7l0q

Structure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, with AHD

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurotensin receptor type 1

Rattus norvegicus

UniProt P20789

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 50–390 突变:A86L, H103D, H105Y, A161V, R213L, V234L, I253A, H305R, F358V, S362A, del273-290 Neurotensin × 1 (P20068) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P63211) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NTR1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–327; UniProt 50–390

Neurotensin

Rattus norvegicus

UniProt P20068

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 157–162 片段:residues 157-162 Neurotensin receptor type 1 × 1 (P20789) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P63211) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEUT_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 5–10; UniProt 157–162

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 未记录 Neurotensin receptor type 1 × 1 (P20789) Neurotensin × 1 (P20068) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P63211) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、591 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Neurotensin receptor type 1 × 1 (P20789) Neurotensin × 1 (P20068) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 × 1 (P63211) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 23–361; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

Homo sapiens

UniProt P63211

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 2–74 未记录 Neurotensin receptor type 1 × 1 (P20789) Neurotensin × 1 (P20068) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 11–83; UniProt 2–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7l0q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7l0q
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7l0q
沉积日期 deposition_date2020-12-12
结构标题 titleStructure of NTS-NTSR1-Gi complex in lipid nanodisc, canonical state, with AHD
关键词 keywordsGPCR, NTSR1, NTS, G protein, Nanodisc, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.71
零角强度 I(0) i0189288000.00
分子量 molecular_weight111840.0 kDa
排除体积 excluded_volume140490 ų
包络体积 envelope_volume180770 ų
水化壳体积 shell_volume44179 ų
包络直径 envelope_diameter129.5
壳层 Rg shell_rg39.96
包络 Rg envelope_rg35.51
形状 Rg shape_rg35.73
总 Rg total_rg35.94
总原子数 total_atoms7856
残基数 n_residues1002
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.7
Rg (实空间) rg_real35.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05
I(0) (实空间) i0_real1.8930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal189300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8733
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.8
偏度 Skewness skewness0.439
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha43320000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.904

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)