9bhl

Human proton sensing receptor GPR65 in complex with miniGs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 123.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–64 链 A; UniProt 204–394 突变:G49D,E50N,residues 65-203 replaced with GGSGGSGG,A249D,S252D,residues 254-263 deleted,I372A,V375I Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Nanobody 35 × 1 Psychosine receptor × 1 (Q8IYL9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–72; UniProt 5–64 作者链 A; PDB构建体 81–261; UniProt 204–394

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Nanobody 35 × 1 Psychosine receptor × 1 (Q8IYL9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 32–370; UniProt 2–340

Psychosine receptor

Homo sapiens

UniProt Q8IYL9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–337 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSYR_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 12–348; UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bhl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bhl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9bhl
沉积日期 deposition_date2024-04-21
结构标题 titleHuman proton sensing receptor GPR65 in complex with miniGs
关键词 keywordsReceptor, Proton-sensor, G protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.68
零角强度 I(0) i0186303000.00
分子量 molecular_weight109730.0 kDa
排除体积 excluded_volume137260 ų
包络体积 envelope_volume178320 ų
水化壳体积 shell_volume43510 ų
包络直径 envelope_diameter133.9
壳层 Rg shell_rg40.01
包络 Rg envelope_rg35.80
形状 Rg shape_rg35.69
总 Rg total_rg35.95
总原子数 total_atoms15287
残基数 n_residues969
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.2
Rg (实空间) rg_real35.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.29
I(0) (实空间) i0_real1.8630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal186300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8475
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4
偏度 Skewness skewness0.520
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45450000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.870; Smooth: 0.809

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)