8hqc

Structure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 137.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

Mus musculus

UniProt P30993

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–351 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P01031) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 C5AR1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 58–407; UniProt 2–351

Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P09471

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 4–57 链 B; UniProt 182–354 突变:G42D,E43N,A227D,G230D,I332A,V335I C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P30993) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P01031) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAO_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 16–69; UniProt 4–57 作者链 B; PDB构建体 78–240; UniProt 182–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–340 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P30993) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) C5a anaphylatoxin × 1 (P01031) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 12–350; UniProt 2–340

C5a anaphylatoxin

Homo sapiens

UniProt P01031

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 678–751 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P30993) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) Antibody fragment × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CO5_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–74; UniProt 678–751

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 × 1 (P30993) Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 (P09471) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) C5a anaphylatoxin × 1 (P01031) Antibody fragment × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hqc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hqc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hqc
沉积日期 deposition_date2022-12-13
结构标题 titleStructure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
关键词 keywordsGPCR, G protein, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.41
零角强度 I(0) i0225745000.00
分子量 molecular_weight121360.0 kDa
排除体积 excluded_volume151620 ų
包络体积 envelope_volume214510 ų
水化壳体积 shell_volume46207 ų
包络直径 envelope_diameter148.6
壳层 Rg shell_rg43.11
包络 Rg envelope_rg40.88
形状 Rg shape_rg40.36
总 Rg total_rg40.75
总原子数 total_atoms8538
残基数 n_residues1186
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.4
Rg (实空间) rg_real40.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real2.2570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal225700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8656
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.3
偏度 Skewness skewness0.397
峰度 Kurtosis kurtosis-0.353
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28490000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.752

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)