold molar excess of H3(1-9)K4me2 peptide in the presence of 5 mM MgCl2 for about 30 min on ice. Drops were made by mixing 2 l each of the complex with the reservoir solution: 8.5% isopropanol, 0.085 M Hepes-Na, pH 7.5, 17% PEG 4000, 15% Glycerol. A 0.3 l of 1 M KCl was then added to the drops as additive., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.192 |
| 2UXN Structural Basis of Histone Demethylation by LSD1 Revealed by Suicide Inactivation 提交 2007-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
2–22（21 aa）
片段：HISTONE H3-DERIVED SUICIDE INHIBITOR, RESIDUES 2-22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6；PROTEIN: 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, AND 5 MM DTT RESERVOIR: 0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.272 |
| 3A1B Crystal structure of the DNMT3A ADD domain in complex with histone H3 提交 2009-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–21（20 aa）
片段：ADD(ATRX-DNMT3-DNMT3L) domain(residues 476-614), UNP residues 2-21(Histone H3.1)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 2000 monomethyl ether, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.224 |
| 3AFA The human nucleosome structure 提交 2010-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 3AYW Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H3K56Q mutation 提交 2011-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K56Q 突变：K56Q | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.273 |
| 3AZE Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H3K64Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K64Q 突变：K64Q | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.302 |
| 3AZF Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H3K79Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K79Q 突变：K79Q | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 3AZG Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H3K115Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K115Q 突变：K115Q | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.269 |
| 3AZH Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H3K122Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K122Q 突变：K122Q | CL CHLORIDE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.266 |
| 3AZI Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K31Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.289 |
| 3AZJ Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K44Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.268 |
| 3AZK Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K59Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.258 |
| 3AZL Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K77Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.259 |
| 3AZM Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K79Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.296 |
| 3AZN Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle Containing H4K91Q mutation 提交 2011-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.254 |
| 3KMT Crystal structure of vSET/SAH/H3 ternary complex 提交 2009-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；26% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.3, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.224 |
| 3KMT Crystal structure of vSET/SAH/H3 ternary complex 提交 2009-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；26% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.3, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.224 |
| 3KMT Crystal structure of vSET/SAH/H3 ternary complex 提交 2009-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；26% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.3, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.224 |
| 3KMT Crystal structure of vSET/SAH/H3 ternary complex 提交 2009-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 G
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
链 H
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；26% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.3, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.224 |
| 3KMT Crystal structure of vSET/SAH/H3 ternary complex 提交 2009-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 I
26–33（8 aa）
片段：residues 26-33
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；26% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.3, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.224 |
| 3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.218 |
| 3KQI crystal structure of PHF2 PHD domain complexed with H3K4Me3 peptide 提交 2009-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–12（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.218 |
| 3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
2–10（9 aa）
片段：Histone H3 N-terminal tail
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.241 |
| 3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 S
2–10（9 aa）
片段：Histone H3 N-terminal tail
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.241 |
| 3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 T
2–10（9 aa）
片段：Histone H3 N-terminal tail
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.241 |
| 3LQJ Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2010-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Q
2–10（9 aa）
片段：Histone H3 N-terminal tail
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 15% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.274 |
| 3LQJ Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2010-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 T
2–10（9 aa）
片段：Histone H3 N-terminal tail
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 15% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.274 |
| 3O34 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(13-32)K23ac peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
14–33（20 aa）
片段：UNP residues 14-35
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 BTN BIOTIN × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；100 mM Na-citrate (pH 5.6), 200 mM K/Na-tartrate tetrahydrate and 1.6 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.241 |
| 3O35 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(23-31)K27ac peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
24–32（9 aa）
片段：UNP residues 14 -22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；200 mM Na-acetate, 30% Polyethylene glycol 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.225 |
| 3O35 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(23-31)K27ac peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
24–32（9 aa）
片段：UNP residues 14 -22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；200 mM Na-acetate, 30% Polyethylene glycol 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.225 |
| 3O37 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(1-10)K4 peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris (pH 7.5), 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000 and 100 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 3O37 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(1-10)K4 peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris (pH 7.5), 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000 and 100 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 3O37 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(1-10)K4 peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris (pH 7.5), 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000 and 100 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 3O37 Crystal structure of TRIM24 PHD-Bromo complexed with H3(1-10)K4 peptide 提交 2010-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；50 mM Tris (pH 7.5), 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000 and 100 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.254 |
| 3U4S Histone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide substrate crosslinked to N-oxalyl-D-cysteine 提交 2011-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
8–15（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 08P N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 3U4S Histone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide substrate crosslinked to N-oxalyl-D-cysteine 提交 2011-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
8–15（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 08P N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 3U5N Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-20)K9me3K14ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–21（20 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9 and acetylated K14, UNP residues 2-21
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M ammonium tartrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 3U5N Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-20)K9me3K14ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–21（20 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9 and acetylated K14, UNP residues 2-21
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M ammonium tartrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 M
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 O
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5O Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-22)K9me3K14acK18ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
2–23（22 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14 and K18, UNP residues 2-23
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium citrate and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.280 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 J
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 L
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 M
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 N
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 O
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3U5P Crystal structure of the complex of TRIM33 PHD-Bromo and H3(1-28)K9me3K14acK18acK23ac histone peptide 提交 2011-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
2–29（28 aa）
片段：N-terminal histone H3 peptide containing trimethylated K9, acetylated K14, K18 and K23, UNP residues 2-29
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1 mM Tris pH 8.0 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 3V43 Crystal structure of MOZ 提交 2011-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Q
2–19（18 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-19
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate, 30% w/v PEG 4000, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.176 |
| 3W96 Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle lacking H2A N-terminal region 提交 2013-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.296 |
| 3W97 Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle lacking H2B N-terminal region 提交 2013-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.321 |
