8xx7

Structure of CXCR2 bound to CXCL5 (CXCR2-CXCL5-Go Full map)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 195.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C motif chemokine 5

Homo sapiens

UniProt P42830

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 37–114 链 D; UniProt 37–114 未记录 C-X-C chemokine receptor type 2 × 2 (P25025) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 2 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCL5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–78; UniProt 37–114 作者链 D; PDB构建体 1–78; UniProt 37–114

C-X-C chemokine receptor type 2

Homo sapiens

UniProt P25025

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–360 链 R; UniProt 2–360 未记录 C-X-C motif chemokine 5 × 2 (P42830) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 2 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 58–416; UniProt 2–360 作者链 R; PDB构建体 58–416; UniProt 2–360

Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P09471

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–57 链 A; UniProt 182–354 链 F; UniProt 4–57 链 F; UniProt 182–354 突变:G42D,E43N,A227D,G230D,I332A,V335I C-X-C motif chemokine 5 × 2 (P42830) C-X-C chemokine receptor type 2 × 2 (P25025) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAO_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–69; UniProt 4–57 作者链 A; PDB构建体 78–240; UniProt 182–354 作者链 F; PDB构建体 16–69; UniProt 4–57 作者链 F; PDB构建体 78–240; UniProt 182–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 3–340 链 H; UniProt 3–340 未记录 C-X-C motif chemokine 5 × 2 (P42830) C-X-C chemokine receptor type 2 × 2 (P25025) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 2 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 13–350; UniProt 3–340 作者链 H; PDB构建体 13–350; UniProt 3–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 链 I; UniProt 1–71 未记录 C-X-C motif chemokine 5 × 2 (P42830) C-X-C chemokine receptor type 2 × 2 (P25025) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 2 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62873) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 I; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xx7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xx7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xx7
沉积日期 deposition_date2024-01-17
结构标题 titleStructure of CXCR2 bound to CXCL5 (CXCR2-CXCL5-Go Full map)
关键词 keywordsGPCR, Arrestin, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.79
零角强度 I(0) i0622460000.00
分子量 molecular_weight214550.0 kDa
排除体积 excluded_volume270460 ų
包络体积 envelope_volume484780 ų
水化壳体积 shell_volume59770 ų
包络直径 envelope_diameter210.7
壳层 Rg shell_rg67.06
包络 Rg envelope_rg65.80
形状 Rg shape_rg69.78
总 Rg total_rg69.75
总原子数 total_atoms15054
残基数 n_residues1938
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax195.2
Rg (实空间) rg_real70.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55
I(0) (实空间) i0_real6.2240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2370e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal619600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6785
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary35.5
偏度 Skewness skewness0.242
峰度 Kurtosis kurtosis-1.160
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha14620000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.511; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.287; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)