5nj6

Crystal structure of a thermostabilised human protease-activated receptor-2 (PAR2) in ternary complex with Fab3949 and AZ7188 at 4.0 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 164.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–127 突变:;G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A ; Fab3949 H × 1 Fab3949 L × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.7;293 K;0.1M MES pH 5.5-6.2, 0.2M POTASSIUM / SODIUM TARTRATE, 30-35% (W/V) PEG400, 2% (W/V) 2,5-HEXANEDIOL 分辨率 4.00 Å R-free 0.319

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 217–321; UniProt 23–127

Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2

Homo sapiens

UniProt P55085

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 55–269 链 A; UniProt 276–377 突变:;G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A ; Fab3949 H × 1 Fab3949 L × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.7;293 K;0.1M MES pH 5.5-6.2, 0.2M POTASSIUM / SODIUM TARTRATE, 30-35% (W/V) PEG400, 2% (W/V) 2,5-HEXANEDIOL 分辨率 4.00 Å R-free 0.319

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–216; UniProt 55–269 作者链 A; PDB构建体 323–424; UniProt 276–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5nj6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5nj6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5nj6
沉积日期 deposition_date2017-03-28
结构标题 titleCrystal structure of a thermostabilised human protease-activated receptor-2 (PAR2) in ternary complex with Fab3949 and AZ7188 at 4.0 angstrom resolution
关键词 keywordsMEMBRANE PROTEIN, GPCR, 7TM; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.02
零角强度 I(0) i0120058000.00
分子量 molecular_weight91806.0 kDa
排除体积 excluded_volume116070 ų
包络体积 envelope_volume163840 ų
水化壳体积 shell_volume35076 ų
包络直径 envelope_diameter163.0
壳层 Rg shell_rg40.95
包络 Rg envelope_rg45.31
形状 Rg shape_rg43.97
总 Rg total_rg44.05
总原子数 total_atoms6467
残基数 n_residues832
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax164.6
Rg (实空间) rg_real44.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.86
I(0) (实空间) i0_real1.2010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6717
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.654
峰度 Kurtosis kurtosis-0.364
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6868000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.285; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.103; Smooth: 0.771

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5nj6A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id5nj6H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5nj6L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5nj6L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)