| 3W98 Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle lacking H3.1 N-terminal region 提交 2013-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
29–136（108 aa）
片段：UNP residues 29-136
链 E
29–136（108 aa）
片段：UNP residues 29-136
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.42 Å R-free 0.303 |
| 3W99 Crystal Structure of Human Nucleosome Core Particle lacking H4 N-terminal region 提交 2013-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；POTASSIUM CACODYLATE, POTASSIUM CHLORIDE, MANGANESE CHLORIDE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.312 |
| 3WA9 The nucleosome containing human H2A.Z.1 提交 2013-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.07 Å R-free 0.271 |
| 3WAA The nucleosome containing human H2A.Z.2 提交 2013-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.271 |
| 3WKJ The nucleosome containing human TSH2B 提交 2013-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.291 |
| 3X1S Crystal structure of the nucleosome core particle 提交 2014-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60-70mM KCL, 70-90mM MnCl2, 24% MPD, 20mM Na-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.270 |
| 3X1T Crystal structure of nucleosome core particle consisting of mouse testis specific histone variants H2aa and H2ba 提交 2014-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 22 CL CHLORIDE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60-70mM Kcl, 70-90mM MnCl2, 24% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 3X1U Crystal structure of nucleosome core particle in the presence of histone variants involved in reprogramming 提交 2014-11-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60-70 mM KCl, 70-90 mM MnCl2, 24% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.270 |
| 3X1V Crystal structure of nucleosome core particle in the presence of histone variant involved in reprogramming 提交 2014-11-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 19 CL CHLORIDE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60-70 mM KCl, 70-90 mM MnCl2, Na-cocodylate, 24% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.92 Å R-free 0.259 |
| 3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–9（8 aa）
片段：RESIDUES 2-9
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.227 |
| 3ZVY PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail 提交 2011-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–9（8 aa）
片段：RESIDUES 2-9
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.227 |
| 4BD3 Phf19 links methylated lysine 36 of histone H3 to regulation of Polycomb activity 提交 2012-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
32–42（11 aa）
片段：H3(31-41)K36ME3, RESIDUES 32-42
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1.0
NMR样品组成
90% WATER/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4C1Q Crystal structure of the PRDM9 SET domain in complex with H3K4me2 and AdoHcy. 提交 2013-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–11（10 aa）
片段：N-TERMINUS, RESIDUES 2-11
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；278 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 AND 25% W/V PEG3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.252 |
| 4F4U The bicyclic intermediate structure provides insights into the desuccinylation mechanism of SIRT5 提交 2012-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
5–16（12 aa）
片段：UNP residue 5-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；16% PEG 4000, 6% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.261 |
| 4F4U The bicyclic intermediate structure provides insights into the desuccinylation mechanism of SIRT5 提交 2012-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
5–16（12 aa）
片段：UNP residue 5-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；16% PEG 4000, 6% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.261 |
| 4F56 The bicyclic intermediate structure provides insights into the desuccinylation mechanism of SIRT5 提交 2012-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
5–16（12 aa）
片段：UNP residue 5-16
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CGK 3-[(2R,3aR,5R,6R,6aR)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-2,6-dihydroxytetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]propanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 10000, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.233 |
| 4F56 The bicyclic intermediate structure provides insights into the desuccinylation mechanism of SIRT5 提交 2012-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
5–16（12 aa）
片段：UNP residue 5-16
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CGK 3-[(2R,3aR,5R,6R,6aR)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-2,6-dihydroxytetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]propanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 10000, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.233 |
| 4FT2 crystal structure of Zea mays ZMET2 in complex H3(1-15)K9me2 peptide and SAH 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
16–30（15 aa）
片段：histone H3 peptide, UNP residues 16-30
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, and 10% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.277 |
| 4FT4 crystal structure of Zea mays ZMET2 in complex H3(1-32)K9me2 peptide and SAH 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Q
33–64（32 aa）
片段：histone H3 peptide, UNP residues 33-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M sodium citrate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.5 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 4FT4 crystal structure of Zea mays ZMET2 in complex H3(1-32)K9me2 peptide and SAH 提交 2012-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 P
33–64（32 aa）
片段：histone H3 peptide, UNP residues 33-64
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M sodium citrate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.5 and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 4FWF Complex structure of LSD2/AOF1/KDM1b with H3K4 mimic 提交 2012-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
2–21（20 aa）
片段：UNP residues 2-21
|
突变：K4M | ZN ZINC ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；21% PEG3350, 200mM diammonium citrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.237 |
| 4LK9 Crystal Structure of MOZ double PHD finger histone H3 tail complex 提交 2013-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–22（21 aa）
片段：unp residues 2-22
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；283 K；100 mM Na-Hepes, 1.4 M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.186 |
| 4LKA Crystal Structure of MOZ double PHD finger histone H3K9ac complex 提交 2013-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–22（21 aa）
片段：unp residues 2-22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；283 K；100 mM Na-Hepes, 1.4 M sodium citrate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 283K
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.185 |
| 4LLB Crystal Structure of MOZ double PHD finger histone H3K14ac complex 提交 2013-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–22（21 aa）
片段：unp residues 2-22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；283 K；100 mM Tris-Cl, 200 mM Li2SO4, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 4LLB Crystal Structure of MOZ double PHD finger histone H3K14ac complex 提交 2013-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–22（21 aa）
片段：unp residues 2-22
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；283 K；100 mM Tris-Cl, 200 mM Li2SO4, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 4N4H Crystal structure of the Bromo-PWWP of the mouse zinc finger MYND-type containing 11 isoform alpha in complex with histone H3.1K36me3 提交 2013-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
22–43（22 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；25% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.263 |
| 4UP0 Ternary crystal structure of the Pygo2 PHD finger in complex with the B9L HD1 domain and a H3K4me2 peptide 提交 2014-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–16（15 aa）
片段：RESIDUES 2-16
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS PH 7, 0.2 M NACL
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.166 |
| 4YM5 Crystal structure of the human nucleosome containing 6-4PP (inside) 提交 2015-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.289 |
| 4YM6 Crystal structure of the human nucleosome containing 6-4PP (outside) 提交 2015-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.287 |
| 4Z0R Crystal Structure of the CW domain of ZCWPW2 mutant F78R in complex with histone H3 peptide 提交 2015-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
片段：N-terminal tail (UNP residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2 M ammonium sulfate, 2% PEG400, 0.1 M HEPES sodium
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.192 |
| 4Z2M Crystal structure of human SPT16 Mid-AID/H3-H4 tetramer FACT Histone complex 提交 2015-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 G
35–136（102 aa）
片段：UNP residues 35-136
链 I
35–136（102 aa）
片段：UNP residues 35-136
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；10% PEG400, 0.9-1.1 M Imidazole, 100-150 mM L-histidine
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.246 |
| 5AV5 human nucleosome core particle 提交 2015-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.233 |
| 5AV6 human nucleosome core particle 提交 2015-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.229 |
| 5AV8 human nucleosome core particle 提交 2015-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.233 |
| 5AV9 human nucleosome core particle 提交 2015-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 5AVB human nucleosome core particle 提交 2015-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 5AVC human nucleosome core particle 提交 2015-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.238 |
| 5B24 The crystal structure of the nucleosome containing cyclobutane pyrimidine dimer 提交 2015-12-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.249 |
| 5B2I Human nucleosome containing CpG unmethylated DNA 提交 2016-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.257 |
| 5B2J Human nucleosome containing CpG methylated DNA 提交 2016-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, manganese(II) chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |
| 5B31 The crystal structure of the heterotypic H2AZ/H2A nucleosome with H3.1. 提交 2016-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.271 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 J
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 N
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 R
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5C3I Crystal structure of the quaternary complex of histone H3-H4 heterodimer with chaperone ASF1 and the replicative helicase subunit MCM2 提交 2015-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 V
