9ipy

Structure of JR14a-bound human C3aR

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 106.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–127 突变:M1012W/H1107I A1D9A (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 380–484; UniProt 23–127

C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt Q16581

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–365 链 R; UniProt 370–482 突变:M1012W/H1107I A1D9A (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C3AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 11–374; UniProt 2–365 作者链 R; PDB构建体 493–605; UniProt 370–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ipy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ipy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ipy
沉积日期 deposition_date2024-07-12
结构标题 titleStructure of JR14a-bound human C3aR
关键词 keywordsGPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.81
零角强度 I(0) i052196500.00
分子量 molecular_weight38947.0 kDa
排除体积 excluded_volume38258 ų
包络体积 envelope_volume70337 ų
水化壳体积 shell_volume22226 ų
包络直径 envelope_diameter110.2
壳层 Rg shell_rg32.55
包络 Rg envelope_rg30.92
形状 Rg shape_rg30.82
总 Rg total_rg30.94
总原子数 total_atoms2949
残基数 n_residues372
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.7
Rg (实空间) rg_real31.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19
I(0) (实空间) i0_real5.2200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52190000.0000
解质量估计 total_estimate0.6928
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.6
偏度 Skewness skewness0.649
峰度 Kurtosis kurtosis-0.341
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7045000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.477; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.234; Smooth: 0.337

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)