6a94

Crystal structure of 5-HT2AR in complex with zotepine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–62 链 A; UniProt 88–128 突变:S162K, M164W,R120I, H124I, R128G, M29W ZOT 2-(3-chloranylbenzo[b][1]benzothiepin-5-yl)oxy-N,N-dimethyl-ethanamine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM MES, pH 6.0, or HEPES, pH 7.0, 30% (v/v) PEG400, 100 mM Li-chloride, Na-acetate, or 14 other various salts from StockOptions Salt (Hampton Research) 分辨率 2.90 Å R-free 0.269
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 23–62 链 B; UniProt 88–128 突变:S162K, M164W,R120I, H124I, R128G, M29W ZOT 2-(3-chloranylbenzo[b][1]benzothiepin-5-yl)oxy-N,N-dimethyl-ethanamine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 A6L 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM MES, pH 6.0, or HEPES, pH 7.0, 30% (v/v) PEG400, 100 mM Li-chloride, Na-acetate, or 14 other various salts from StockOptions Salt (Hampton Research) 分辨率 2.90 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、821 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 200–239; UniProt 23–62 作者链 A; PDB构建体 245–285; UniProt 88–128 作者链 B; PDB构建体 200–239; UniProt 23–62 作者链 B; PDB构建体 245–285; UniProt 88–128

5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P28223

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–265 链 A; UniProt 313–403 突变:S162K, M164W,R120I, H124I, R128G, M29W ZOT 2-(3-chloranylbenzo[b][1]benzothiepin-5-yl)oxy-N,N-dimethyl-ethanamine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM MES, pH 6.0, or HEPES, pH 7.0, 30% (v/v) PEG400, 100 mM Li-chloride, Na-acetate, or 14 other various salts from StockOptions Salt (Hampton Research) 分辨率 2.90 Å R-free 0.269
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–265 链 B; UniProt 313–403 突变:S162K, M164W,R120I, H124I, R128G, M29W ZOT 2-(3-chloranylbenzo[b][1]benzothiepin-5-yl)oxy-N,N-dimethyl-ethanamine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 A6L 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM MES, pH 6.0, or HEPES, pH 7.0, 30% (v/v) PEG400, 100 mM Li-chloride, Na-acetate, or 14 other various salts from StockOptions Salt (Hampton Research) 分辨率 2.90 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 5HT2A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–199; UniProt 70–265 作者链 A; PDB构建体 286–376; UniProt 313–403 作者链 B; PDB构建体 4–199; UniProt 70–265 作者链 B; PDB构建体 286–376; UniProt 313–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6a94

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6a94
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6a94
沉积日期 deposition_date2018-07-11
结构标题 titleCrystal structure of 5-HT2AR in complex with zotepine
关键词 keywordsreceptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.12
零角强度 I(0) i089088900.00
分子量 molecular_weight83473.0 kDa
排除体积 excluded_volume107950 ų
包络体积 envelope_volume143220 ų
水化壳体积 shell_volume35697 ų
包络直径 envelope_diameter130.7
壳层 Rg shell_rg39.50
包络 Rg envelope_rg34.88
形状 Rg shape_rg35.10
总 Rg total_rg35.55
总原子数 total_atoms5870
残基数 n_residues729
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.7
Rg (实空间) rg_real36.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real8.9090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8624
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.6
偏度 Skewness skewness0.311
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7233000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.937

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6a94A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id6a94B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)