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% PEG 3350, 2% Tacsimate,0.1 M Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.253 |
| 5CPI Nucleosome containing unmethylated Sat2R DNA 提交 2015-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.295 |
| 5CPJ Nucleosome containing methylated Sat2R DNA 提交 2015-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.295 |
| 5CPK Nucleosome containing methylated Sat2L DNA 提交 2015-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.284 |
| 5GSE Crystal structure of unusual nucleosome 提交 2016-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；potassium bromide, potassium thiocyanate, Tris-HCl, PGA-LM, PEG 400
|
分辨率 3.14 Å R-free 0.255 |
| 5GSU Crystal structure of nucleosome core particle consisting of human testis-specific histone variants, Th2A and Th2B 提交 2016-08-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 15 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20mM Pottasium Cacodylate pH 6.0, 60-70mM KCl, 70-90mM MnCl2
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.257 |
| 5GT0 Crystal structure of nucleosome complex with human testis-specific histone variants, Th2a 提交 2016-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；60-70mM KCl, 70-90mM MnCl2, 24% MPD
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.280 |
| 5GT3 Crystal structure of nucleosome particle in the presence of human testis-specific histone variant, hTh2b 提交 2016-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 12 CL CHLORIDE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；60-70mM KCl, 70-90mM MnCl2, 24% MPD
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.258 |
| 5GTC Crystal structure of complex between DMAP-SH conjugated with a Kaposi's sarcoma herpesvirus LANA peptide (5-15) and nucleosome core particle 提交 2016-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.267 |
| 5HJB AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K9 提交 2016-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
4–11（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 3% MPD
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 5HJC BRD3 second bromodomain in complex with histone H3 acetylation at K18 提交 2016-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
16–24（9 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30%(w/v) polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 0.1 M guanidine hydrochloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.269 |
| 5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 B
15–21（7 aa）
链 D
15–21（7 aa）
链 F
15–21（7 aa）
链 L
15–21（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CU COPPER (II) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.273 |
| 5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 H
15–21（7 aa）
链 I
15–21（7 aa）
链 J
15–21（7 aa）
链 M
15–21（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.273 |
| 5IQL Crystal structure of YEATS2 YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2016-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
25–32（8 aa）
片段：H3 peptide (UNP RESIDUES 25-32)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris propane, 4.0 M NH4Ac, pH 7.0
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.253 |
| 5J9S ENL YEATS in complex with histone H3 acetylation at K27 提交 2016-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
16–40（25 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M K/Na Tartrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 2M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.210 |
| 5JRG Crystal structure of the nucleosome containing the DNA with tetrahydrofuran (THF) 提交 2016-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 15 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.245 |
| 5KKL Structure of ctPRC2 in complex with H3K27me3 and H3K27M 提交 2016-06-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
23–31（9 aa）
|
突变：K2027M | ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG4000, 175mM ammonium citrate, pH 7.0
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.234 |
| 5T1G chromo shadow domain of CBX1 in complex with a histone peptide 提交 2016-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
39–53（15 aa）
片段：unp residues 39-53
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 5T1I CBX3 chromo shadow domain in complex with histone H3 peptide 提交 2016-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
39–53（15 aa）
片段：unp residues 39-53
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5% Ethylene Glycol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.239 |
| 5T8R Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer 提交 2016-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2.2 M Na/K phosphate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 5T8R Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer 提交 2016-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2.2 M Na/K phosphate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 5T8R Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer 提交 2016-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2.2 M Na/K phosphate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 5T8R Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer 提交 2016-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 E
2–11（10 aa）
片段：UNP residues 2-11
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；2.2 M Na/K phosphate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.235 |
| 5TBN Solution NMR structure of PHF20 PHD domain in complex with a histone H3K4me2 peptide 提交 2016-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–12（11 aa）
片段：residues 2-12
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate；压力 101325
NMR样品组成
1.5 mM [U-15N] PHF20 PHD domain, 6.0 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.5 mM [U-13C; U-15N] PHF20 PHD domain, 6.0 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
2 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5VA6 CRYSTAL STRUCTURE OF ATXR5 IN COMPLEX WITH HISTONE H3.1 MONO-METHYLATED ON R26 提交 2017-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
20–37（18 aa）
片段：residues 20-37
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.297 |
| 5VA6 CRYSTAL STRUCTURE OF ATXR5 IN COMPLEX WITH HISTONE H3.1 MONO-METHYLATED ON R26 提交 2017-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
20–37（18 aa）
片段：residues 20-37
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.297 |
| 5WFC Humanized mutant of the Chaetomium thermophilum Polycomb Repressive Complex 2 bound to the inhibitor GSK343 提交 2017-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
23–33（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 A97 N-[(6-methyl-2-oxo-4-propyl-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-6-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-4-yl]-1-(propan-2-yl)-1H-indazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100 mM sodium malonate pH 7.0, 16% PEG 3350, 43 mM 3-cyclohexyl-1-propylphosphocholine
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.203 |
| 5WVO Crystal structure of DNMT1 RFTS domain in complex with K18/K23 mono-ubiquitylated histone H3 提交 2016-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
2–37（36 aa）
片段：UNP residues 2-37
|
突变：K18C,K23C | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；100mM Bis-Tris (pH 6.0), 200mM lithium sulfate monohydrate, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 5XF3 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having a 1,2-diphenylethylenediamine linker (R,R-configuration) 提交 2017-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 RRK (1R,2R)-1,2-diphenylethane-1,2-diamine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；35-55 mM MnCl2, 25-49 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.270 |
| 5XF4 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having a 1,2-diphenylethylenediamine linker (S,S-configuration) 提交 2017-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 SSK (1S,2S)-1,2-diphenylethane-1,2-diamine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；35-55 mM MnCl2, 25-49 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.266 |
| 5XF5 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having a 1,2-diphenylethylenediamine linker (R,S-configuration) 提交 2017-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 RSK (1S,2R)-1,2-diphenylethane-1,2-diamine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；35-55mM MnCl2, 25-49mM KCl, 20mM K-Cacodylate pH 6.0
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.264 |
| 5XFR Ternary complex of MTF2, DNA and histone 提交 2017-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 C
34–41（8 aa）
链 D
34–41（8 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate-pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG monomethyl ether 5000, 10% glycerol
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.231 |
| 5Y0C Crystal Structure of the human nucleosome at 2.09 angstrom resolution 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 10 CL CHLORIDE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.249 |
| 5Y0D Crystal Structure of the human nucleosome containing the H2B E76K mutant 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.252 |
| 5Z23 Crystal structure of the nucleosome containing a chimeric histone H3/CENP-A CATD 提交 2017-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–75（75 aa）
链 A
114–136（23 aa）
链 E
1–75（75 aa）
链 E
114–136（23 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.261 |
| 5Z30 The crystal structure of the nucleosome containing a cancer-associated histone H2A.Z R80C mutant 提交 2018-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.243 |
| 5ZBX The crystal structure of the nucleosome containing histone H3.1 CATD(V76Q, K77D) 提交 2018-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–75（75 aa）
链 A
114–136（23 aa）
链 E
1–75（75 aa）
链 E
114–136（23 aa）
|
突变：V76Q, K77D 突变：V76Q, K77D 突变：V76Q, K77D 突变：V76Q, K77D | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.249 |
| 6BHD Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide 提交 2017-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
5–20（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 35 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, 5% glycerol
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.183 |
| 6BHE Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide 提交 2017-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
5–20（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 36 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, 5% glycerol
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.172 |
| 6BHG Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide 提交 2017-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
