6dyb

Metal-free structure of the engineered cyt cb562 variant, CH3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

Escherichia coli

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 突变:K59W, I67H, Q71H, T96C, T97H, R98C, Y101C HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;Drop consists of 1 uL of 30% PEG 400, 200 mM calcium chloride and 0.1 M Hepes (pH 7.5) mixed with 1 uL of 2.5 mM protein 分辨率 2.75 Å R-free 0.309
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 23–128 突变:K59W, I67H, Q71H, T96C, T97H, R98C, Y101C HEC HEME C × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;Drop consists of 1 uL of 30% PEG 400, 200 mM calcium chloride and 0.1 M Hepes (pH 7.5) mixed with 1 uL of 2.5 mM protein 分辨率 2.75 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、821 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128 作者链 C; PDB构建体 1–106; UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dyb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dyb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dyb
沉积日期 deposition_date2018-07-01
结构标题 titleMetal-free structure of the engineered cyt cb562 variant, CH3
关键词 keywordsDesigned protein, 4-helix bundle, electron transport, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.87
零角强度 I(0) i011194600.00
分子量 molecular_weight23715.0 kDa
排除体积 excluded_volume29061 ų
包络体积 envelope_volume35306 ų
水化壳体积 shell_volume16087 ų
包络直径 envelope_diameter58.0
壳层 Rg shell_rg24.16
包络 Rg envelope_rg18.79
形状 Rg shape_rg18.84
总 Rg total_rg19.70
总原子数 total_atoms1650
残基数 n_residues212
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.6
Rg (实空间) rg_real19.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real1.1190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11190000.0000
解质量估计 total_estimate0.9140
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.4
偏度 Skewness skewness0.080
峰度 Kurtosis kurtosis-0.715
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2862000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6dyba_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd6dybc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)