6m98

Crystal structure of the high-affinity copper transporter Ctr1 in complex with Cu(I)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562

Salmo salar

UniProt C0HAK2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 41–93 链 A; UniProt 121–186 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM zinc acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.9, and 28% PEG 400. 分辨率 3.21 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C0HAK2_SALSA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–53; UniProt 41–93 作者链 A; PDB构建体 160–225; UniProt 121–186

Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562

Salmo salar

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM zinc acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.9, and 28% PEG 400. 分辨率 3.21 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 54–159; UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m98

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m98
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m98
沉积日期 deposition_date2018-08-22
结构标题 titleCrystal structure of the high-affinity copper transporter Ctr1 in complex with Cu(I)
关键词 keywordsMembrane proteins, Ion transporters, Ion channels., TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.16
零角强度 I(0) i08534980.00
分子量 molecular_weight22356.0 kDa
排除体积 excluded_volume28187 ų
包络体积 envelope_volume37209 ų
水化壳体积 shell_volume14182 ų
包络直径 envelope_diameter94.0
壳层 Rg shell_rg28.54
包络 Rg envelope_rg26.28
形状 Rg shape_rg26.12
总 Rg total_rg26.64
总原子数 total_atoms1563
残基数 n_residues204
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.3
Rg (实空间) rg_real26.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real8.5350e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8534000.0000
解质量估计 total_estimate0.6428
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.8
偏度 Skewness skewness0.609
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1202000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.403; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.142; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)