5–20（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 40 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；20% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-Tris
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.176 |
| 6BHH Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide 提交 2017-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
5–20（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 26 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 6BHI Crystal structure of SETDB1 with a modified H3 peptide 提交 2017-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
5–20（16 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 35 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.187 |
| 6D07 Crystal structure of the complex between human chromobox homolog 1 (CBX1) and H3K9me3 peptide 提交 2018-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3K9(me)3 peptide (UNP residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 30% w/v PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.257 |
| 6D07 Crystal structure of the complex between human chromobox homolog 1 (CBX1) and H3K9me3 peptide 提交 2018-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
片段：H3K9(me)3 peptide (UNP residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0, 30% w/v PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.257 |
| 6D08 Crystal structure of an engineered bump-hole complex of mutant human chromobox homolog 1 (CBX1) with H3K9bn peptide 提交 2018-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–16（15 aa）
片段：H3K9bn peptide (UNP residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M citrate, pH 5.0, 3 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 6D08 Crystal structure of an engineered bump-hole complex of mutant human chromobox homolog 1 (CBX1) with H3K9bn peptide 提交 2018-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–16（15 aa）
片段：H3K9bn peptide (UNP residues 2-16)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M citrate, pH 5.0, 3 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.252 |
| 6HKT Structure of an H1-bound 6-nucleosome array 提交 2018-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：50-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 U
1–136（136 aa）
链 Y
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 k
1–136（136 aa）
链 o
1–136（136 aa）
链 u
1–136（136 aa）
链 y
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293.15 K；15% MPD, 0.1 M NaCl and 0.1 M Tris pH 8.8
|
分辨率 9.70 Å R-free 0.286 |
| 6HTS Cryo-EM structure of the human INO80 complex bound to nucleosome 提交 2018-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 M
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6IPU Human nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2018-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.263 |
| 6IQ4 Nucleosome core particle cross-linked with a hetero-binuclear molecule possessing RAPTA and gold(I) 4-(diphenylphosphino)benzoic acid groups. 提交 2018-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 1 XIS 4-diphenylphosphanylbenzoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 D0X [Ru(eta(6)-p-cymene)Cl-2(pta) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.257 |
| 6JOU Crystal structure of the human nucleosome containing H2A.Z.1 S42R 提交 2019-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.250 |
| 6JR0 Crystal structure of the human nucleosome phased with 12 selenium atoms 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.253 |
| 6JR1 Crystal structure of the human nucleosome phased with 16 selenium atoms 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.243 |
| 6JXD Human nucleosome core particle with cohesive end DNA termini 提交 2019-04-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 17 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.292 |
| 6K1I Human nucleosome core particle with gammaH2A.X variant 提交 2019-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 23 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.277 |
| 6K1J Human nucleosome core particle with H2A.X variant 提交 2019-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Potassium Chloride, Manganese Chloride, Potassium Cacodylate
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.319 |
| 6K1K Human nucleosome core particle with H2A.X S139E variant 提交 2019-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 33 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 6KE9 The Human Telomeric Nucleosome Displays Distinct Structural and Dynamic Properties 提交 2019-07-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
41–136（96 aa）
链 E
41–136（96 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Manganase chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, MPD and trehalose
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.230 |
| 6KVD Crystal structure of human nucleosome containing H2A.J 提交 2019-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 13 CL CHLORIDE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.257 |
| 6L49 H3-CA-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA 提交 2019-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 18.90 Å |
| 6L4A H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA 提交 2019-10-16 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.30 Å |
| 6L9H The Human Telomeric Nucleosome Displays Distinct Structural and Dynamic Properties 提交 2019-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
41–136（96 aa）
链 E
41–136（96 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Manganase chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, MPD and trehalose
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.278 |
| 6L9Z 338 bp di-nucleosome assembled with linker histone H1.X 提交 2019-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 CA CALCIUM ION × 65 K POTASSIUM ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Calcium chloride, Potassium chloride, Potassium Cacodylate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.256 |
| 6LA2 343 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0 提交 2019-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：38-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 U
1–136（136 aa）
链 Y
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 i
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, Potassium chloride, Sodium acetate
|
分辨率 3.89 Å R-free 0.267 |
| 6LA8 349 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0 提交 2019-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 23 K POTASSIUM ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, potassium chloride, sodium acetate (cryo-25% MPD)
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.265 |
| 6LA9 349 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0 (high cryoprotectant) 提交 2019-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 40 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, potassium chloride, sodium acetate
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.266 |
| 6LAB 169 bp nucleosome, harboring cohesive DNA termini, assembled with linker histone H1.0 提交 2019-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 20 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, potassium chloride, sodium acetate
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 6LE9 The Human Telomeric Nucleosome Displays Distinct Structural and Dynamic Properties 提交 2019-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
41–136（96 aa）
链 E
41–136（96 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Manganase chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, MPD and trehalose
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 6LER 169 bp nucleosome harboring non-identical cohesive DNA termini. 提交 2019-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, potassium chloride, sodium acetate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 6LER 169 bp nucleosome harboring non-identical cohesive DNA termini. 提交 2019-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；Calcium chloride, potassium chloride, sodium acetate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.261 |
| 6M3V 355 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini 提交 2020-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；Calcium chloride, Potassium chloride, Potassium Cacodylate, Poly glutamic acid
|
分辨率 4.60 Å R-free 0.261 |
| 6M44 355 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini (high cryoprotectant) 提交 2020-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；Calcium chloride, Potassium chloride, Potassium Cacodylate, Poly glutamic acid
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.286 |
| 6M4D Structural mechanism of nucleosome dynamics governed by human histone variants H2A.B and H2A.Z.2.2 提交 2020-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6M4G Structural mechanism of nucleosome dynamics governed by human histone variants H2A.B and H2A.Z.2.2 提交 2020-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6M4H Structural mechanism of nucleosome dynamics governed by human histone variants H2A.B and H2A.Z.2.2 提交 2020-03-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6R8Y Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6R8Z Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6R90 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6R91 Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6R92 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6R93 Cryo-EM structure of NCP-6-4PP 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6R94 Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3) 提交 2019-04-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6T90 OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2019-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–134（134 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 9 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 6T93 Nucleosome with OCT4-SOX2 motif at SHL-6 提交 2019-10-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 6UPK Structure of FACT_subnucleosome complex 1 提交 2019-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6UPL Structure of FACT_subnucleosome complex 2 提交 2019-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.40 Å |
| 6USJ Structure of two nucleosomes bridged by human PARP2 提交 2019-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Buffer was pH-adjusted and filtered through a 0.22 um filter.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 2s, blot force 0
|
分辨率 10.50 Å |
| 6V2K The nucleosome structure after H2A-H2B exchange 提交 2019-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.248 |
| 6V41 crystal structure of CDY1 chromodomain bound to H3K9me3 提交 2019-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 QQQ
2–16（15 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 20 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1.4 M sodium citrate, 0.1 M HEPES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.215 |
