8iej

RNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 120.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A type 1-B/E

Homo sapiens

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 11–119 链 G; UniProt 11–119 未记录 Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、350 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–109; UniProt 11–119 作者链 G; PDB构建体 1–109; UniProt 11–119

Histone H2B type 1-K

Homo sapiens

UniProt O60814

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 32–125 链 H; UniProt 32–125 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 82 个其他 PDB 条目、82 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1K_HUMAN
Isoform
PDB实体 2, 5
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–94; UniProt 32–125 作者链 H; PDB构建体 1–94; UniProt 32–125

Histone H3.1

Homo sapiens

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 38–135 链 K; UniProt 38–135 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 402 个其他 PDB 条目、475 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–98; UniProt 38–135 作者链 K; PDB构建体 1–98; UniProt 38–135

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 23–102 链 L; UniProt 23–102 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 581 个其他 PDB 条目、633 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–80; UniProt 23–102 作者链 L; PDB构建体 1–80; UniProt 23–102

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

Homo sapiens

UniProt O75150

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 941–1000 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRE1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–60; UniProt 941–1000

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

Homo sapiens

UniProt Q5VTR2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 915–974 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A × 1 (P49459) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 BRE1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–60; UniProt 915–974

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A

Homo sapiens

UniProt P49459

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 11 DNA 2 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 R; UniProt 1–150 未记录 Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 1 (O60814) DNA (147-MER) × 1 DNA (147-MER) × 1 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B × 1 (O75150) E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A × 1 (Q5VTR2) ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 UBE2A_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8iej

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8iej
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8iej
沉积日期 deposition_date2023-02-15
结构标题 titleRNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex
关键词 keywordsRNF20, RFN40, RAD6, nucleosome, H2BK120Ub, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.43
零角强度 I(0) i01067620000.00
分子量 molecular_weight205930.0 kDa
排除体积 excluded_volume231620 ų
包络体积 envelope_volume353930 ų
水化壳体积 shell_volume72070 ų
包络直径 envelope_diameter125.7
壳层 Rg shell_rg47.44
包络 Rg envelope_rg38.66
形状 Rg shape_rg39.30
总 Rg total_rg40.06
总原子数 total_atoms14086
残基数 n_residues1324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.2
Rg (实空间) rg_real41.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.0680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1068000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8971
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.8
偏度 Skewness skewness-0.004
峰度 Kurtosis kurtosis-0.652
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha62810000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.741

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id8iejC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejH01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejK01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id8iejL01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)