7c6a

Crystal structure of AT2R-BRIL and SRP2070_Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 148.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type-2 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 突变:L93V, F133W, M1007W, H1102I, R1106L IgG Light Chain × 1 IgG heavy chain × 1 SAR1, ILE8-ANGIOTENSIN II × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.05M POTASSIUM ACETATE, 0.1M MES PH6.5, 26-36% PEG300 分辨率 3.40 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 210–315; UniProt 23–128

Type-2 angiotensin II receptor,Soluble cytochrome b562,Type-2 angiotensin II receptor

Homo sapiens

UniProt P50052

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 35–242 链 A; UniProt 246–346 突变:L93V, F133W, M1007W, H1102I, R1106L IgG Light Chain × 1 IgG heavy chain × 1 SAR1, ILE8-ANGIOTENSIN II × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.05M POTASSIUM ACETATE, 0.1M MES PH6.5, 26-36% PEG300 分辨率 3.40 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGTR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–209; UniProt 35–242 作者链 A; PDB构建体 316–416; UniProt 246–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7c6a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7c6a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7c6a
沉积日期 deposition_date2020-05-21
结构标题 titleCrystal structure of AT2R-BRIL and SRP2070_Fab complex
关键词 keywordsGPCR, BRIL, Crystallization, Antibody, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.05
零角强度 I(0) i0114671000.00
分子量 molecular_weight90143.0 kDa
排除体积 excluded_volume114060 ų
包络体积 envelope_volume164660 ų
水化壳体积 shell_volume34215 ų
包络直径 envelope_diameter145.5
壳层 Rg shell_rg44.22
包络 Rg envelope_rg41.56
形状 Rg shape_rg43.02
总 Rg total_rg43.20
总原子数 total_atoms6352
残基数 n_residues810
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.7
Rg (实空间) rg_real42.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.15
I(0) (实空间) i0_real1.1470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7493
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1
偏度 Skewness skewness0.438
峰度 Kurtosis kurtosis-0.658
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7389000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.542; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.403; Smooth: 0.707

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7c6aH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7c6aH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7c6aL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7c6aL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)