| 6V92 RSC-NCP 提交 2019-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：35-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
32–43（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
32–43（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
32–43（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
32–43（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–7（6 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.243 |
| 6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–7（6 aa）
片段：fusion protein
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.243 |
| 6YIH Structure of Chromosomal Passenger Complex (CPC) bound to phosphorylated Histone 3 peptide at 2.6 A. 提交 2020-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；20 % (w/v) PEG 4,000, 100 mM HEPES pH 7.0, 150 mM ammonium sulphate
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.259 |
| 6YOV OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 提交 2020-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–134（134 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7BWD Structure of Dot1L-H2BK34ub Nucleosome Complex 提交 2020-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.32 Å |
| 7C0M Human cGAS-nucleosome complex 提交 2020-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7CCQ Structure of the 1:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7CCR Structure of the 2:2 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
链 L
39–136（98 aa）
链 P
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 7COW 353 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini with linker histone H1.0 提交 2020-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 K POTASSIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291.15 K；potassium acetate, calcium chloride, potassium chloride
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.297 |
| 7D1Z Cryo-EM structure of SET8-nucleosome complex 提交 2020-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 7DBP Linker histone defines structure and self-association behaviour of the 177 bp human chromosome 提交 2020-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7E8D NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7K5X Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.0 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 7K5Y Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.4 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7K60 Cryo-EM structure of a chromatosome containing human linker histone H1.10 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 7K61 Cryo-EM structure of 197bp nucleosome aided by scFv 提交 2020-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 7K63 Cryo-EM structure of a chromatosome containing chimeric linker histone gH1.10-ncH1.4 提交 2020-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 7KLR Solution structure of the PHD1 domain of histone demethylase KDM5A in complex with a histone H3(1-10) peptide 提交 2020-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–11（10 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
900 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 4000 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
550 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 800 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
1250 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 400 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7LBK Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me3 peptide 提交 2021-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–13（12 aa）
链 D
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；The crystal was obtained by mixing 1 uL of protein at 10 mg/mL with 1 uL of mother liquor composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 14% PEG 3350.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 7LBO Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me1 peptide 提交 2021-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–13（12 aa）
链 F
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10 mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 7LBP Crystal structure of human Survivin bound to histone H3T3phK4ac peptide 提交 2021-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
2–13（12 aa）
链 D
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1 uL of protein at 10mg/mL was mixed with 1 uL of buffer composed of 0.16 M potassium/sodium tartrate, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.247 |
| 7LBQ Crystal structure of human Survivin bound to histone H3 T3phK4me2 peptide 提交 2021-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；1 uL of protein was mixed with 1uL of buffer composed of 2.25 mM spermine, 9 mM MgCl2, 0.9 mM spermidine, 1.8 mM cobalt (III)hexamine chloride, 0.05 sodium cacodylate pH 7.0, 5% PEG 400
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.268 |
| 7LYA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle with linked histone proteins H2A and H2B 提交 2021-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 7LYB Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c 提交 2021-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 7LYC Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) 提交 2021-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 7MJU Crystal structure of human AF10 PZP bound to histone H3 tail 提交 2021-04-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–14（13 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.09 M Tris, 22.5% PEG 3350, and 10 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.206 |
| 7NL0 Cryo-EM structure of the Lin28B nucleosome core particle 提交 2021-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7SCY Nuc147 bound to single BRCT 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7SCZ Nuc147 bound to multiple BRCTs 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7U0G structure of LIN28b nucleosome bound 3 OCT4 提交 2022-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7U0I Structure of LIN28b nucleosome bound 2 OCT4 提交 2022-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7U0J Structure of 162bp LIN28b nucleosome 提交 2022-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7V6Q Crystal structure of sNASP-ASF1A-H3.1-H4 complex 提交 2021-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–136（136 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；18% (v/v) Tacsimate, pH 5.0
11% (v/v) PEG2000MME
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.203 |
| 7V6Q Crystal structure of sNASP-ASF1A-H3.1-H4 complex 提交 2021-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–136（136 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；18% (v/v) Tacsimate, pH 5.0
11% (v/v) PEG2000MME
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.203 |
| 7V90 Telomeric mononucleosome 提交 2021-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7V96 Telomeric Dinucleosome 提交 2021-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 7V9C Telomeric Dinucleosome in open state 提交 2021-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7V9K Telomeric tetranucleosome 提交 2021-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.10 Å |
| 7V9S Telomeric trinucleosome in open state 提交 2021-08-26 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.00 Å |
| 7VA4 Telomeric tetranucleosome in open state 提交 2021-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 14.00 Å |
| 7VZ4 Cryo-EM structure of human nucleosome core particle composed of the Widom 601L DNA sequence 提交 2021-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 1.89 Å |
| 7W9V Cryo-EM structure of nucleosome in complex with p300 acetyltransferase catalytic core (complex I) 提交 2021-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.95 Å |
| 7X57 Cryo-EM structure of human subnucleosome (closed form) 提交 2022-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 C
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 G
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 7X58 Cryo-EM structure of human subnucleosome (open form) 提交 2022-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 C
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 G
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 7XVL Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169an DNA fragment) 提交 2022-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 U
1–136（136 aa）
链 Y
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.280 |
| 7XVL Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169an DNA fragment) 提交 2022-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 i
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.280 |
| 7XVM Crystal Structure of Nucleosome-H5 Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2022-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 18 CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.259 |
| 7XX5 Crystal Structure of Nucleosome-H1.3 Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2022-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 13 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.259 |
| 7XX6 Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2022-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 21 K POTASSIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.296 |
| 7XX6 Crystal Structure of Nucleosome-H1.0 Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2022-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric |
链 U
1–136（136 aa）
链 Y
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 i
1–136（136 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 26 K POTASSIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45mM CaCl2, 25mM KCl, 10mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 3.39 Å R-free 0.296 |
| 7XZX Cryo-EM structure of the nucleosome in complex with p53 DNA-binding domain 提交 2022-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.53 Å |
| 7XZY Cryo-EM structure of the nucleosome containing 193 base-pair DNA with a p53 target sequence 提交 2022-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 7XZZ Cryo-EM structure of the nucleosome in complex with p53 提交 2022-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7Y00 Cryo-EM structure of the nucleosome containing 169 base-pair DNA with a p53 target sequence 提交 2022-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 7Y5U Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 D
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7Y5V Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1LC-H3-H4 complex 提交 2022-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 D
1–136（136 aa）
链 I
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 7Y5W Cryo-EM structure of the left-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 C
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7Y60 Cryo-EM structure of human CAF1LC bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 C
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7Y61 Cryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome 提交 2022-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 C
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 7Y7I chicken KNL2 in complex with the CENP-A nucleosome 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–64（64 aa）
链 E
1–64（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 7YOZ Cryo-EM structure of human subnucleosome (intermediate form) 提交 2022-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 C
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 G
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7YQK cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1 提交 2022-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
37–136（100 aa）
链 E
37–136（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7ZI4 Cryo-EM structure of the human INO80 complex bound to a WT nucleosome 提交 2022-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 I
1–136（136 aa）
链 M
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4uL of sample applied to Quantifoil R2/2 Cu 300 mesh grids. blot parameters were wait time 30 sec, blot time 0.5 sec, blot force -8
|
分辨率 3.20 Å |
| 8DK5 Structure of 187bp LIN28b nucleosome with site 0 mutation 提交 2022-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 8EVG 162bp CX3CR1 nucleosome (further classified with better nucleosome end) 提交 2022-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8EVH CX3CR1 nucleosome and wild type PU.1 complex 提交 2022-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8EVI CX3CR1 nucleosome and PU.1 complex containing disulfide bond mutations 提交 2022-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8EVJ CX3CR1 nucleosome bound PU.1 and C/EBPa 提交 2022-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8GE0 Crystal structure of JADE1 PZP domain in complex with Histone H3 提交 2023-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–14（13 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 8GE0 Crystal structure of JADE1 PZP domain in complex with Histone H3 提交 2023-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–14（13 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 8GE0 Crystal structure of JADE1 PZP domain in complex with Histone H3 提交 2023-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
2–14（13 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 8GUI Bre1-nucleosome complex (Model I) 提交 2022-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8GUJ Bre1-nucleosome complex (Model II) 提交 2022-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8GUK Human nucleosome core particle (free form) 提交 2022-09-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 8H0V RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type I) 提交 2022-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8H0W RNA polymerase II transcribing a chromatosome (type II) 提交 2022-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8H1T Cryo-EM structure of BAP1-ASXL1 bound to chromatosome 提交 2022-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8HAG Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 1 (3.2 angstrom resolution) 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8HAH Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2 (3.9 angstrom resolution) 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8HAI Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 1 (4.7 angstrom resolution) 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 8HAJ Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2 (4.8 angstrom resolution) 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 8HAK Cryo-EM structure of the p300 catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 4 (4.5 angstrom resolution) 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8HAL Cryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 1 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8HAM Cryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 2 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8HAN Cryo-EM structure of the CBP catalytic core bound to the H4K12acK16ac nucleosome, class 3 提交 2022-10-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8IEG Bre1(mRBD-RING)/Rad6-Ub/nucleosome complex 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 E
38–135（98 aa）
链 K
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 8IEJ RNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex 提交 2023-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 E
38–135（98 aa）
链 K
38–135（98 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8IHL Overlapping tri-nucleosome 提交 2023-02-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
链 U
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.64 Å |
| 8IIY Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K14ac peptide 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
2–20（19 aa）
链 C
2–20（19 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.247 |
| 8IIZ Crystal structure of MBP fused GAS41 YEATS domain in complex with H3K27ac peptide 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
2–33（32 aa）
链 C
2–33（32 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris buffer (pH 8.5) containing 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 200 mM trimethylamine N-oxide
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.301 |
| 8IJ0 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with H3K9ac peptide 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–12（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Na-HEPES buffer (pH 7.5) containing 5% (w/v) PEG 400 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.189 |
| 8IJ0 Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with H3K9ac peptide 提交 2023-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–12（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Na-HEPES buffer (pH 7.5) containing 5% (w/v) PEG 400 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.189 |
| 8IQF Cryo-EM structure of the dimeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 D
1–136（136 aa）
链 I
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8IQG Cryo-EM structure of the monomeric human CAF1-H3-H4 complex 提交 2023-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 D
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8J6S Cryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 C
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8J6T Cryo-EM structure of the double CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 C
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8JBX Human canonical 601 DNA nucleosome 提交 2023-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 8JCC Human histone H2B variant H2BFWT Cryo-EM structure with 601 DNA sequence 提交 2023-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8JCD Human H2BFWTH100R nucleosome with 601 DNA 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8JHF Native SUV420H1 bound to 167-bp nucleosome 提交 2023-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.68 Å |
| 8JHG Native SUV420H1 bound to 167-bp nucleosome 提交 2023-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.58 Å |
| 8JL9 Cryo-EM structure of the human nucleosome with scFv 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 8JLA Cryo-EM structure of the human nucleosome lacking N-terminal region of H2A, H2B, H3, and H4 提交 2023-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
29–136（108 aa）
链 E
29–136（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.44 Å |
| 8JND The cryo-EM structure of the nonameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 8JNE The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome without the linker DNA binding 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å |
| 8JNF The cryo-EM structure of the RAD51 filament bound to the nucleosome 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.91 Å |
| 8KCY Structure of nucleosome complexed with two DEK molecules 提交 2023-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8KD1 Structure of nucleosome complexed with one DEK molecule 提交 2023-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8KE0 Structure of H1.2 bound to the nucleosome 提交 2023-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8OFF Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1) 提交 2023-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 Ca
1–135（135 aa）
链 Cb
1–135（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force = 0 N
blot time = 8 s
|
分辨率 3.40 Å |
| 8OO7 CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state1 提交 2023-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.80 Å |
| 8OOA CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Hexasome refinement state1 提交 2023-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 3.18 Å |
| 8OOP CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state2 提交 2023-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 2.70 Å |
| 8OOS CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-hexasome refinement state 2 提交 2023-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5
50mM NaCl
0.25mM CaCl2
0.25mM DTT
2mM ADP
3.3mM MgCl2
10mM NaF
2mM AlCl3
0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
|
分辨率 3.29 Å |
| 8OSJ Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL-6.2 (DNA conformation 1) 提交 2023-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8OSK Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to a nucleosomal E-box at position SHL+5.8 (composite map) 提交 2023-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8OSL Cryo-EM structure of CLOCK-BMAL1 bound to the native Por enhancer nucleosome (map 2, additional 3D classification and flexible refinement) 提交 2023-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 8OTS OCT4 and MYC-MAX co-bound to a nucleosome 提交 2023-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8OTT MYC-MAX bound to a nucleosome at SHL+5.8 提交 2023-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
40–134（95 aa）
链 E
40–134（95 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8OX0 Structure of apo telomeric nucleosome 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630,1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot Force: -15
Blot Time: 2.5 s
|
分辨率 2.52 Å |
| 8OX1 Structure of TRF1core in complex with telomeric nucleosome 提交 2023-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630,
1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot Force: -15
Blot Time: 2.5 s
|
分辨率 2.70 Å |
| 8Q36 Structure of Nucleosome Core with a Bound Metallopeptide Conjugate (Foamy Virus GAG Peptide-Au[I] Compound) 提交 2023-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 AAA
39–136（98 aa）
链 EEE
39–136（98 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Buffers containing MnCl2, KCl and K-cacodylate [pH 6.0].
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.262 |
| 8Q3E High Resolution Structure of Nucleosome Core with Bound Foamy Virus GAG Peptide 提交 2023-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 AAA
39–136（98 aa）
链 EEE
39–136（98 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Buffers containing MnCl2, KCl and K-cacodylate [pH 6.0]
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.270 |
| 8Q3M Structure of Nucleosome Core with a Bound Kaposi Sarcoma Associated Herpesvirus LANA Peptide Having a Methionine to Ornithine Substitution 提交 2023-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 AAA
39–136（98 aa）
链 EEE
39–136（98 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Buffers containing MnCl2, KCl and K-cacodylate [pH 6.0]
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.268 |
| 8Q3X Structure of Nucleosome Core with a Bound Metallopeptide Conjugate (Kaposi Sarcoma Associated Herpesvirus LANA Peptide-Au[I] Compound) 提交 2023-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 AAA
39–136（98 aa）
链 EEE
39–136（98 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 1 XIS 4-diphenylphosphanylbenzoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Buffers containing MnCl2, KCl and K-cacodylate [pH 6.0]
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.262 |
| 8QKT Structure of a nucleosome composed of a palindromic 167-base pair blunt-ended DNA fragment 提交 2023-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 AAA
39–136（98 aa）
链 EEE
39–136（98 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 19 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；MnCl2-containing buffers
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.321 |
| 8QKT Structure of a nucleosome composed of a palindromic 167-base pair blunt-ended DNA fragment 提交 2023-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 KKK
39–136（98 aa）
链 OOO
39–136（98 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；MnCl2-containing buffers
|
分辨率 3.26 Å R-free 0.321 |
| 8RGM Cryo-EM structure of nucleosome containing Widom603 DNA 提交 2023-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8SMW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 1) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8SMX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 2) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SMY Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 3) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SMZ Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (Class 4) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SN0 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 5) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SN1 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 6) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8SN2 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8SN3 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8SN4 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN5 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SN6 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN7 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN8 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN9 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SNA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8SPS High resolution structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site a and site b 提交 2023-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8SPU Structure of ESRRB nucleosome bound OCT4 at site c 提交 2023-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8SWI Crystal structure of legAS4 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila with histone H3 (1-12)peptide 提交 2023-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–13（12 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Bis-Tris 6.5 and 38% PPG P400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.310 |
| 8SYP Genomic CX3CR1 nucleosome 提交 2023-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8TXV Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8TXW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8TXX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3) 提交 2023-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8U13 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 1) 提交 2023-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8U14 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 2) 提交 2023-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8U9S Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv 提交 2023-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8UBJ Cryo-EM structure of NRCAM nucleosome aided by scFv (3D Flex map) 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8UBK Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8UBL Cryo-EM structure of Ascl1/E12a in complex with NRCAM nucleosome (3D Flex map) 提交 2023-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8UPF Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168-UbcH5c 提交 2023-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8VFX Cryo-EM structure of 186bp ALBN1 nucleosome aided by scFv 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 8VFY Cryo-EM structure of FoxA1 in complex with ALBN1 nucleosome (class 1) 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8VFZ Cryo-EM structure of FoxA1 in complex with ALBN1 nucleosome (class 2) 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8VG0 Cryo-EM structure of GATA4 in complex with ALBN1 nucleosome 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8VG1 Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with ALBN1 nucleosome 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 8VG2 Cryo-EM structure of FoxA1 and GATA4 in complex with H14 chromatosome 提交 2023-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8VLR Cryo-EM structure of native H2AK119bu nucleosome at 2.6 提交 2024-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8VMI PRC2_AJ119-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric |
链 B
2–7（6 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VML PRC2_AJ1-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 I
20–41（22 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VNV PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3 with histone H3 tail engaged 提交 2024-01-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric |
链 I
20–41（22 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8WG5 Cryo-EM structure of USP16 bound to H2AK119Ub nucleosome 提交 2023-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 8X15 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the apo state 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 C
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8X19 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 C
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8X1C Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-bound state 提交 2023-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric |
链 C
1–136（136 aa）
链 G
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XBT The cryo-EM structure of the octameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 8XBU The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.24 Å |
| 8XBW The cryo-EM structure of the RAD51 N-terminal lobe domain bound to the histone H4 tail of the nucleosome 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8XRJ RNA polymerase II elongation complex with upstream nucleosome extracted from human nuclei 提交 2024-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8XVS RNA polymerase II elongation complex with downstream nucleosome extracted from human nuclei 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8Y3C Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (closed form) 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.21 Å |
| 8Y3D Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form2) 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8Y3E Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (open form) 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.32 Å |
| 8Y3F Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form1) 提交 2024-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 8YBJ Cryo-EM structure of human nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2024-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.38 Å |
| 8YBK Cryo-EM structure of the human nucleosome containing the H3.1 E97K mutant 提交 2024-02-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：E97K 突变：E97K | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8YJF Structure of human SPT16 MD-CTD and MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer and an H2A-H2B dimer 提交 2024-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 C
57–136（80 aa）
链 E
57–136（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M calcium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 5.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.312 |
| 8YJM Structure of human SPT16 MD-CTD and MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer and a single chain H2B-H2A chimera 提交 2024-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 C
57–136（80 aa）
链 E
57–136（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 5%(w/v) PEG 4000
|
分辨率 4.15 Å R-free 0.286 |
| 8YNY Structure of Cas9-sgRNA ribonucleoprotein bound to nucleosome 提交 2024-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：13-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.52 Å |
| 8YTI Crystal Structure of Nucleosome-H1x Linker Histone Assembly (sticky-169a DNA fragment) 提交 2024-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 CA CALCIUM ION × 52 K POTASSIUM ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40-45 mM CaCl2, 25 mM KCl, 10 mM Na-acetate (pH 4.5)
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.267 |
| 8YV8 Cryo-EM structure of CDCA7 bound to nucleosome including hemimethylated CpG site in Widom601 positioning sequence. 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9ECP Structure of the native human NCP purified from HEK293 cells 提交 2024-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
39–134（96 aa）
链 E
39–134（96 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.91 Å |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Q
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Z
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 a
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 b
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 13 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 c
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 14 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 d
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 15 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 e
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 16 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 f
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 S
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 T
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 V
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 W
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 X
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9EHI Crystal structure of ENL YEATS in complex with histone H3 methacrylated at K18 提交 2024-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 Y
16–22（7 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.0, 20% (v/v) Jeffamine M600, pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 9FGQ Structure of human APC3loop 375-381 bound to the NCP 提交 2024-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPEs pH8.0, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9FH9 Structure of CyclinB1 N-terminus bound to the NCP 提交 2024-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9GCG CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex 提交 2024-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9GE4 CryoEM structure of the human INO80 core- H2A.Z nucleosome complex 提交 2024-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.52 Å |
| 9GE5 CryoEM structure of the human INO80-Hexasome complex 提交 2024-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 M
43–136（94 aa）
链 Q
43–136（94 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 9GEL CryoEM structure of the human INO80-Hexasome complex 提交 2024-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.86 Å |
| 9GEV CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6 提交 2024-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 9GF6 CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-6 提交 2024-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9GFB CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-7 提交 2024-08-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric |
链 M
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 9GFM CryoEM structure of the human INO80 core-nucleosome complex state N-7 提交 2024-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 M
44–136（93 aa）
链 Q
37–136（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
39–135（97 aa）
链 E
39–135（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.56 Å |
| 9J8M Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (High mobility complex) 提交 2024-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.82 Å |
| 9J8N Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (Low mobility complex) 提交 2024-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：32-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.14 Å |
| 9J8O Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-H1-nucleosome complex 提交 2024-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 9J8W Cryo-EM structure of NCP-UV-DDB complex containing CPD 提交 2024-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 9JC6 Human H2BW2 nucleosome 提交 2024-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 9MLL GammaH2AX containing nucleosomes, Parallel stack 提交 2024-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 L
1–136（136 aa）
链 P
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9MLN GammaH2AX containing nucleosome, Canonical (Class 1) 提交 2024-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9MLR GammaH2AX containing nucleosome, Half-wrapped (Class 2) 提交 2024-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9MLS GammaH2AX containing nucleosome, Extended (Class 3) 提交 2024-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9MMK H2AX containing nucleosome, Canonical (Class 1) 提交 2024-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9MMM H2AX containing nucleosomes, Parallel stack 提交 2024-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 L
1–136（136 aa）
链 P
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9MMN H2AX containing nucleosomes, Left offset stack 提交 2024-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 L
1–136（136 aa）
链 P
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9MMO H2AX containing nucleosomes, Right offset stack 提交 2024-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 L
1–136（136 aa）
链 P
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9MMT H2AX containing nucleosome, Unwrapped (Class 2) 提交 2024-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å |
| 9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.37 Å |
| 9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.38 Å |
| 9QLM Solution structure of the TAF3-PHD bound to a H3K4me3Q5ser histone tail peptide with a serotonylated glutamine 提交 2025-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–13（12 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SRO SEROTONIN × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）44；压力 1
NMR样品组成
0.88 mM [U-13C; U-15N] TAF3-PHD, 0.88 mM H3K4me3Q5ser, 20 mM potassium phosphate, 4 mM potassium chloride, 10 uM zinc chloride, 0.01 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 9R04 p53 bound to the nucleosome at position SHL-5.7 (crosslinked sample) 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9R2M p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (non-crosslinked sample, composite map) 提交 2025-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9R2P p53 bound to nucleosome at position SHL+5.9 (crosslinked sample) 提交 2025-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.18 Å |
| 9R2Q p53 bound to nucleosome at position SHL-5.7 (non-crosslinked sample) 提交 2025-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9RL4 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | PTD PENTANEDIAL × 16 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9RMC Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 1 提交 2025-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9RN1 Structure of BAF-nucleosome complex with OCT4-SOX2 at SHL+6 in ADP-bound state, BAF47 bound to ATPase lobe 2 提交 2025-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 9RN2 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2 提交 2025-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9UJS RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome 提交 2025-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric |
链 a
1–136（136 aa）
链 c
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
链 g
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 9UJT RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-0.5) of the H3-H4 octasome (tetrasome) 提交 2025-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric |
链 e
1–136（136 aa）
链 g
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.54 Å |
| 9UZ7 Cryo-EM structure of the nucleosome core particle with site-specific DNA-histone crosslinking 提交 2025-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 B
2–136（135 aa）
|
突变：C96S/C110S/K115C 突变：C96S/C110S/K115C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；10 mM HEPES, pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 9V6Q Cryo-EM structure of two cPRC1 complexes bound to opposite faces of an endogenous 147-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.60 Å |
| 9V6S Cryo-EM structure of a single cPRC1 complex engaged on one face of an endogenous 147-bp mononucleosome 提交 2025-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V6X Cryo-EM structure of the cPRC1 complex bound to an endogenous 184-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å |
| 9V8L Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (loose) complex 提交 2025-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 6.60 Å |
| 9V9H Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex 提交 2025-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 M
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.50 Å |
| 9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 M
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.40 Å |
| 9VEM SIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD: pre-catalysis state 1 提交 2025-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
17–22（6 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Tris 8.0, 25% PEG 2000MME
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.264 |
| 9VEW SIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD: pre-catalysis state 2 提交 2025-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
16–22（7 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Tris 8.0, 25% PEG 2000MME
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.251 |
| 9VG0 SIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide 提交 2025-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
16–22（7 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Tris 8.0, 25% PEG 2000MME
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.231 |
| 9VG3 SIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide: pre NAD binding state 提交 2025-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
17–22（6 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；Tris 8.0, 25% PEG2000MME
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.251 |
| 9VGE SIRT2 demyristoylation intermediate I structure 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
16–22（7 aa）
|
未记录 | NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 YDD [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5S)-3,4-bis(oxidanyl)-5-tetradecoxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；Tris 8.0, 25% PEG 2000MME
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.282 |
| 9VGZ SIRT2-F96A structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD 提交 2025-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
16–22（7 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；Tris 8.0, 25% PEG 2000MME
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.236 |
| 9VH0 SIRT2-H187A structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
16–21（6 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M MES 5.5, 9.2% PEG10000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.273 |
| 9VH0 SIRT2-H187A structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
16–21（6 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.1 M MES 5.5, 9.2% PEG10000
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.273 |
| 9XSF Cryo-EM structure of H4S47GlcNAc nucleosome at 3.39 angstrom 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.39 Å |
| 9YL3 State 1 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.50 Å |
| 9YLE State 3 MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.63 Å |
| 9YLY MLL4FC bound to a nucleosome with p53 RE 提交 2025-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.77 Å |
| 9YM8 State 2 focused on PHD FYR of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.43 Å |
| 9YMF State 2 focused on H3 N terminal tail of MLL4FC bound to a nucleosome premodified with H2BK120ub and H4K16ac 提交 2025-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.45 Å |
| 9ZEO Competition for different elements of the nucleosome acidic patch yields distinct functional outcomes. VHH 1G1 提交 2025-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 50 mM NaCl, 0.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
共 402 个其他 PDB 条目、475 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | H31_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 K； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 O； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 S； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 W； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 |
